合同会社の売却は可能？持分譲渡・事業譲渡の手続と税金を解説

合同会社は売却できるのか、どの手法なら現実的なのかを整理しました。持分譲渡・事業譲渡・組織変更後の株式譲渡・吸収合併の4手法を、同意要件と税負担の両面から比較。全社員の同意という壁の外し方、手取りが変わる理由、社員の相続で会社が消えるリスクまで、譲渡オーナーが判断に使える形で解説します。

合同会社の売却で使える4つの手法

「合同会社は売れない」と聞いて相談に来られる方が、意外と多くいらっしゃいます。結論から申し上げると、合同会社もM&Aで譲渡できます。ただし株式会社と同じ進め方は通用せず、器の性質に合わせた手法選びが要ります。

下表は、合同会社で使われる4つの手法を、実務で効いてくる観点から比べたものです。

比較項目	持分譲渡	事業譲渡	組織変更後の株式譲渡	吸収合併
取引の対象	社員が持つ持分（会社そのもの）	個別の事業資産・負債・契約	組織変更後の発行済株式	権利義務の全部
必要な同意	他の社員全員の承諾	社員の過半数	総社員の同意	総社員の同意
会社の存続	そのまま存続	存続（事業のみ移転）	株式会社として存続	消滅
オーナーの課税	譲渡益に20.315％の申告分離課税	会社に法人税等、個人へは二段階目の課税	譲渡益に20.315％の申告分離課税	受け取る対価の内容による
使われやすさ	社員が少なければ有力	採用例が最も多い	時間に余裕があれば有力	相手が限られる

手法選びの前に確認したい3点

どれを選ぶかは好みではなく、事実関係で決まります。譲渡オーナーに最初にうかがうのは、次の3点です。

社員が何人いるか

合同会社の社員（出資者）が譲渡オーナー1人だけなら、承諾を得るべき「他の社員」が存在しません。この場合、持分譲渡は株式会社の株式譲渡の仕組みとほぼ同じ感覚で進みます。難しいのは、社員が複数いて意見が割れている会社です。

譲受企業がどの器を望むか

譲受企業が上場企業やその子会社の場合、グループ管理の都合で株式会社への組織変更を求められることがあります。逆に、外資系や投資会社が譲受企業なら、合同会社のままでも支障ないと判断されるケースも。相手次第で手法が動く点は、株式会社の案件との大きな違いです。

手取りをどこで最大化するか

持分譲渡なら対価は個人に入り、事業譲渡なら会社に入ります。同じ3億円でも、譲渡オーナーの財布に残る金額は変わります。詳しくは後段の試算で触れますが、この差を知らないまま手法を決めてしまう会社が、現場では珍しくありません。

M&A全体の進め方を整理しておきたい方は、会社売却の進め方もあわせてご覧ください。会社形態ごとの論点は、不動産M&Aの仕組みや資産管理会社のスキームでも扱っています。

合同会社の売却が難しいと言われる理由

「難しい」と言われる原因は、実は3つに絞れます。裏を返せば、この3つを潰せば売却は前に進みます。

他の社員全員の承諾という壁

社員は、他の社員全員の承諾がなければ持分を譲渡できません（会社法第585条）。業務を執行しない有限責任社員だけは、業務執行社員全員の承諾で足ります。

厄介なのは、この要件が持分の一部譲渡にも及ぶことです。1人でも反対すれば、譲渡は成立しません。

定款で緩和できる場合がある

会社法第585条第4項は、定款で別段の定めを置くことを認めています。設立時の定款をそのまま使っている会社が大半のため、この規定を活用している例は多くありません。売却を意識し始めた段階で、定款を一度読み返す価値はあります。

親族が社員に入っている会社は要注意

合同会社では、節税や資金拠出の都合で配偶者や子を社員に入れているケースがあります。関係が良好なうちは問題になりませんが、承諾を取る段になって条件闘争に発展した例を、支援現場では見てきました。

譲受企業が株式会社を前提に検討する

譲受企業の稟議資料や取締役会資料は、株式会社を前提に作られています。合同会社というだけで社内説明の手間が増えるため、検討の入口で見送られることも。この点は有限会社のM&Aや合名会社や合資会社の持分譲渡とも共通する悩みです。

事業譲渡でも個別の移転手続が残る

事業譲渡は同意要件が緩い代わりに、移す資産や契約を1つずつ処理します。手間は決して小さくありません。

許認可は原則として引き継げない

建設業、運送業、飲食業、介護事業など、許認可が事業の前提になっている会社では、譲受企業側で取り直しが要ります。取得までの空白期間をどう埋めるかが交渉の焦点になりやすく、許認可の引き継ぎは早めに整理しておきたい論点です。

契約と従業員の同意が要る

取引基本契約、リース契約、賃貸借契約は、相手方の承諾なしには移せません。従業員も同様で、いったん退職して譲受企業に入り直す形をとります。この説明を後回しにすると、離職が一気に増えます。

持分譲渡で合同会社を売却する

会社を丸ごと引き継いでもらう手法です。許認可も契約も従業員も、会社に紐づいたまま残ります。

持分譲渡の手続の流れ

実務では、次の順序で進みます。

• 他の社員全員から譲渡の承諾を得る
• 持分譲渡契約書を締結する
• 社員の氏名・住所は定款記載事項のため、定款を変更する
• 業務執行社員や代表社員が交代する場合は変更登記を行う

社員が譲渡オーナー1人の会社では、退社と加入が同時でないと社員が欠けた状態が生じ、解散事由に触れます。契約書の効力発生日と加入の日付を揃える作業は、地味ですが落としてはいけない工程です。

持分譲渡にかかる税金

ここが持分譲渡の最大の利点です。合同会社の社員の持分は税法上の「株式等」に含まれ、譲渡益は一般株式等に係る譲渡所得等として申告分離課税の対象になります（国税庁 No.1463）。

税率は所得税15％と住民税5％、これに復興特別所得税を加えた20.315％。株式会社の株式を売る場合とまったく同じ扱いです。

消費税は課されない

持分の譲渡は、有価証券等の譲渡として消費税の非課税取引に位置づけられています（国税庁 No.6201）。譲受企業から見れば、事業譲渡より初期のキャッシュ負担が軽くなります。スキームごとの違いは消費税の取扱いで詳しく整理しています。

持分割合と経済的価値は一致しない

合同会社は、定款で損益の分配割合を出資比率と切り離して定められます。出資は50％でも、利益の8割を受け取る設計になっている会社が実在します。デューデリジェンスで必ず突かれる箇所ですので、定款の分配条項は事前に確認しておいてください。

事業譲渡で合同会社の事業を売却する

事業譲渡は、必要な資産・負債・契約を選んで移す手法です。合同会社のM&Aで採用例が最も多いのは、同意要件の軽さが理由になっています。

決定機関は社員の過半数

株式会社の事業譲渡には株主総会の特別決議が要りますが、この規定は持分会社には適用されません。持分会社では業務執行の決定として、社員の過半数で決められます。定款に別段の定めがあれば、そちらが優先します。

なお譲受企業が株式会社で、事業の全部を譲り受ける場合には、譲受企業側で株主総会の特別決議が必要になります。相手方の社内手続も交渉スケジュールに織り込んでおきましょう。

事業譲渡の実務の流れ

秘密保持契約から始まり、条件交渉、基本合意、デューデリジェンス、事業譲渡契約の締結という順に進みます。締結後に控えているのが、資産と契約の個別移転です。

不動産の登記、車両の名義変更、リース会社への承諾依頼、取引先への説明。この工程だけで2か月から3か月かかる会社もあります。事業譲渡の全体像と契約書の作り方を先に押さえておくと、想定外の遅れを避けられます。

事業譲渡にかかる税金

持分譲渡との最大の違いが、課税される主体です。

会社に法人税等がかかる

対価を受け取るのは会社ですので、譲渡益には法人税・地方法人税・法人住民税・事業税が課されます。資本金1億円以下の中小法人には、年800万円以下の所得に軽減税率が適用されます（国税庁 No.5759）。地方税を含めた実効ベースでは、おおむね30％台前半に収まる会社が多いところです。

課税資産には消費税がかかる

棚卸資産、建物、機械、営業権（のれん）は課税対象です。一方で土地は非課税ですので、不動産を多く持つ会社では消費税額が大きく変わります。営業権の評価はのれんの算定方法を参考にしてください。

競業避止義務が付いてくる

事業を譲渡した会社は、同一市町村と隣接市町村の区域内で、20年間は同一の事業を行えません。特約を結べば期間を延ばせますが、上限は30年です。

譲渡後に別事業で再起を考えている譲渡オーナーは、範囲の書き方で後悔しないよう、競業避止義務の範囲を契約段階で詰めておいてください。

組織変更して株式会社として売却する

合同会社を株式会社に変えてから株式を譲渡する方法です。譲受企業の抵抗感がなくなり、候補先の幅が広がります。

組織変更の手続と期間

組織変更計画を作り、総社員の同意を得たうえで、債権者に異議を述べる機会を与えます。官報公告と個別催告が必要で、異議申述期間は1か月以上を確保します。効力発生後に、株式会社の設立登記と合同会社の解散登記を同時に申請します。

公告手配から登記完了まで、実務では2か月から3か月をみておくと安全です。

組織変更にかかる費用

組織変更による株式会社の設立登記の登録免許税は、資本金の額の1,000分の1.5で、3万円に満たない場合は3万円です。これに合同会社の解散登記3万円が加わります（国税庁 No.7191）。官報掲載料と司法書士報酬を含めても、総額で数十万円の範囲に収まる会社が大半です。

売却の直前に組織変更するのは避ける

当社の支援現場で繰り返しお伝えしている判断軸があります。それは、買い手が決まってから組織変更に着手すると、交渉が止まるということです。

債権者保護手続の1か月は短縮できません。基本合意からクロージングまでの熱量が高い時期に、この空白が入ると条件が揺り戻されます。将来の売却を視野に入れている合同会社であれば、案件化の前、できれば1年以上前に済ませておくのが安全です。

吸収合併という選択肢

譲受企業に権利義務を包括的に引き継がせ、自社は消滅する手法です。統合が一度に完了するため、シナジーは早く出ます。

手続と同意要件

合併契約の締結には総社員の同意が要り、債権者保護手続も必要です。消滅する側と存続する側で登記も分かれます。役割分担は吸収合併の手続と存続会社の位置づけで確認できます。

中小の合同会社で使いにくい理由

最大のボトルネックは相手探しです。対価として存続会社の持分や株式を受け取る形が基本になるため、譲渡オーナーは現金を手にできません。引退を前提に売却を考えている方の目的とは、そもそも噛み合わないところがあります。

結果として、合同会社の売却では持分譲渡か事業譲渡に落ち着く案件がほとんどです。

持分譲渡と事業譲渡で手取りはどれだけ変わるか

数字で見ると、手法選びの重さが実感できます。譲渡対価3億円という前提を置いた試算が下表です。実際の税額は取得費や損金の状況で動きますので、目安としてご覧ください。

比較項目	持分譲渡	事業譲渡
対価の受取主体	譲渡オーナー個人	合同会社
譲渡対価	3億円	3億円（消費税別）
差し引く金額	出資額1,000万円	譲渡資産の簿価1億円
譲渡益	2億9,000万円	2億円
税負担	20.315％で約5,891万円	実効税率33％と仮定し約6,600万円
残る金額	個人に約2億4,100万円	会社に約2億3,400万円
その後の課税	なし	配当・退職金・清算の段階で再度課税

注目していただきたいのは最終行です。事業譲渡では、会社に残った資金を個人に移す段階でもう一度税金がかかります。役員退職金を組み合わせて負担を抑える設計は可能ですが、それでも持分譲渡の方が手取りは残りやすい構造。手取り額の計算と会社売却の相場観をあわせて確認すると、判断の輪郭が見えてきます。

価格そのものはどう決まるか

合同会社だから安く評価される、ということはありません。純資産に営業利益の数年分を加える年買法や、将来キャッシュフローを割り引く方法で算定します。器の形より、収益力と人材の残存性が価格を左右します。算定の考え方は企業価値評価の基礎と事業売却の価格の決まり方で解説しています。

合同会社の売却を進めるための準備

相談から成約まで、通常は6か月から1年ほど。準備の質が期間と価格の両方を決めます。

売却前に整えておく5項目

合同会社に固有の論点を含めた、実務用のチェックリストです。

• 定款の全文を確認し、持分譲渡の承諾要件、損益分配割合、相続人の持分承継に関する定めを洗い出す
• 社員名簿と出資履歴を整理し、名義と実質が食い違っていないか確かめる
• 合同会社には決算公告の義務がないため、過去3期の決算書と法人税申告書の整合を自ら点検しておく
• 個人保証と担保提供の一覧を作り、金融機関との解除交渉の見通しを立てる
• 許認可の一覧と更新時期をまとめ、手法選択に影響するかを判断する

3項目めは、合同会社ならではの落とし穴です。外部に公表される決算書がない分、譲受企業は数字の裏取りを厳しく行います。デューデリジェンスの流れを先に把握しておくと、資料準備の負担が読めます。

支援現場で見た2つの事例

いずれも個社が特定されない範囲に加工しています。

社員2名のITサービス業

年商4億円、従業員22名。譲渡オーナーと創業時の共同出資者の2名が社員でした。当初は事業譲渡で検討していたものの、試算で手取り差が大きいと分かり、共同出資者の持分を先に譲渡オーナーが買い取る方向に切り替え。1人合同会社にしたうえで持分譲渡を実行し、承諾の問題を根本から外しました。買取価格の交渉に3か月を要しましたが、結果的に手取りは大きく改善しています。

社員5名の食品製造業

年商12億円、従業員68名。親族4名が社員に入っており、全員の承諾を得る見通しが立ちませんでした。採用したのは、主力事業のみを切り出す事業譲渡です。会社は存続させ、譲渡代金で借入を返済したうえで、残余を配当と役員退職金で分配。工場の許認可を譲受企業が取り直す期間を、業務委託契約でつなぎました。全員の同意が取れない会社でも、打ち手はあります。

相談先をどう選ぶか

合同会社の案件は、会社法と税務の両方を同時に見る必要があります。持分譲渡の承諾要件を法務側だけで判断すると税負担を取り逃がし、税務側だけで見ると手続の可否を誤ります。買い手の探し方と併せて、相談先の体制も確認しておきたいところです。

参考｜合同会社と株式会社の違い

売却の話に入る前提として、器の性質を押さえておきます。合同会社は2006年施行の会社法で導入された形態で、アメリカのLLCを参考にしています。

持分会社の3類型

持分会社は、合同会社・合名会社・合資会社の総称です。株式ではなく持分という権利で会社に関与します。責任範囲が下表のように分かれます。

会社形態	社員の責任	実務での使われ方
合同会社	全社員が有限責任	小規模事業、外資系日本法人、資産保有
合名会社	全社員が無限責任	信頼関係の強い小規模事業、酒類製造など
合資会社	無限責任社員と有限責任社員が併存	歴史ある家族経営に残存

株式会社との主な違い

合同会社では出資者と経営者が一致し、株主総会も取締役会もありません。役員の任期がなく、決算公告の義務も課されないため、維持コストは軽くなります。反面、外部からの資金調達手段は限られます。

注意していただきたいのが「社員」という言葉です。合同会社の社員は出資者を指し、従業員ではありません。売却の話をする際にここが混線すると、条件の認識がずれます。

合同会社が増えている背景

法務省の登記統計によれば、合同会社の設立登記は近年、年間4万件を超える水準で推移しています（e-Stat 登記統計）。設立時の登録免許税が最低6万円で済み、定款認証も不要という手軽さが支持されています。

設立から20年が経ち、当時つくられた合同会社が承継期を迎えました。売却の相談が増えているのは、この時間の経過が背景にあります。

社員の死亡が会社の存続に直結する

見落とされやすい論点です。定款に相続人が持分を承継する旨の定めがない限り、社員が亡くなっても相続人は社員になりません。相続人が取得するのは、持分の払戻請求権にとどまります。

社員が譲渡オーナー1人の合同会社では、その死亡によって社員が欠け、解散事由に該当します。会社は残っても事業は止まり、譲渡できる状態ではなくなります。休眠会社の売却が難しい理由とも通じる話で、動くなら元気なうちに、というのが偽らざる実感です。廃業との比較も、判断材料の1つになります。

合同会社の売却に関するFAQ

ご相談の場でよく出る質問をまとめました。

合同会社の売却で押さえておきたい要点のまとめ

合同会社の売却は、持分譲渡・事業譲渡・組織変更後の株式譲渡・吸収合併の4つから選びます。難しいと言われる原因は他の社員全員の承諾にあり、社員構成と定款を先に整理すれば道は開けます。株式会社より選択肢は狭いものの、打つ手がないわけではありません。

みつきコンサルティングは、税理士法人グループのM&A仲介会社として、中小企業のM&Aと事業承継を数多く支援してきました。持分譲渡と事業譲渡の税負担比較から、組織変更の要否、個人保証の解除まで一体で検討できます。合同会社の売却をお考えでしたら、早い段階でご相談ください。

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