事業譲渡後の会社はどうなる？清算・存続の選択肢と手取りの判断軸

事業譲渡をしても法人格は消えず、譲渡代金は会社に入ります。残った会社を畳むのか、資産管理会社や別事業の器として残すのか。その選択次第で、オーナーが受け取る金額も手間も変わります。法人と個人の二段階課税、従業員の転籍、許認可、個人保証、競業避止義務まで整理し、株式譲渡と比べた選び方を実務目線で解説します。

事業譲渡後の会社はどうなる？法人格は手元に残る

「事業を売ったら、会社も一緒になくなるのでは」。初めてのご相談で、こう思い込んでいる経営者は珍しくありません。実際には、事業譲渡をしても会社は消滅せず、法人格は譲渡オーナーの手元に残ります。

事業譲渡は、会社の事業や資産を切り出して譲受企業へ引き渡す取引。会社を丸ごと引き渡す株式譲渡とは、譲渡後の姿がまるで違います。この違いを押さえておくと、事業譲渡のデメリットも含めて自社に合うかどうかを判断しやすくなります。

株式譲渡との決定的な違い

分かれ目は、経営権である株式が動くかどうか。株式譲渡では株主が入れ替わり、会社は譲受企業の子会社として存続します。オーナーの手元には、会社も事業も残りません。

事業譲渡では株主も役員も変わらず、中身のビジネスだけが譲受企業へ移ります。会社という器を残して中身を手放すイメージで、株式譲渡と事業譲渡の違いは突き詰めるとこの一点に行き着きます。

全部譲渡と一部譲渡で残る会社の姿が変わる

同じ事業譲渡でも、何を譲るかによって手元に残る会社の中身は大きく変わります。

全部譲渡なら現金と負債が残る器になる

すべての事業を譲渡すると、会社には譲渡代金と、譲受企業が引き継がなかった借入金などの負債が残ります。現場で「現金だけが入った箱」と表現される状態です。営業活動がないため、この器をどう扱うかが、次の検討課題。

一部譲渡なら残した事業で会社が続く

不採算部門だけ、あるいは特定の店舗や工場だけを譲る場合、会社は残った事業で営業を続けます。本業に集中したい会社が周辺事業を切り離す場面で、よく使われる形です。

譲渡側の会社で必要になる会社法の手続

事業の全部または重要な一部を譲渡するときは、譲渡側の会社で株主総会の特別決議が求められます（会社法第467条）。譲渡資産の帳簿価額が総資産の5分の1以下であれば、決議を省略できる簡易事業譲渡の扱いもあります。

オーナーが株式の大半を持つ中小企業なら、決議自体は通りやすいもの。とはいえ配偶者や子が株主に入っているなら、事前に説明しておくのが無難です。

譲渡代金は会社に入る｜手取りを左右する二段階課税

事業譲渡の検討で読み違えが起きやすいのが、お金の流れです。譲渡代金は社長個人ではなく、会社の口座に入金されます。個人の手取りに届くまでに税金が2回かかる構造を、先に押さえておきましょう。

1回目は会社にかかる法人税等

譲渡代金から譲渡資産の帳簿価額などを差し引いた譲渡益は、会社の所得として法人税等の対象になります。資本金1億円以下の中小企業でも、所得が大きい部分にはおおむね34％前後の実効税率がかかる計算です。

2026年4月1日以後に開始する事業年度からは、法人税額から年500万円を控除した残りに4％の防衛特別法人税も加わりました。まとまった譲渡益が出る事業譲渡では、この上乗せも無視できません。

2回目は個人に移すときの所得税等

会社に残ったお金をオーナー個人が使うには、会社から引き出す手続が要ります。代表的な方法は3つあり、それぞれ税金の性質が異なります。

役員退職金として受け取る

退職金は退職所得として扱われ、勤続年数に応じた退職所得控除を差し引いた後、原則としてその2分の1が課税対象になります（国税庁タックスアンサーNo.1420）。個人へ移す手段としては税負担が軽く、最初に検討されることが多い方法です。

ただし、金額が過大と判断された部分は会社側で損金に算入できません。M&Aでの役員退職金は、功績倍率などの根拠を示せる水準で設計するのが実務の基本です。

会社を清算して残余財産の分配を受ける

清算時に株主へ分配される残余財産のうち、資本金等の額を超える部分はみなし配当として配当所得になります（所得税法第25条）。配当所得は総合課税のため、金額が大きいほど累進税率が効いて負担が重くなりがちです。清算を選ぶなら、みなし配当の課税は避けて通れません。

役員報酬や配当で少しずつ受け取る

会社を残す場合は、役員報酬や配当として数年かけて引き出す方法もあります。単年に所得が集中しないぶん税率は抑えやすい反面、会社を維持するコストと手間は続くことに。

株式譲渡と比べた手取りの差

同じ規模の譲渡益でも、スキームによって税金のかかり方は変わります。

課税の流れの比較

下表は、譲渡益に対する課税の流れを、株式譲渡と事業譲渡（清算まで行う場合）で比べたものです。

比較項目	株式譲渡	事業譲渡（清算まで行う場合）
対価の受取人	株主であるオーナー個人	会社（法人）
1回目の課税	譲渡所得に20.315％の申告分離課税	譲渡益に法人税等 （実効税率おおむね34％前後）
2回目の課税	なし	退職所得、またはみなし配当としての配当所得
手取りの傾向	課税が1回で済み、手取りを読みやすい	2段階の課税で目減りしやすい

譲渡益1億円で単純計算した場合

譲渡益1億円で単純計算すると、株式譲渡の税負担は約2,030万円です（国税庁タックスアンサーNo.1463）。事業譲渡では法人段階だけで約3,400万円前後が税金になり、残りを個人へ移す段階でさらに課税されます。退職金と清算をどう組み合わせるかで、オーナー個人の手取りは大きく動きます。

繰越欠損金がある会社は事業譲渡が有利に働くことも

二段階課税の話だけを聞くと、事業譲渡は不利に見えるかもしれません。ところが条件次第で、評価は逆転します。

欠損金と譲渡益を相殺できる

過去の赤字が繰越欠損金として残っている会社では、譲渡益と相殺して法人税等を圧縮できます。中小法人等は所得の全額まで控除でき、2018年4月1日以後に開始した事業年度の欠損金は10年間繰り越せます（国税庁タックスアンサーNo.5762）。

のれんの評価も譲渡益に含まれる

事業譲渡の税金を見積もる際は、のれんの評価額も譲渡益に含まれる点を忘れずに。欠損金の残高と期限、のれんの金額を並べてみるだけで、スキームの優劣がひっくり返ることもあります。価格交渉と税務はセットで考えるのが鉄則です。

事業譲渡後に残った法人の3つの選択肢

譲渡代金を受け取った会社の行き先は、清算・事業の継続・資産管理会社化の3つに大別できます。どれが正解かは、オーナーの年齢や生活設計、会社に残る資産で変わります。下表で特徴を比べてから、一つずつ見ていきましょう。

比較項目	清算して廃業	別事業を継続	資産管理会社として存続
向いているケース	引退を決めていて、会社に残す資産がない	残した事業がある、新事業に挑戦したい	不動産や多額の現金を法人で持ち続けたい
個人への資金移動	役員退職金と残余財産の分配で一括	役員報酬・配当で継続的に	役員報酬・配当で段階的に
手間とコスト	清算結了まで数ヶ月、その後は不要	通常の会社運営が続く	決算・申告・均等割などの維持コストが続く
主な注意点	みなし配当の総合課税	競業避止義務の範囲	相続時の株式評価

選択肢1 会社を清算して廃業する

全部譲渡で会社に現金だけが残ったなら、解散・清算を選ぶオーナーが多数派です。負債を返し終えた後の財産を株主に分配し、登記を閉じて法人を消滅させます。まだ事業譲渡と会社ごとの売却で迷っている段階なら、清算と会社売却の手取り差を先に比べておきたいところ。

解散から清算結了までの流れ

下表は、解散決議から清算確定申告までの主な手続を順に並べたものです。債権者への公告期間があるため、どれだけ急いでも2ヶ月超はかかります。

手順	主な内容	期限・根拠の目安
解散決議・清算人の選任	株主総会の特別決議で解散し、清算人を選ぶ	会社法第471条
解散・清算人の登記	法務局へ登記を申請する	解散から2週間以内
債権者への公告・催告	官報公告と、知れている債権者への個別催告	2ヶ月以上の期間を定める （会社法第499条）
解散確定申告	解散日までの事業年度の決算と申告	解散日の翌日から2ヶ月以内
債務弁済・残余財産の分配	財産を換価して債務を返済し、残りを株主へ分配	公告期間の経過後
清算結了の登記	株主総会で決算報告を承認し、登記を閉鎖	承認から2週間以内
清算確定申告	残余財産の確定を受けた最後の申告	残余財産確定日の翌日から1ヶ月以内

清算の段取りで差がつくポイント

「事業を売ったら終わり」と気が緩む時期ほど、段取りの差が手取りに出ます。譲渡益が出る事業年度と、役員退職金を損金にする事業年度をそろえると、法人段階の税負担を抑えやすくなるため。当社の支援現場でも、事業譲渡の実行日と社長の退任日の順番を先に決めてから、清算のスケジュールを組むことがほとんどです。

選択肢2 別事業を継続・新規事業に投資する

一部譲渡で本業を残した会社はもちろん、全部譲渡の後に新しい事業を始める会社もあります。法人格や取引実績、金融機関との関係をそのまま使えるのが利点。

ただし、新たに始める事業が譲渡した事業と重なると、後述する競業避止義務に触れるおそれがあります。「隣の市で同じ商売を小さくやり直そう」という発想は、契約書の条項を確かめてからにしてください。

選択肢3 資産管理会社として存続させる

事業は手放しても、法人は残す。そんな選び方をするオーナーも一定数いらっしゃいます。

不動産や現金を法人で持ち続ける

本社の土地建物を譲渡対象から外し、譲受企業へ賃貸して家賃を得る形が典型例です。譲渡代金を法人で運用しつつ、役員報酬や配当で少しずつ個人へ還元していきます。清算で一度に課税されるより、資産管理会社の活用で手取りが増える場合も。

相続まで見据えた株式評価の落とし穴

意外と多い落とし穴が、残した会社の株式を将来相続するときの評価です。事業を行っていない休業中の会社の株式は、相続税評価で純資産価額により評価されます（財産評価基本通達189）。賃貸を続ける会社でも、土地の比率が高ければ土地保有特定会社として同様の扱いになり得ます。

何もせず休眠させる場合の注意点

「とりあえず置いておく」という選択にも、見えにくいコストがあります。事業をしていなくても法人住民税の均等割は原則かかり、決算と申告も毎年続きます。休業中の扱いは、自治体ごとにまちまち。

登記を12年間放置すると、法務大臣の公告を経て解散したものとみなされる規定もあります（会社法第472条）。後から休眠会社の売却を思い立っても、事業のない器を引き受ける譲受企業は見つかりにくいのが実情です。

従業員・取引先・許認可はどう引き継がれるか

株式譲渡なら会社ごと移るため、雇用契約も取引契約も原則そのまま続きます。事業譲渡では一つひとつ移し替える必要があり、ここが譲渡オーナーにとって実務負担の山場。

下表は、株式譲渡と事業譲渡で引継ぎの扱いがどう違うかをまとめたものです。

比較項目	株式譲渡	事業譲渡
会社（法人格）	譲受企業の子会社として存続	譲渡オーナーの手元に残る
従業員の雇用	原則としてそのまま継続	本人の承諾を得て転籍
取引先との契約	原則として継続 （支配権の変更を解除事由とする条項に注意）	相手方の承諾を得て個別に移転
許認可	原則として維持	業法ごとに承継できるかが分かれる
借入金・個人保証	会社に残り、保証の差し替えを交渉	引き受けてもらった負債以外は譲渡側の会社に残る

従業員の雇用は本人の承諾による転籍が原則

事業譲渡では、雇用契約は自動的には移りません。株式譲渡との違いが最も表れる部分です。

転籍には本人の承諾が要る

民法第625条は、使用者が労働者の承諾なしに雇用契約上の権利を第三者へ譲り渡すことを認めていません。実務では、いったん譲渡側の会社を退職し、譲受企業と新たに契約を結ぶ転籍の形をとります。

協議の進め方と説明のポイント

厚生労働省の事業譲渡等指針も、時間的な余裕をもって協議し、真意による承諾を得るよう求めています。給与や勤務地、退職金の通算がどうなるかを具体的に示せないと、キーマンの離職を招きかねません。転籍する社員への説明は、譲渡オーナー自身の言葉で行うのが理想です。

取引先との契約と債権債務の移し替え

取引先との契約を移すには、相手方の承諾が要ります（民法第539条の2）。取引先が数百社に及ぶ会社では、名義変更だけで数ヶ月かかることも。相手が継続を断れば、その売上は譲受企業に移りません。

売掛金や買掛金をどちらが持つかも論点です。債権承継の対抗要件を満たさないまま進めると、入金先をめぐって混乱が起きがちです。どの契約の地位承継を行うのか、事業譲渡契約書で一つずつ特定しておきましょう。

許認可は業法ごとに承継の可否が分かれる

「事業譲渡では許認可を取り直すしかない」という説明を今も見かけます。ただ、2020年以降は事情が変わりました。

事前認可で承継できる主な業種

業種によっては、事前に行政の認可を受ければ許可ごと譲受企業へ引き継げます。中小企業の事業譲渡で登場しやすい2つを確認しておきましょう。

建設業

2020年10月施行の改正建設業法により、事前に認可を受ければ事業譲渡でも建設業許可を承継できるようになりました（国土交通省関東地方整備局の手引き）。改正前に生じていた、廃業から新規許可までの空白期間を避けられます。

一般貨物自動車運送事業

国土交通大臣の認可を受けた譲渡譲受であれば、譲受企業が運送事業者としての地位を承継します（貨物自動車運送事業法第30条）。認可が下りる前に譲渡の効力は生じないため、日程は逆算で組むことになります。

承継の条件と新規取得が必要なケース

建設業の許可承継は、許可を受けた建設業の全部を譲渡する場合に限られます。一部の業種だけを切り出すなら、譲受企業が新たに許可を取る必要があり、空白期間の調整が課題です。届出で済むもの、認可が要るもの、新規取得が必要なものと業法ごとに扱いが違うため、許認可の引き継ぎは行政書士を交えて早めに確認してください。

譲渡オーナー社長が事業譲渡後に直面する3つの論点

会社の行き先と並んで、社長個人にも決めておくべきことがあります。借入金の保証、競業避止義務、そして譲渡後の関わり方の3点です。

借入金と個人保証は譲渡側の会社に残る

事業譲渡では、譲受企業が引き受けると合意した負債以外は譲渡側の会社に残ります。つまり社長の個人保証も、そのままでは外れません。

実務で多いのは、譲渡代金で借入金を一括返済し、保証契約を終わらせる形です。融資の約定に資産譲渡を制限する条項があることも多く、金融機関に黙って進めれば期限の利益を失うおそれも。国も経営者保証ガイドラインの特則を示し、保証に頼らない融資慣行を後押ししています。

競業避止義務は会社と社長個人で根拠が違う

「20年間は同じ商売ができない」と聞いて、身構えるオーナーは多いもの。誰がどの根拠で縛られるのかを、分けて理解しておく必要があります。

会社法が定める譲渡側の会社の義務

会社法第21条は、事業を譲渡した会社に対し、特約がなければ同一の市町村と隣接する市町村の区域内で、譲渡の日から20年間同一の事業を行うことを禁じています。特約で延ばす場合も上限は30年です。加えて、不正の競争の目的で同一の事業を行うことは、地域や期間を問わず認められません。

社長個人を縛るのは契約上の特約

会社法第21条の義務を負うのは、あくまで譲渡側の会社です。社長個人の競業避止義務は、事業譲渡契約に盛り込まれる特約で課されるのが一般的です。対象の地域や業種、期間が広すぎると、セカンドライフの選択肢まで狭めてしまうことに。署名前には、事業譲渡契約書の条項を自分の今後の計画と照らし合わせてください。

社長の進退と残った会社での立場

譲渡した事業からは、一定期間の引継ぎを終えたら身を引くのが一般的です。譲受企業の顧問として残る例もありますが、会社ごと移る株式譲渡に比べると期間は短めになりがちです。その一方で、残った会社の役員という立場は続くもの。

残った会社で役員退職金を受け取るときの注意点

見落としやすいのが、残った会社の代表を続けながら役員退職金を受け取るケース。実質的に退職したのと同様の事情がなければ、退職給与として認められません（法人税基本通達9-2-32）。常勤から非常勤への変更や報酬のおおむね50％以上の減額が目安とされますが、形式だけ整えても否認される例があります。

事業譲渡後の会社から逆算するスキーム選定の判断軸

ここまでの論点は、実は「どのスキームで売るか」を決める材料そのものです。当社では、譲渡後の会社をどうしたいかを先に決め、そこから逆算してスキームを選ぶ順番をおすすめしています。

事業譲渡が合理的になりやすいケース

次のような事情を抱える会社では、事業譲渡が有力な選択肢になります。

• 残したい事業や不動産があり、会社全体を手放す必要はありません。
• 繰越欠損金が多く、譲渡益と相殺して法人段階の税負担を抑えられます。
• 譲受企業が簿外債務などのリスクを嫌い、会社ごとの引受けに難色を示しています。
• 株主が分散していて、全株式の取りまとめが難しい状況。

株式譲渡のほうが手取りと手間で有利なケース

引退を決めていて会社に残す資産もないなら、株式譲渡が第一候補です。課税が1回で済み、従業員の転籍や取引先の承諾取り付け、清算手続も要りません。後継者不在で会社ごと託したいオーナーの多くが株式譲渡を選ぶのは、この身軽さゆえ。事業の一部だけを切り出したい場合は、事業譲渡と会社分割を比べると選択肢が広がります。

スキームを決める前の確認チェックリスト

当社が初回のご相談で、事業譲渡後の会社を想定しながら確認している項目を下表にまとめました。

確認項目	確認する理由
会社に残したい資産（不動産・保険・現金）はあるか	資産管理会社化か清算かの分かれ目になる
借入金を譲渡代金で完済できるか	個人保証を外せるかどうかに直結する
融資の約定に資産譲渡の制限条項はないか	無断で進めると期限の利益を失うおそれがある
繰越欠損金の残高と期限	事業譲渡の税負担が株式譲渡を下回ることがある
許認可は認可承継の対象か	空白期間の有無で譲渡日程が変わる
転籍に応じない従業員の受け皿	残る会社側で雇用を維持できるかが問われる
社長個人が今後続けたい仕事	競業避止の特約の範囲に関わる
清算・存続それぞれの手取り試算	最終的な判断材料になる

支援現場でよくある2つのケース

同じ事業譲渡でも、譲渡後の会社の使い方で結果は変わります。支援現場でよく見る典型的なパターンを2つ紹介します。

本社不動産を残して資産管理会社にするケース

たとえば地方で食品卸を営む年商10億円台の会社で、本社用地に大きな含み益があるようなケースです。会社ごと売ると不動産の評価で価格調整が難航しやすいため、事業だけを譲渡し、土地建物は会社に残して譲受企業へ賃貸する形がよく選ばれます。賃料水準や賃貸期間は譲渡価格の評価にも跳ね返るため、賃貸借契約の条件まで同時に詰めておくのが実務の勘所。

譲受企業の意向で事業譲渡になるケース

未払残業代などの労務リスクを抱えた会社では、譲受企業から「会社ごとではなく事業譲渡で」と求められることがあります。このとき譲渡オーナーの手取りは、株式譲渡の想定より目減りしがち。当社では二段階課税による差額を試算して示し、その分を譲渡価格や退職金の設計に織り込む交渉を行います。スキームを受け身で決めないことが、手取りを守る第一歩です。

事業譲渡後の会社に関するFAQ

事業譲渡を終えた後の会社について、経営者の方からよく寄せられる質問にお答えします。

まとめ｜事業譲渡後の会社は譲渡前に行き先を決めておく

事業譲渡をしても会社は残り、譲渡代金は法人に入るため、清算・事業継続・資産管理会社化のどれを選ぶかで手取りも手間も変わります。売った後の会社の姿が見えないまま話を進めるのは、誰にとっても不安なもの。

みつきコンサルティングは税理士法人グループのM&A仲介会社として、中小企業M&Aの実績経験が豊富な専門家がスキーム選定から譲渡後の手仕舞いまで一貫して支援します。事業譲渡と株式譲渡のどちらが手取りを残せるか、まずはお気軽にご相談ください。

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