不動産M&Aとは？手続スキーム・税務メリットとデメリット・リスク

不動産M&Aは、不動産の売買を目的としたM&Aです。本記事では、不動産M&Aのメリットやデメリット、税務上の注意点、そして具体的な進め方について詳しく解説します。

「うちの会社でも売却できるだろうか…」、「何から始めればいいんだろう…」
そのような漠然とした疑問をお持ちではありませんか？ みつきコンサルティングでは、20年間・500件以上のM&A支援実績をもとに、本格的なご検討の前でも、情報収集を目的とした無料相談を随時お受けしています。まずはお話をお聞かせください。

＞＞税理士法人グループにM&Aを無料相談する

不動産M&Aとは

不動産M&Aは、不動産を所有・運営する会社の経営権や事業を譲渡することです。一般的な不動産の売買とは異なり、譲渡企業が保有する現物の不動産ではなく、その不動産を保有している会社の株式を譲受企業に譲渡します。これにより、譲受企業は会社全体を譲受し、間接的に不動産を所有することになります。実務的には、資産管理会社が保有する不動産の譲受を目的として、その資産管理会社の株式を譲受する例がよく見られます。

一般的な不動産売買との違い

通常の不動産売買では、不動産の所有権権を直接譲渡しますが、不動産M&Aでは不動産を保有する会社の株式を譲渡します。この違いは、税務上の取扱いだけでなく、手続の複雑さや当事者間の交渉内容にも影響を与えます。不動産M&Aは、税務メリットの獲得や、事業の運営法人の譲受、譲渡オーナーの意向（従業員の雇用維持など）に応える目的で活用されることがあります。

なぜ不動産M&Aが注目されるのか

「不動産M&A」という言葉は、かつてはM&A業界で正式な用語ではありませんでしたが、最近ではインターネットなどで頻繁に見かけるようになりました。これは、不動産市場とM&A市場が活況を呈し、この市場に多くの企業が参入している背景があります。従来の不動産事業者だけでなく、異業種からの参入や外資企業の動向も、不動産M&Aの多様化と高度化を促しています。

▷関連：中小企業M&Aの相談先ランキング｜銀行・税理士・仲介会社の違い

不動産M&Aの主な手法

不動産M&Aには、特定の特殊なスキームがあるわけではありません。主に、株式譲渡や事業譲渡、会社分割といったM&Aで一般的に用いられる手法が活用されたり、それらが組み合わされたりします。

株式譲渡による不動産M&A

株式譲渡は、譲渡オーナーが保有する自社株を譲受企業に譲渡し、経営権を移転する手法です。これは不動産M&Aにおいて最も一般的な手法といえるでしょう。株式の全てを取得すれば、対象会社を完全子会社化できます。譲受企業は子会社を通じて不動産を間接的に所有し、将来的に不動産の収益性を高めた後に売却したり、子会社の存続や解散を検討したりすることがあります。

▷関連：株式譲渡とは｜中小企業の事業承継での利点と欠点・M&A後は？

事業譲渡による不動産M&A

事業譲渡とは、譲渡企業の特定の事業部門や資産を、譲受企業が選んで取得する手法です。譲受企業は、譲渡対象となる事業に関連する資産や負債だけを引き継ぐことができます。このため、譲受企業は不要な負債や非効率な部門を除外できるというメリットがあります。ただし、契約や許認可の再取得が必要になる場合があり、手続が複雑になる点は注意が必要です。

▷関連：事業譲渡とは？M&A・事業承継との違い、メリット・手続・税金

会社分割による不動産M&A

会社分割（新設分割）は、譲渡企業が特定の事業を切り離して別会社化し、新旧いずれからの会社を相手方に承継させる手法です。この方法の利点は、特定の事業を独立させて管理しやすくできることです。譲受企業は株式を取得するだけで済むため、取引が明確でスムーズに進む傾向があります。組織再編税制の適格要件を満たすことで、税制上の優遇措置を受けられる可能性もあります。

▷関連：会社分割とは？M&Aでの利用法・利点と欠点・税制適格スキーム

売主のメリット・デメリット

不動産M&Aを検討する売り手のメリットとデメリットを説明します。

譲渡オーナー側の不動産M&Aのメリット

譲渡オーナーにとって、不動産M&Aは多くのメリットをもたらす可能性があります。特に、税務面での優遇や事業承継の円滑化は大きな魅力といえるでしょう。

高い節税効果の可能性

不動産M&Aは、譲渡オーナーにとって手取り額が増える可能性がある、という大きな利点があります。現物の不動産を売却すると、法人税等が課され、さらに税引後の利益を個人に配当する際には所得税等も加算され、最大で55％もの税率が課されることがあります。その意味では2重で課税されます。

一方、株式譲渡による不動産M&Aの場合、課税対象は株式の譲渡益のみとなり、税率は原則として20.315％に抑えられます。これは大きな差であり、譲渡オーナー個人レベルでの手取り額を最大化する上で非常に魅力的です。

手続きの簡素化

個々の不動産を売却するとなると、個別の売買契約や登記手続、そしてそれぞれの不動産にかかる税金などが複雑に絡み合い、膨大な手間と時間がかかります。しかし、会社ごと株式を譲渡する不動産M&Aであれば、個別の不動産を売却するよりも手続を簡素化できる可能性があります。もちろん、M&A特有の複雑さはありますが、個別の不動産取引を繰り返すよりは効率的な場合が多いです。

従業員の雇用の継続

不動産M&Aでは、従業員の雇用が継続されます。譲受企業の子会社として事業が存続できれば、従業員やその家族の生活を守ることができます。従業員が安心して働き続けられる環境は、譲渡オーナーにとっても心の安らぎにつながるでしょう。

廃業コストの削減

不動産M&Aを実施することで、廃業にかかる費用を削減できるというメリットもあります。事業や店舗などがまとめて譲渡されるため、在庫の処分費用や賃貸物件の原状回復費用といった廃業に伴うコストが発生しません。これは、事業を畳む際に考慮すべき重要な経済的側面です。

▷関連：中小企業のM&A仲介とは？メリットとデメリット・費用相場・選び方

譲渡オーナー側の不動産M&Aのデメリット

不動産M&Aには譲渡オーナーが留意すべきデメリットも存在します。特に、譲受企業の探索や手続の煩雑さは計画に影響を与える可能性があります。

譲受企業の探索に時間と手間がかかる

不動産M&Aでは、譲受企業を見つけるまでに時間がかかることが多いです。通常の不動産売買とは異なり、会社全体を譲受するため、譲受企業は不動産だけでなく、その会社の事業内容や財務状況なども総合的に評価します。特に、様々な種類の不動産を多数保有している会社の場合、「全部欲しい」という譲受企業は珍しく、売却のハードルが高くなる傾向があります。中長期的な計画として、早い段階から準備を進めることが重要です。

手続の複雑性と専門知識の必要性

不動産M&Aの手続は、一般的な不動産売買と比較して煩雑であり、手間がかかるという側面があります。譲渡企業の企業価値評価（バリュエーション）や、リスクを調査するデューデリジェンス（DD）といった専門的な手続が必要になるためです。これらの手続には、場合によっては1年以上の時間がかかることもあります。速やかな売却を望む場合には、この点を十分に考慮する必要があります。

▷関連：2025年版【M&A仲介会社一覧】上場・非上場・会計系を紹介

買主のメリット・デメリット

不動産M&Aにおける買い手のメリットとデメリットは以下のようなものです。

譲受企業側の不動産M&Aのメリット

譲受企業にとっても、不動産M&Aは多くのメリットをもたらします。特に、手続の効率化や税負担の軽減、そして事業拡大の機会は大きな魅力です。

手続の手間と労力の削減

譲受企業にとっての大きなメリットは、不動産の取得にかかる手間と労力を大幅に削減できることです。株式譲渡によって会社ごと譲受するため、個別の不動産ごとに所有権移転登記を行う必要がありません。これにより、煩雑な手続を簡素化し、効率的に不動産を確保することが可能になります。

流通税の削減

不動産M&Aでは、譲受企業側は不動産取得税や登録免許税といった税金、そして司法書士への報酬などのコストを支払う必要がない、というメリットがあります。通常の不動産売買ではこれらの税金や費用が発生するため、不動産M&Aは全体の税負担を軽減する効果が期待できます。些細な費用に見えるかもしれませんが、大きな不動産取引では無視できない金額になります。

譲受価格が抑制できる可能性

譲渡オーナー側が高い節税効果を享受できる可能性があるため、譲受企業はそれを活用して、買収価格を交渉によって抑えられる場合があります。双方にとってメリットのある取引を構築する上で、税務上の優遇は重要な交渉材料となるでしょう。賢く交渉を進めることで、譲受企業は幾分有利な条件で不動産を確保できる可能性があります。

事業拡大やシナジー効果

不動産M&Aは、単に不動産を取得するだけでなく、関連する事業の運営法人を譲受する目的でも活用されます。例えば、ホテルや物流施設、商業施設などの事業運営が必要な不動産を取得する場合、その運営会社ごと譲受することで、事業拡大や新たなシナジー効果を発揮できる可能性があります。これは、譲受企業にとって長期的な成長戦略の一部となるでしょう。

譲受企業側の不動産M&Aのデメリット

不動産M&Aは譲受企業に重要なリスクも伴います。特に、簿外債務のリスクとデューデリジェンスの徹底は、 M&Aの成否を左右する要素となります。

M&A契約交渉の複雑さ

不動産M&Aでは、不動産売買契約に慣れた当事者であっても、M&A契約特有の概念や条項に直面することがあります。例えば、株式譲渡契約には、譲渡価額の調整条項や表明保証条項、補償条項といった特有の規定が存在します。これらの条項は、通常の不動産取引では一般的ではないため、不動産に長けたM&A仲介会社などを交えた詳細な協議・交渉が必要となり、契約プロセスが複雑になる可能性があります。

簿外債務のリスク

譲受企業が不動産M&Aを行う際の最も大きなデメリットが、簿外債務（会計帳簿に記載されていない債務）を引き継ぐリスクがあることです。不動産だけでなく、会社全体を譲受するため、隠れた負債が後から発覚する可能性があります。

デューデリジェンスの必要性

簿外債務などの隠れたリスクを回避するためには、譲受企業は徹底したデューデリジェンス（DD）を実施することが不可欠です。税理士、弁護士、公認会計士などの専門家に依頼し、対象会社の価値やリスクを詳細に調査する必要があります。この手続には、時間と費用がかかりますが、将来的なトラブルを避けるためには必要不可欠な投資といえるでしょう。

▷関連：デューデリジェンスとは？M&Aの重要調査で、成功の鍵！ 

不動産M&Aと税金

不動産M&Aを検討する上で、税金の問題は避けて通れません。

不動産M&Aに関する主な税金の種類

譲渡オーナーと譲受企業双方に様々な税金が課されるため、その種類と影響を正確に理解しておくことが重要です。

現物不動産の売買にかかる税金

法人が不動産を売却する場合、その利益に対して法人税、地方法人税、法人住民税、法人事業税が課されます。建物取引では消費税も発生しますが、土地のみの取引ではかかりません。個人が不動産を売却する際は、譲渡所得税が課され、その所得は「売却価格－取得費－諸経費」で計算されます。一方、不動産の譲受企業には、不動産取得税や登録免許税がかかり、これらは固定資産税評価額に基づいて算出されます。

会社清算にかかる税金

会社清算は、事業を廃止する会社が資産を換金し、債務を精算した後、株主に残余財産を分配する手続です。残余財産を分配された株主には所得税が課されます。なお、株式譲渡による不動産M&Aで、譲受後に子会社を清算する場合、清算所得（解散時の残余財産額－清算費用）に対して法人税が課される可能性があります。

株式譲渡にかかる税金

株式譲渡による不動産M&Aでは、譲渡オーナー側には譲渡所得に対して申告分離課税が課されます。個人の株主の場合、所得税15％と住民税5％の合計20％（正確には20.315%）が課税されます。法人株主が株式を売却する場合、売却益に対して法人税が課されますが、売却損が発生した場合は繰越欠損金として翌期に繰り越されます。譲受企業側には、株式の譲渡に対して直接的な税金は発生しませんが、取得した不動産を売却して利益を得た場合には法人税が課されることになります。

新設分割および株式譲渡にかかる税金

新設分割および株式譲渡を伴う不動産M&Aでは、承継された資産および負債の含み損益に対して法人税が課されます。さらに、株主に交付された配当所得には所得税が、不動産の承継には不動産取得税が課せられることがあります。ただし、組織再編税制の適格要件などを満たすことができれば、これらの税金が繰延・非課税となる特例が適用される可能性があります。これは非常に重要なポイントであり、税務戦略を立てる上で欠かせない検討事項です。

税制上の注意点

不動産M&Aは、高い節税効果が期待できることが大きなメリットですが、特定の状況下ではこの税務メリットが得られないことがあります。特に、税務当局から「短期所有土地の譲渡に類似する株式等の譲渡」や「租税回避行為」とみなされるリスクには十分な注意が必要です。

短期所有土地の譲渡に類似する株式等の譲渡とみなされるケース

株式譲渡による不動産M&Aが、「短期所有土地の譲渡に類似する株式等の譲渡」とみなされる場合、通常よりも高い税率が適用される可能性があります。具体的には、以下のいずれかの「70％基準」を満たし、かつ「3年基準」の全てを満たす場合、短期譲渡所得の税率（所得税30％＋住民税9％）が適用されることがあります。これは現物不動産売却とほぼ同等の税率となるため、期待していた節税効果が失われることに繋がり、譲渡オーナーにとって大きな懸念事項です。

70％基準

譲渡対象となる会社が以下のいずれかの条件に該当する場合です。

• 会社の総資産に占める、譲渡株式年の1月1日時点で所有期間が5年以下の土地等の割合が70％以上であること。
• 上記の条件に加え、譲渡される株式自体の所有期間（譲渡株式年の1月1日時点）が5年以下であること。

3年基準

上記70％基準を満たす株式のうち、以下の全ての条件を満たす場合、分離短期譲渡所得として扱われます。

• 株式譲渡前3年以内に発行済株式の30％以上を所有していたこと。
• 株式譲渡年に発行済株式の5％以上を譲渡すること。
• 株式譲渡前3年以内に発行済株式の15％以上を譲渡すること。

これらの基準は、譲渡オーナー単独だけでなく、同族関係者（特殊関係株主等）を含めた所有割合や譲渡株式割合で判断されるため、事前の綿密な確認が不可欠です。

租税回避行為とみなされるリスク

新設分割を用いた不動産M&Aが、税務調査で「租税回避行為」とみなされると、M&Aのスキームが否認される可能性があります。租税回避行為とは、正当な理由なく税負担を不当に回避する行為を指します。組織再編税制には、租税回避行為を防止するための規定が設けられています。合理的な理由をもって不動産M&Aを実行し、それを税務当局に説明できる準備をしておくことが、否認リスクを軽減するために非常に重要です。税務に強いM&A仲介会社などと連携し、納得のいくスキームを構築することが肝要です。

▷関連：M&A仲介会社の比較｜信頼できるアドバイザーを選ぶポイント

不動産M&Aの手続と法務上の留意点

不動産M&Aを円滑に進めるためには、一般的なM&Aと同様のプロセスを踏みつつ、不動産特有の法務上の留意点に細心の注意を払う必要があります。

不動産M&Aの進め方

不動産M&Aの進め方は、基本的に一般的なM&A案件と同様の流れを辿ります。まず、譲渡オーナーと譲受企業候補が当事者となり、秘密保持契約（NDA）を締結します。その後、基本合意書（LOI）を締結し、デューデリジェンス（DD）を実施します。DDの結果を踏まえて最終契約を締結し、クロージング（株式の交付や代金支払いなど）へと進みます。各段階で、M&A仲介会社、弁護士、会計士、税理士といった専門家が重要な役割を果たします。

デューデリジェンス（DD）の重要性

不動産M&AにおけるDDは、不動産そのものに関するDD（不動産DD）に加え、不動産を保有する会社（譲渡企業）に対するDDも必要となる点が特徴です。対象会社のDDでは、法務、財務、税務の側面から詳細な調査が行われます。これにより、対象会社の法的問題点、簿外債務、潜在債務の有無を確認し、顕在化したリスクを最終契約に反映させるなどして対応方法を検討します。譲受企業としては、DDを通じて対象会社を適切に評価し、リスク管理を行うことが極めて重要です。

法務DDにおける確認事項

法務DDの対象項目は多岐にわたりますが、不動産M&Aにおいては、特に以下の事項に重点を置く必要があります。

• 株式に関する事項：譲渡オーナーが保有する株式の有効性、過去の株主の変遷、関連当事者間の取引の有無などを確認します。
• 許認可・法令遵守：対象会社の事業に必要な許認可の取得状況や、その保有・維持要件の遵守状況を確認します。M&A実行に伴い必要となる手続も洗い出します。
• 人事労務：人事労務制度や法令遵守状況、未払賃金の有無などを確認します。会社分割を利用する場合には、労働契約承継法等の手続も重要です。
• その他：個人情報保護法の遵守状況や、外国法人による譲受の場合は外国為替及び外国貿易法（外為法）上の届出の要否も確認します。

これらの確認を通じて、不動産M&A実行時だけでなく、実行後の事業シナリオも踏まえたリスク把握と対応策の検討が求められます。

▷関連：M&Aにおける不動産デューデリジェンスとは？ 調査項目、タイミング

契約上の留意点

不動産M&Aで必要となる契約は、採用するスキームによって異なりますが、株式譲渡スキームであれば株式譲渡契約が中心となります。会社分割や事業譲渡であれば、それぞれの契約が必要です。株式譲渡契約には、株式譲渡の手続、金額、表明保証条項、前提条件、誓約事項、補償条項といった一般的なM&A契約に特有の概念や条項が多く含まれます。

株式譲渡価格の調整

株式譲渡契約では、譲渡価格を固定するだけでなく、譲渡価額の調整条項を設けることがあります。不動産M&Aでは、譲受企業による評価が不動産に集中し、対象会社の株式には形式的な金額を割り当てるケースもあるため、調整条項のドラフティングには工夫が必要です。譲渡オーナーと譲受企業の意図が的確に反映されるよう、M&A仲介会社などの専門家との連携が重要になります。

▷関連：株式譲渡契約書の記載事項・作成方法・注意点・ひな形を詳解！

表明保証と補償条項

表明保証条項は、譲渡オーナーが対象会社の状況について特定の事実が正確であることを表明し、その保証に違反した場合に譲受企業が補償を求めることができる重要な条項です。不動産M&Aにおいては、不動産が重要な資産であるため、通常のM&Aよりも不動産に関する表明保証の内容を充実させる必要があります。補償条項では、表明保証違反や契約上の義務違反によって生じた損害に対する補償の範囲や上限金額、請求可能期間などが定められます。これらの設定には、不動産M&A特有の実務的な差異があるため、慎重な検討が求められます。

▷関連：表明保証とは？M&Aでの条項の具体例・判例・違反時の責任を解説

表明保証保険の活用

近年、M&A取引において表明保証保険の利用が増加しています。不動産取引の実務ではあまり一般的ではありませんが、不動産保有会社の譲受を伴う不動産M&Aでは、譲受企業が表明保証保険を活用する選択肢も考えられます。この保険は、表明保証違反による損害リスクを軽減するのに役立ちますが、保険会社との協議や、株式譲渡契約における表明保証・補償条項の内容との整合性を図る必要があります。

不動産M&Aのまとめ

不動産M&Aは、不動産を保有する会社の株式を譲渡することで、税務メリットや事業承継の円滑化を図るM&Aの一形態です。メリットとデメリット、税務上の注意点を理解し、この分野に強いM&A仲介会社と連携しながら戦略的に進めることが成功の鍵となります。

当社は、みつき税理士法人グループのM&A仲介会社として15年以上の業歴があり、中小企業M&Aに特化した実績経験が豊富なM&Aアドバイザー・公認会計士・税理士が多く在籍しております。M&Aをご検討の際は、みつきコンサルティングにご相談ください。

完全成功報酬のM&A仲介は、こちら ＞