株式譲渡と事業譲渡の選び方｜M&A手法の違いと手取り額の差

株式譲渡と事業譲渡は、会社ごと譲るか事業だけを切り出すかで、手取り額も手続の重さも変わります。どちらを選ぶべきか迷うオーナー経営者に向けて、税金・許認可・従業員・買い手の反応という4つの判断軸から、中小企業M&Aの現場で実際に使われている選び方を整理しました。

株式譲渡と事業譲渡はM&Aの二大手法

会社を譲るという話が具体化すると、ほぼ例外なくこの分かれ道にぶつかります。会社ごと渡すのか、事業だけを切り出して渡すのか。呼び名は似ていても、譲渡オーナーの手元に残る金額も、成約までにかかる時間も、まるで違う手法です。

株式譲渡は会社そのものを渡す手法

株式譲渡は、譲渡オーナーが持つ対象会社の株式を譲受企業に渡し、経営権を移す手法です。会社という器はそのまま残り、中身も入れ替わりません。資産も負債も、取引先との契約も、許認可も、動かさずに持ち主だけが替わります。

だからこそ、株式譲渡の仕組みを先に押さえておくと、後の判断が早くなります。中小企業のM&Aでは、この形が全体の9割近くを占めます。

事業譲渡は事業を切り出して渡す手法

一方の事業譲渡は、会社が持つ事業の一部または全部を、資産や契約の集まりとして譲受企業に売る取引です。会社の持ち主は変わりません。売った代金は法人に入ります。

会社という家から、特定の部屋と家具だけを運び出すイメージが近いでしょう。移すものを一つずつ選べる代わりに、一つずつ手続が要る。事業譲渡の基本的な進め方を確認すると、その手間の量が見えてきます。

会社法上の位置づけの違い

事業譲渡は、会社法第467条により、事業の全部または重要な一部を譲る場合に株主総会の特別決議が要ります。組織再編行為ではないため、権利義務は包括的には移りません。

条文の原文はe-Gov法令検索の会社法で確認できます。株式譲渡には、この特別決議の縛りがありません。ここが手続の重さを分ける出発点です。

株式譲渡と事業譲渡の違いを8つの視点で比較

違いを羅列するだけでは判断材料になりません。譲渡オーナーの意思決定に効く順に並べ替えて見ていきます。

主な相違点を一覧で確認

下表は、両手法の性格の差を8つの視点で整理したものです。

比較する視点	株式譲渡	事業譲渡
取引の対象	対象会社の発行済株式（経営権そのもの）	特定事業に属する資産・契約・従業員
取引の主体	株主である譲渡オーナーと譲受企業	対象会社（法人）と譲受企業
代金の受取先	譲渡オーナー個人へ直接	事業を売った法人へ
手続の重さ	株主名簿の書換が中心で軽い	資産・契約・雇用を個別に移すため重い
許認可の承継	会社が存続するため原則そのまま	原則承継されず取り直しが要る場合が多い
簿外債務の扱い	譲受企業がそのまま引き継ぐ	引き継ぐ範囲を契約で限定しやすい
課税される者と税目	個人株主は所得税・住民税で20.315％	法人に法人税等、資産に消費税
のれんの税務	譲受企業側で損金算入できない	譲受企業側で損金算入できる場合がある

取引の主体と代金の行き先

ここが最も誤解の多い箇所です。株式譲渡の当事者は株主であって、会社ではありません。契約書に署名するのはオーナー個人で、代金もオーナーの口座に入ります。

事業譲渡は逆です。売主は法人。代金も法人の口座に入ります。「会社を売ったのに自分の手元にお金が来ない」という戸惑いは、ここから生まれます。

手続の重さと所要期間

株式譲渡なら、株主名簿を書き換え、譲渡承認の決議を取り、株券発行会社であれば株券を交付する。ここで完結します。

事業譲渡で発生する個別手続

事業譲渡では、不動産の登記、リース契約の名義変更、取引基本契約の巻き直し、従業員との雇用契約の締結が一つずつ必要になります。取引先が数十社あれば、その数だけ交渉が発生する計算です。

支援現場では、同じ規模の案件でもクロージングまでの期間が数か月単位で伸びる例をよく見ます。オーナーの体力と社内の事務負担は、想像より重い。

許認可・契約・従業員の承継

建設業、産業廃棄物処理、運送、介護、医療関連。許認可が事業の生命線になっている業種では、この論点が手法選択を実質的に決めてしまいます。

許認可は原則として引き継がれない

事業譲渡の場合、譲受企業は自ら許認可を取り直すのが原則です。取得までの期間、その事業を動かせない可能性があります。事業譲渡での許認可の扱いは、業種ごとに結論が変わる領域です。

従業員は転籍への同意が要る

株式譲渡なら雇用契約はそのまま続きます。事業譲渡では、従業員一人ひとりから転籍の同意を得る必要があり、断られれば連れて行けません。キーマンが残らなければ、事業の価値そのものが目減りします。

事業譲渡での従業員の転籍は、退職金の通算や給与水準の扱いまで含めて設計しないと、開示のタイミングで動揺が広がります。

簿外債務・偶発債務のリスク配分

株式譲渡は会社を丸ごと引き受けるので、未払残業代、係争中の紛争、連帯保証といった表に出ていない負担も一緒に移ります。譲受企業が買収監査に力を入れるのは、このためです。

事業譲渡なら承継する債務を契約で切り分けられます。ただし完璧な遮断ではありません。簿外債務の見つけ方を知っておくと、譲渡オーナー側の備えも変わってきます。

税金の種類と税率

手取りに直結する部分です。両手法で、そもそも課税される主体が違います。

株式譲渡は個人に20.315％の分離課税

個人株主が非上場株式を譲渡した場合、譲渡所得は申告分離課税となり、所得税・復興特別所得税・住民税を合わせて20.315％です。制度の概要は国税庁のタックスアンサーNo.1463に整理されています。

株式そのものは有価証券なので、消費税は非課税取引です（国税庁No.6201）。株式譲渡と消費税の関係は、スキーム選定でも効いてきます。

事業譲渡は法人税等と消費税がかかる

事業譲渡では、譲渡益に法人税・地方法人税・住民税・事業税がかかり、実効税率はおおむね30％台前半になります。加えて、建物や機械、棚卸資産などの課税資産には消費税が発生します（国税庁No.6105）。

土地と有価証券は非課税、営業権は課税。この振り分けを契約書で明示しておかないと、決済直前に金額の認識がずれます。詳しい論点は事業譲渡の税金で整理しています。

のれんと繰越欠損金の扱い

税負担の話は、譲受企業側の事情とも絡みます。ここを理解しておくと、価格交渉の余地が見えてきます。

事業譲渡は譲受企業にのれんの節税効果

事業譲渡では、譲渡対価と時価純資産の差額が資産調整勘定として計上され、譲受企業は原則5年で損金に落とせます。事業譲渡でののれん評価が価格を左右する理由がここにあります。

営業権として値付けされる部分の考え方は、営業権の譲渡で詳しく扱っています。

株式譲渡は繰越欠損金の引継ぎがある

株式譲渡では税務上ののれんが立ちません。その代わり、対象会社の繰越欠損金がそのまま残ります。過去に赤字を抱えた会社なら、この価値は無視できない大きさです。

ただし引継ぎには要件があり、無条件ではありません。繰越欠損金の引継ぎ要件を事前に確認しておく必要があります。

譲渡オーナーの手取りはどれだけ変わるか

比較表を眺めても実感は湧きません。同じ3億円の値がついたとき、オーナーの口座に最終的にいくら残るのか。そこを見ると差がはっきりします。

同じ譲渡価額でも手取りが違う構造

株式譲渡は、代金が個人に入って一度課税されて終わりです。事業譲渡は、法人で課税されたうえで、その残りを個人に移すときにもう一度課税される。二段階になります。

簡易試算で見る差

下表は、譲渡価額3億円、株式の取得費はゼロ、事業の簿価純資産1億円と仮定した簡易試算です。実際は繰越欠損金や役員退職慰労金の有無で結果が変わります。

試算の段階	株式譲渡	事業譲渡
課税される者	譲渡オーナー個人	対象会社（法人）
課税対象	譲渡所得3億円	譲渡益2億円
1段階目の税負担	20.315％で約6,090万円	実効税率約33％で約6,600万円
1段階目後の残り	個人手取り約2億3,910万円	法人に約2億3,400万円
個人へ移す際の追加課税	なし	配当・役員退職慰労金として再度課税

事業譲渡でも手取りを引き上げる余地

二段階だから不利、と決めつけるのは早計です。役員退職慰労金を損金に立てれば法人段階の税負担は圧縮でき、受け取る側も退職所得として優遇されます。役員退職金の活用は、事業譲渡を選ぶ場合の定番の打ち手です。

法人に残った資金をどう動かすかについては、事業譲渡の代金を個人へ移す方法に選択肢を並べています。

会社を残す前提なら計算軸が変わる

事業を売った後も会社を存続させ、不動産賃貸や資産管理の器として使い続けるなら、法人に資金を置いたままのほうが合理的な場合もあります。事業譲渡後に残る会社の扱いを先に決めてから、手取りを計算する順序が実務的です。

譲受企業から見た株式譲渡と事業譲渡

相手がどちらを望むかで、成約確率も価格も動きます。譲渡オーナー側の希望だけで決められる論点ではありません。

買い手候補の母数が変わる

意外と語られないのですが、事業譲渡は買い手候補の数が絞られます。個別承継の手間を許容でき、許認可を自前で取れる先に限られるからです。

株式譲渡なら、同業だけでなく異業種からの参入希望者も検討テーブルに乗ります。候補が多いほど条件は競り上がる。この差は、税率の差より大きく効くことがあります。

リスク遮断を優先する譲受企業

業績にムラがある、係争を抱えている、過去の労務管理に不安がある。こうした会社では、譲受企業が「事業譲渡でなければ検討できない」と条件を出してくる場面があります。

買収監査で見つかった論点が重いほど、この傾向は強まります。譲渡オーナーとしては、自社の弱点を先に把握しておくと交渉で受け身になりません。

のれんの損金算入を重視する譲受企業

投資回収を税効果込みで計算する譲受企業は、事業譲渡を好みます。5年で損金に落とせる分、実質的な取得コストが下がるためです。

当社の支援現場では、この節税効果を根拠に譲渡価額の上積みを引き出した例があります。手法の選択は、価格交渉のカードにもなる。

株式譲渡と事業譲渡の選び方4つの判断軸

ここまでの論点を、実際の意思決定の順番に組み替えます。上から順に当てはめていくと、多くの案件で答えが絞れます。

判断軸1 会社を丸ごと手放すか一部を残すか

引退が目的で、残したい事業も資産もないなら株式譲渡です。逆に、不採算部門だけ整理したい、本社不動産は手元に置きたいという希望があれば事業譲渡が視野に入ります。

ここで決まらない案件のほうが少ない。まずこの一問を自分に問うてください。

判断軸2 許認可と主要契約の重さ

許認可の再取得に半年かかる業種で事業譲渡を選ぶと、その間の売上が止まります。取引基本契約に譲渡制限条項が入っている場合も同じで、取引先の同意が取れなければ事業が丸ごと動かせません。

契約書の束を一度点検してから手法を決める。順序を逆にすると、後戻りが発生します。

判断軸3 手取りと税負担

株式譲渡の20.315％は、法人課税と比べて有利に働く場面が多いのは事実です。ただし繰越欠損金が多額に残っている会社では、事業譲渡でも法人段階の税負担がほぼ出ないこともあります。

数字を出さずに「株式譲渡のほうが得」と決めるのは危うい。株式譲渡の税金と申告も含めて、両案を並べて試算する価値があります。

判断軸4 完了までの時間と社内負担

体調や年齢の事情で期限が切られている案件では、手続の軽さが決定打になります。事業譲渡は、対象資産が多いほど時間を食う。

社内に経理・総務の実務を回せる人材がいるかどうかも、現実的な制約です。オーナー一人で抱えると必ずどこかで滞ります。

判断チェックリスト

相談の初期段階で、当社が実際に確認している項目を挙げます。「はい」が多いほど株式譲渡が適します。

• 経営から完全に退く意思が固まっている
• 残したい事業・不動産・投資有価証券がない
• 事業に許認可が必要で、取り直しには時間がかかる
• 主要取引先との契約に譲渡制限条項が入っている
• 株主が自分と家族だけで、名義株や所在不明株主がいない
• 直近3期の決算に大きな異常値がなく、労務管理も整っている
• 1年以内の成約を望んでいる

ケース別に見た適した手法

下表は、相談で実際に多い状況ごとの目安です。

オーナーが置かれた状況	適しやすい手法	その理由
後継者不在で引退したい	株式譲渡	個人保証も含めて経営責任から離れられ、代金も個人に入る
不採算部門だけ手放したい	事業譲渡	対象を限定でき、残す事業に経営資源を集められる
本社不動産を手元に残したい	会社分割＋株式譲渡	不動産を分離してから株式を譲れば、双方の希望が両立する
簿外債務の懸念を指摘された	事業譲渡	承継範囲を契約で限定でき、譲受企業の不安を下げられる
許認可が事業の前提になっている	株式譲渡	会社が存続するため、許認可も取引先との契約も動かさずに済む

なお、事業譲渡は事業売却という呼び方で語られることも多く、事業売却の価格の決まり方は株式の評価とは計算の起点が異なります。

現場で多い誤解と実際の選択例

知識としては理解していても、実際の場面で判断を誤る箇所は決まっています。当社が繰り返し目にする2つを挙げます。

事業譲渡なら過去のリスクを切り離せるという誤解

契約で承継範囲を絞っても、譲渡事業の商号をそのまま使えば、会社法上、譲受企業が債務の弁済責任を負う場合があります。従業員の未払残業代が、転籍後に請求される例も見てきました。

「事業譲渡だから安全」ではなく、「事業譲渡でも詰めるべき点は残る」。ここを曖昧にすると、成約後に揉めます。

匿名事例：金属加工業（年商12億円・従業員45名）

後継者不在で第三者承継を検討。本社工場の土地建物はオーナー個人の資産形成の柱で、手放したくないという意向がありました。単純な株式譲渡では不動産も一緒に移ってしまう。

そこで新設分割で不動産保有会社を切り出し、事業会社の株式を譲受企業に譲る二段階の設計に。オーナーは賃貸収入を確保しつつ、経営からは退けました。

匿名事例：介護サービス業（年商6億円・従業員80名）

複数拠点のうち赤字の2拠点だけを整理したいという相談でした。事業譲渡を選びましたが、指定介護事業者としての指定は承継されません。

譲受企業が指定を取得するまでの期間を逆算し、期日をずらしたクロージング日程を組みました。この段取りを組まずに契約を先行させると、利用者への影響が出ます。

会社分割を組み合わせる二段階スキーム

株式譲渡か事業譲渡か、という二択で解けない案件は珍しくありません。譲渡オーナーは一部を残したい、譲受企業は株式で買いたい。希望が正面からぶつかる場面です。

残したい資産や事業がある場合の設計

会社分割は組織再編行為なので、権利義務が包括的に移ります。契約の巻き直しが要らない点が、事業譲渡との決定的な差です。

切り出したい部分を分割で分けたうえで、譲受企業が欲しい会社の株式を譲る。事業譲渡と会社分割の使い分けを理解しておくと、設計の幅が一気に広がります。

新設分割と吸収分割の選択

受け皿となる会社を新たに作るか、既存の会社に引き継がせるか。税制適格要件を満たすかどうかで課税関係が変わるため、実行前の検討が欠かせません。新設分割の手続は、中小企業のM&Aでも使用頻度の高い型です。

少数株主が残っている場合の整理

先代からの分散株主、退職した役員、従業員持株会。非上場会社では、こうした少数株主が株式譲渡の障害になることがあります。連絡が取れないケースも実際にありました。

自己株式の取得やスクイーズアウトでの株式集約を、M&Aの検討開始と同時に進めておくと、交渉の終盤で慌てずに済みます。

株式譲渡と事業譲渡に関するFAQ

相談の場でよく出る質問を、実務での答え方のまま並べます。

株式譲渡と事業譲渡の違いと選び方のまとめ

株式譲渡は会社ごと渡して代金が個人に入り、許認可も契約も動かさずに済む手法。事業譲渡は対象を選べる代わりに手続が重く、代金は法人に入ります。どちらが有利かは、残したいものがあるか、許認可の重さ、税負担、そして買い手の反応で決まります。決めきれないまま時間だけが過ぎる状況は、よくあることです。

当社はみつき税理士法人グループのM&A仲介会社として、中小企業のM&Aに特化した支援実績を積み重ねてきました。M&Aアドバイザーに加え、公認会計士・税理士が在籍しているため、両手法の手取り試算を並べたうえでの助言が可能です。手法選びの段階からご相談ください。

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