子会社売却とは？4つの方法・手続・税金と親会社の注意点を解説

本業に集中したい、不振の子会社を手放したい。そう考えても、親会社側の決議や譲渡益への課税、社員や取引の切り離しまで見通せず、決断を先送りしている経営者は少なくありません。株式譲渡を軸にした進め方から売却前配当の落とし穴、本体ごと売るかの判断軸まで、中小企業オーナーが押さえたい要点を整理しました。

子会社売却とは

「子会社を売る」と聞くと、大企業の事業再編を思い浮かべる方が多いかもしれません。実際には、本業とは別に会社を持つ中小企業オーナーにとっても身近な選択肢。子会社売却とは、親会社が保有する子会社の株式や事業を第三者へ譲渡し、グループから切り離すM&Aの一形態を指します。

親会社が子会社の株式を手放す取引

子会社とは、親会社が議決権の過半数を持つなどして、経営を実質的に支配している会社のことです。その株式を譲渡すれば、経営権も譲受企業へ移ります。譲受企業の側から見れば子会社化そのもの。株式譲渡が中心ですが、事業だけを切り出して渡す方法も含めて子会社売却と呼ぶことが多く、どのM&Aの手法を使うかは目的によって変わります。

株式の一部だけを売る選択肢

保有株をすべて売る必要はありません。一部だけを譲渡して議決権の過半数を手放すと、多くの場合は子会社から外れ、関連会社などに区分が変わります。資本関係を残しながら、経営の主導権だけを譲受企業へ渡す使い方も。

子会社を売却する主な理由

子会社を手放す動機は、業績不振だけではありません。代表的な理由は次のとおりです。

• 本業との関係が薄い事業を切り離し、選択と集中を進めたい
• 赤字の子会社がグループ全体の業績を押し下げている
• 譲渡代金で借入金を返済し、財務を立て直したい
• 子会社の経営を任せられる後継の人材が不在

カーブアウトとの関係

子会社や事業部門を切り出し、外部へ売却または独立させる手法をカーブアウトと呼びます。子会社売却は、その代表的なパターンのひとつ。大企業が非中核の子会社を同業他社や投資ファンドへ売るM&A事例も、数多く公表されています。

子会社売却の4つの方法

「とりあえず株式譲渡で」と決めて進め、後から税金の試算を見て慌てるケースは珍しくありません。子会社を切り離す方法は主に4つあり、代金を受け取る会社も、課税のされ方も異なります。

株式譲渡

親会社が持つ子会社株式を、譲受企業へ売る方法です。株式譲渡なら子会社の契約・許認可・従業員はそのまま残るため、手続は比較的シンプル。その代わり、帳簿に載っていない債務も含めて会社ごと引き渡すことになり、譲受企業の調査は念入りに行われます。

事業譲渡

子会社が営む事業の全部または一部を、資産や契約ごと譲受企業へ移す方法で、代金は子会社に入ります。事業譲渡では契約を移すたびに相手方の同意が、従業員の移籍には本人の同意が要り、許認可は取り直しになる場合も。必要な資産だけを選べる反面、手間は株式譲渡より重くなりがちです。

会社分割＋株式譲渡

売りたい事業だけを会社分割で新会社へ移し、その株式を譲受企業に渡す方法です。権利義務がまとめて移るため、事業譲渡より個別の同意を取り直す手間を減らせます。引き継ぐ債務の範囲を分割計画で決められ、譲受企業が想定外の債務を抱え込むリスクを抑えやすいのも利点。ただし売却を前提にした分割は税制適格になりにくく、分割の時点で課税が生じやすい点には注意が要ります。

株式分配（スピンオフ）

子会社株式を親会社の株主に配り、親会社と子会社を兄弟会社の関係にする方法です。要件を満たせば課税が繰り延べられる一方、親会社には譲渡代金が入りません。子会社を現金化したい中小企業で選ばれる場面は限定的。

4つの方法の比較

下表は、4つの方法を売るもの、代金の受け手、主な税金で比べたものです。

方法	売るもの	代金の受け手	主な税金	向いている場面
株式譲渡	子会社の株式	親会社	親会社の譲渡益に法人税等 消費税は非課税	子会社をまるごと手放したい
事業譲渡	子会社の事業・資産	子会社	子会社の譲渡益に法人税等 課税資産には消費税	一部の事業だけを売り、会社は残したい
会社分割＋株式譲渡	分割で生まれた新会社の株式	新会社の株主 （子会社または親会社）	分割時の課税は税制適格かどうかで変わる	特定の事業を会社ごと渡したい
株式分配（スピンオフ）	なし （株式を親会社の株主へ分配）	なし	要件を満たせば課税繰延	売却ではなく独立させたい

子会社売却のメリット・デメリット

売れば身軽になる、と単純に考えてよいのでしょうか。子会社売却の損得は、一般的なM&Aのメリット・デメリットに、グループから切り離す特有の事情が加わって決まります。

子会社を売却するメリット

親会社の立場で整理すると、効果は経営・財務・子会社の将来という3つの方向に表れます。

主力事業に人とお金を集中できる

子会社の管理に割いていた経営陣の時間や資金を、本業へ振り向けられます。意思決定の対象が減れば、グループ全体の動きにも勢いが出てきます。

現金化で借入返済や再投資の原資ができる

譲渡代金は、借入金の返済や成長分野への投資に回せます。帳簿価額を上回る価格で売れれば、決算書上も譲渡益として利益を押し上げます。

支援や保証の負担から解放される

赤字の子会社を抱えていると、親会社からの貸付や債務保証がじわじわ膨らみがちです。売却でこの負担を切り離せば、グループの信用力を立て直す一歩にもなります。

子会社にとっても成長の機会になる

親会社の本業と関係が薄い子会社でも、異業種の譲受企業から見れば成長の核になることがあります。相性のよい新しい親会社のもとで、社員が力を発揮しやすくなる例も少なくありません。

子会社を売却するデメリット

手放すことで失うものもあります。売却を決める前に、冷静に見積もっておきたいところです。

グループの信用やブランド力が下がるおそれ

長年グループの顔だった子会社を手放すと、取引先や金融機関から事業の先行きを不安視されることがあります。象徴的な子会社ほど、売却の理由を対外的にどう説明するかまで準備しておく必要があります。

人材・ノウハウの流出と社員の動揺

株式譲渡では、子会社の人材とノウハウも譲受企業へ移ります。親会社に残る社員まで「次は自分たちか」と不安を抱き、離職につながるケースも。説明の順番と内容は、事前に設計しておくことが欠かせません。

成約まで時間と手間がかかる

譲受企業の探索、調査への対応、契約交渉と工程が多く、成約までの期間は相手探しの状況で大きく変わります。本業と並行して進めるため、社内の担当者に想像以上の負荷がかかる点も見落とせません。

中小企業オーナーが子会社売却を判断する視点

本業の会社とは別に会社を持つオーナーにとって、子会社売却はグループのどこまでを手放すかという会社売却の判断そのものです。売る単位を誤ると、手取りも、手元に残る事業の姿も変わってしまいます。

本体ごと売るか、子会社だけ売るか

下表は、オーナーがグループの全部または一部を手放す代表的な3つの形を、誰が売り、代金と税金がどこに生じるかで比べたものです。

比較項目	オーナーが親会社株式を売る	親会社が子会社株式を売る	子会社が事業を譲渡する
手放す範囲	グループ全体	子会社だけ	事業の全部または一部
代金の受け手	オーナー個人	親会社	子会社
譲渡益への課税	所得税・住民税など （申告分離課税）	親会社に法人税等	子会社に法人税等
消費税	非課税	非課税	課税資産の部分に課税
向いている場面	後継者がおらず、グループ全体を承継したい	本業は残し、非中核の会社を手放したい	会社や一部の事業を手元に残したい

代金を会社に残して借入返済や次の投資に充てたいのか、引退後の資金として個人で受け取りたいのか。ここが決まれば、売るべき単位はおのずと絞られます。

持株会社の傘下にある事業会社を売る場合

事業承継対策で持株会社を設けた会社では、事業会社の売却がそのまま子会社売却になります。譲渡益は持株会社に入るため、オーナー個人が使うには配当や役員退職金として受け取る段階で、もう一度課税が生じる点に注意が必要です。

子会社単位の売却が向いているケース

支援現場では、次の条件がそろうほど、子会社単位での売却を進めやすいと感じています。

• 本業と子会社で、顧客や事業内容の重なりが小さい
• 子会社に自前の経営陣と管理機能がある程度そろっている
• 子会社単体で黒字か、黒字化までの道筋を数字で説明できる
• 親会社との取引条件が、外部の取引先とほぼ同じ水準

子会社売却の流れと会社法上の手続

手順の骨格は、通常のM&Aの流れと変わりません。違いは、親会社の機関決定と子会社での譲渡承認という、2つの会社法上の手続が加わる点にあります。

子会社売却の8つのステップ

下表は、株式譲渡で子会社を売る場合の代表的な手順です。

ステップ	主な内容
1. 売却方針の決定	目的・売る範囲・スキーム・希望条件を固め、親会社の決算期と株主総会の時期から逆算して日程を組む
2. 企業価値の把握	グループ内取引の影響を除いた子会社単体の実力値と、想定される譲渡価格の幅を確認する
3. 譲受企業の探索と交渉	秘密保持契約を結んだ候補先と条件を詰め、基本合意を結ぶ
4. 譲受企業の調査への対応	デューデリジェンスに向けて資料を開示し、面談や質問に応じる
5. 親会社の機関決定	取締役会で決議し、会社法の要件に当たれば株主総会の特別決議も得る
6. 株式譲渡契約の締結	価格、表明保証、競業避止、クロージング条件などを定めた株式譲渡契約書を結ぶ
7. 子会社での譲渡承認	株式に譲渡制限があれば、子会社の承認機関が譲渡を承認する
8. クロージング	代金決済、株券の交付（株券発行会社の場合）、株主名簿の名義書換、役員の交代を行う

親会社で必要な決議

子会社株式の売却は親会社にとって重要な財産の処分に当たることが多く、取締役会設置会社なら取締役会での決議が要ります。取締役会を置かない会社では、取締役の過半数で決めるのが原則です。

株主総会の特別決議が必要になる条件

会社法467条1項2号の2は、次の2つをともに満たす子会社株式の譲渡について、効力発生日の前日までに株主総会の特別決議で契約の承認を受けるよう定めています（e-Gov法令検索 会社法）。

• 譲り渡す株式の帳簿価額が、親会社の総資産額の5分の1（定款でより低い割合を定めた場合はその割合）を超える
• 効力発生日に、親会社が子会社の議決権の過半数を持たなくなる

反対する株主への備え

この決議に反対した株主は、会社に対して自分の株式を公正な価格で買い取るよう請求できます。配偶者や子が株式を持つ同族会社でも、事前の説明を省いたばかりに話がこじれる例は意外と多いもの。

子会社での譲渡承認と株券の確認

子会社の側にも、つまずきやすい手続が2つあります。

譲渡制限株式なら子会社の承認を得る

中小企業の株式は、定款で譲渡が制限されている場合がほとんど。親会社は子会社に譲渡承認請求を行い、定款に別段の定めがなければ、取締役会設置会社は取締役会、それ以外は株主総会が承認の可否を決めます。請求から2週間以内に通知がなければ承認したものとみなされますが、実務では議事録を整えてからクロージングに臨みます。

株券発行会社なら株券の交付が要る

会社法の施行（2006年5月）より前に設立され、定款に株券を発行しない旨の定めがない会社は、株券発行会社として扱われます。株券発行会社の株式は、株券を交付しなければ譲渡の効力が生じないのが会社法128条のルール。株券が手元にないなら、発行するか、定款を変えて株券を廃止する手続を前もって済ませておきましょう。

子会社売却で見落としやすい切り離しの論点

価格の折り合いがついたのに、最後までもめるのは親会社とのつながりの外し方。グループ内では当たり前だった支援が、売却した翌日から使えなくなるからです。

切り離しの確認チェックリスト

支援現場では、売却を決めた段階で下表の6項目を親会社と一緒に棚卸ししています。

確認項目	確認する内容	売却時の主な対応
グループ内取引	親会社や兄弟会社向けの売上・仕入の割合	売却後の取引条件と期間を契約で決める
保証・貸付	親会社保証、オーナーの経営者保証、親子間の貸付金	保証の解除や付け替え、貸付金の返済・譲渡・資本への振替
共通の業務・システム	経理・人事・ITを親会社に頼っていないか	移行期間の業務提供契約（TSA）を結ぶ
人事・福利厚生	出向者、退職金制度、企業年金、社宅	帰任か転籍かの整理と、新制度への移行
商号・ブランド	親会社の社名・ロゴ・ドメインの使用	商号変更の時期や使用許諾の期限を決める
役員	親会社から派遣された取締役・監査役	クロージング日の退任と役員変更登記

この棚卸しを後回しにすると、譲受企業が想定外の追加コストに気づいた段階で、価格の見直しを求められかねません。

IT子会社の売却は親会社との取引継続が鍵

情報システムを担うIT子会社は、売上の多くを親会社からの受注が占めることが少なくありません。譲受企業が最も気にするのは、売却後もその仕事が続くかどうか。一定期間の発注を約束する取引基本契約を株式譲渡契約と並行して結ぶ形がよく採られ、エンジニアが親会社からの出向者中心なら、転籍に同意してもらえるかも価格に直結します。

子会社売却で注意したいポイント

契約書の一文が、売却後の本業を縛ることもあります。手続を正しく踏むだけでなく、交渉の中身で差がつく論点も押さえておきましょう。

売却価格は子会社単体の実力で考える

グループの中で出ていた利益が、売却後も子会社に残るとは限りません。親会社向け取引の値付けや、親会社が肩代わりしていた管理コストを調整したうえで企業価値評価をやり直すと、希望価格と譲受企業の提示額の差が埋まりやすくなります。

従業員への説明と処遇

社員がまず気にするのは、自分の雇用と給与の行方です。

雇用契約と給与は原則そのまま

株式譲渡では雇用契約が子会社と社員の間で続くため、株主が替わっても労働条件は維持されるのが原則です。M&A後のリストラを心配する声には、雇用の維持を株式譲渡契約の条件に盛り込む交渉で応えられます。

説明のタイミングを誤らない

噂が先に広がると、優秀な人ほど早く動きます。社員説明のタイミングは契約締結後からクロージング直後に置くのが一般的。譲受企業の経営陣が同席するだけで、社員の受け止め方は大きく変わります。

出向者と親会社の制度を整理する

親会社からの出向者は、帰任か子会社への転籍かを一人ずつ決めます。転籍には本人の同意が前提。親会社の退職金制度や企業年金に加入している社員がいれば、脱退と新制度への移行手続も早めに確認しておきたいところです。

競業避止義務の範囲を確認する

株式譲渡契約では、親会社に一定の期間・地域で競業避止義務を課すのが通例です。親会社や他の子会社が似た事業をしていると、範囲の書き方次第で本業の営業まで縛られかねません。対象となる事業・地域・期間を具体的に書き分けることが肝心。

取引先と金融機関への影響を確認する

子会社の重要な契約に、株主が変わると相手方が解除できるチェンジ・オブ・コントロール条項が入っていないか確認しましょう。借入の契約に同様の定めが置かれていることも。主要取引先と金融機関に伝える順序は、譲受企業と相談して決めるのが安全です。

専門家と早めに進める

子会社売却は、親会社と譲受企業が合意のうえで進める友好的M&Aの典型です。それでも会社法の手続、親会社の税務、切り離しの設計と論点が多く、法務と税務の両方に通じたM&A仲介会社を早めに入れるほど手戻りを減らせます。

当社が支援した子会社売却の事例

手順や税金の話だけでは、実際の判断の重さは伝わりにくいもの。下表は、当社のM&A成約事例から、子会社を譲渡した2件を抜き出したものです。

上記は当社のM&A仲介実績のほんの一部です。様々な業界・規模の成約事例を下記のページでご紹介しておりますので、ぜひご覧ください。

▷関連：みつきコンサルティングのM&A成約実績一覧を見る

子会社売却にかかる税金と対策

同じ1億円で子会社を売っても、手元に残る金額は帳簿価額と売り方で大きく変わります。税金は親会社に生じ、オーナー個人が株を売る場合とは仕組みが異なるため、M&Aの税務の基本と照らして整理しておきましょう。

譲渡益には法人税等がかかる

課税の対象は、譲渡代金から子会社株式の帳簿価額と、仲介手数料などの譲渡費用を差し引いた譲渡益です。親会社のほかの所得と合算され、法人税・住民税・事業税がかかります。

税率の目安

法人税率は23.2％で、資本金1億円以下の中小法人は年800万円以下の所得部分が原則15％です（国税庁 No.5759 法人税の税率）。国と地方を合わせた法人実効税率は29.74％、防衛特別法人税の対象となる場合は30.64％と、財務省の法人課税に関する資料で示されています。中小法人の負担率は、所得の大きさや所在地次第。

防衛特別法人税の上乗せ

2026年4月1日以後に開始する事業年度からは、基準法人税額から年500万円を控除した額に4％を掛ける防衛特別法人税が課されます（国税庁 防衛特別法人税の創設）。大きな譲渡益が出る年度は、この上乗せ分も試算に含めておくべきです。

帳簿価額で譲渡益の大きさが変わる

自社で設立した子会社は、帳簿価額が設立時の出資額のままという例が目立ちます。その場合、想像以上の譲渡益が出がち。逆にM&Aで取得した子会社は、のれん相当を含む取得価額が帳簿価額になっているため、売値によっては譲渡損になることもあります。譲渡損は、親会社のほかの所得と相殺できます。

親会社の赤字と相殺できる

本業の赤字や繰越欠損金がある年度に売却すれば、譲渡益と相殺して税負担を抑えられます。繰越欠損金で相殺できるのは、中小法人なら所得の全額、それ以外の法人は所得の50％まで。決算期をまたぐかどうかで納税額が変わるため、クロージング日は税金の試算とセットで決めます。

売却前の配当で税負担を抑える方法

売却前に子会社から配当を受け取り、その分だけ株価を下げてから売る方法は、子会社売却の税務で真っ先に検討される手段です。ただし、使えるかどうかは子会社の来歴で決まります。

受取配当は益金不算入になる

法人が受け取る配当は、持株割合に応じて一部または全部が課税所得から除かれます。配当の計算期間を通じて100％保有している子会社からなら全額、3分の1超の保有なら負債利子を差し引いた残りの全額が対象（e-Gov法令検索 法人税法）。配当で先に現金を受け取れば、その分だけ譲渡代金も譲渡益も小さくなります。

簿価減額特例に当たらないか確認する

2020年度の税制改正で、50％超の支配関係にある子会社から株式の帳簿価額の10％を超える配当を受けた場合、益金不算入とした額だけ子会社株式の帳簿価額を引き下げる特例が設けられました（国税庁 2020年度法人税改正の概要）。帳簿価額が下がれば譲渡益が増え、配当で税負担を抑えた効果は打ち消されます。

特例が適用されない主なケース

次のいずれかに当たれば、この特例は適用されません。

• 設立から子会社になるまでの間、発行済株式の90％以上を国内の法人や居住者が持ち続けてきた国内の子会社
• 子会社になった日から10年を超えて受ける配当
• 同じ事業年度に受ける配当の合計が2,000万円以下
• 子会社になった後に増えた利益剰余金の範囲で支払われる配当

自社で設立した子会社か、取得した子会社か

自社で設立した国内子会社なら、設立以来の保有割合の要件に当たることが多く、配当の効果は残りやすい傾向です。海外子会社や、過去に外国の株主がいた子会社を売る場合は、配当の額と時期を慎重に試算してください。

オーナー個人が受け取る配当とは効き方が逆

同じ売却前の配当でも、オーナー個人が受け取る場合は総合課税となり、所得が高い人ほど税率が上がります。株式の譲渡益にかかる約20％の税率より重くなりやすく、会社売却前の配当がかえって手取りを減らすことも。受け取るのが法人か個人かで、判断は正反対になります。

不要な資産は売却前に整理する

事業に使っていない不動産や保険積立金を子会社に残したまま売ると、譲受企業はその評価に迷い、交渉が長引きがちです。売却前に親会社へ移しておけば、価格の議論を事業そのものに集中できます。移し方（配当・売買など）によって課税関係が変わるため、税理士と手順を組み立てるのが安全策。

消費税は非課税でも課税売上割合に注意

株式の譲渡は、消費税が非課税の取引です。ただし課税売上割合の計算では、譲渡対価の5％相当額を総売上高に加える決まり（国税庁 No.6405 課税売上割合の計算方法）。売却額が大きいと割合が95％を下回り、その課税期間は仕入税額控除を全額は受けられなくなることがあります。

事業譲渡との比較で手取りを見極める

同じ子会社を手放すにしても、方法によって税金の出方ははっきり変わります。子会社に繰越欠損金があるなら、子会社自身が事業を譲渡し、譲渡益と欠損金を相殺する設計が有利になる場合も。譲受企業の側も、事業譲渡ならのれん相当額を税務上5年で償却できるため、その効果を価格に反映する余地が生まれます。

子会社売却に関するFAQ

子会社の売却を考え始めた経営者から、よく寄せられる疑問にお答えします。

まとめ｜子会社売却は切り離しと税金まで設計して進める

子会社売却は、株式譲渡を軸に事業譲渡や会社分割も選択肢となり、親会社の機関決定、切り離しの設計、譲渡益と売却前配当の税務まで一体で考える取引です。グループの一部を手放す決断に迷いはつきものですが、論点を順に整理すれば、進むべき道は見えてくるはず。

みつきコンサルティングは、税理士法人グループのM&A仲介会社として、中小企業M&Aの豊富な支援実績を積み重ねてきました。親会社の税務試算から譲受企業探し、切り離しの設計まで一貫して伴走できるのが当社の強みです。子会社売却をお考えの際は、お気軽にご相談ください。

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