事業譲渡で従業員はどうなる｜転籍同意・退職金・株式譲渡との違い

事業譲渡では労働契約が自動で移らず、転籍には本人の個別同意が要ります。同意書の取り方、退職金と有給休暇の清算、拒まれたときの対応、そして会社ごと譲る手法を選んだ場合との差まで、中小企業M&Aの支援現場で使っている判断軸で整理しました。社員の雇用を守りながら事業を渡す道筋が見えてきます。

事業譲渡で従業員はどうなるのか

事業を譲ると決めた社長が最初に口にするのは、値段ではなく社員のことです。当社への相談でも「うちの従業員はどうなるのか」が先に来ます。この点で、事業譲渡は会社ごと譲る手法と決定的に違う仕組みを持っています。

雇用契約は自動では移らない

事業譲渡は、資産や契約を一つずつ選んで移す取引です。労働契約も例外ではありません。譲受企業へ移すには本人の承諾が要ります。根拠は民法第625条第1項で、使用者は労働者の承諾なしに権利を第三者へ譲り渡せない、という条文です。

株式譲渡なら雇用契約はそのまま残る

これに対し株式譲渡は、株主が入れ替わるだけで雇用主である会社そのものは変わりません。労働契約は存続し、就業規則も勤続年数もそのまま。従業員から個別に同意を取る場面は生じません。

従業員の扱いがスキーム選定を左右する

この差は、そのまま手法選びの判断軸になります。株式譲渡と事業譲渡の使い分けを考える場面では、税負担や手続の重さと並べて、何人の社員が動くのかを数えるところから入ります。

従業員から見た事業譲渡と株式譲渡の違い

下表は、社員の立場に直結する項目だけを抜き出して両手法を並べたものです。譲渡オーナーが社員に説明するときの土台にもなります。

比較項目	事業譲渡	株式譲渡
雇用主	譲受企業に変わる	対象会社のまま変わらない
労働契約の承継	1件ずつ移す特定承継	会社に紐づいたまま存続
本人の同意	承継予定者ごとに取得する	取得の場面が生じない
労働条件	譲受企業の就業規則に合わせて再設定	原則としてそのまま維持
勤続年数	原則リセット。通算には合意が要る	そのまま通算される
年次有給休暇	原則消滅。引継には三者の合意が要る	残日数がそのまま繰り越される
退職金	譲渡時に精算するか、譲受企業が引き継ぐ	既存制度がそのまま継続
社会保険の手続	資格喪失と資格取得を行う	手続は生じない
労働組合との関係	譲受企業との間で改めて整理	労働協約も含めて承継される

全社員の雇用を守りたい場合

後継者がいないので会社ごと渡したい。この動機なら株式譲渡が素直です。事業売却の形をとるより社員への説明負担が軽く、当社が扱う中小企業の案件でも株式譲渡が9割近くを占めます。

一部門だけを切り出す場合

採算の合わない部門を外したい、本業だけを残したい。そうしたときに事業譲渡が選ばれます。似た目的で使える会社分割との使い分けは、労働契約の扱いが分かれ道になります。

スキーム選定の判断チェックリスト

当社が初回面談で埋めている項目です。ここが空欄のまま事業譲渡を前提に話を進めると、後半で必ず巻き戻しが起きます。

• 譲る事業に従事する社員は、全社員の何割か
• キーパーソンが転籍に同意する見込みはあるか
• 許認可が事業に紐づいており、許認可の取り直しが要るか
• 退職金規程どおりに支給した場合の債務額を一括で払えるか
• 譲受企業の労働条件は、現状を下回らないか
• 残る事業に、転籍しない社員を配置できる余地があるか

転籍に必要な個別同意の取り方

同意は、書面を1枚配って集めれば済むものではありません。何を、いつ、どの順番で伝えるか。ここを組み立てておくかどうかで、承諾率がはっきり変わります。

説明する順序とタイミング

情報が漏れた瞬間に噂が走り、優秀な人ほど先に動きます。社員への説明タイミングは、案件の確度に合わせて段階的に広げるのが基本形です。

基本合意までは経営層にとどめる

条件交渉の途中で話が流れることは珍しくありません。この段階で現場に伝えると、取りやめになったときに残るのは不信感だけ。役員と、開示資料を作る経理担当までに絞ります。

買収監査の前後で範囲を広げる

資料提出や現場見学が始まれば、部門長は察します。ここで各部署の責任者へ説明し、協力を得る。M&A後の離職を抑えられるかどうかは、この一手で決まる面があります。

最終契約の前に承継予定者へ伝える

個別同意は最終契約の条件になることが多く、クロージング直前では間に合いません。会社法第467条の株主総会決議の日程と並べ、逆算して説明日を置きます。

転籍同意書に盛り込む事項

口頭の了解だけで進めた案件が、あとから「聞いていない」で揉める。これは本当によくある落とし穴です。書面には、退職と入社の日付だけでなく待遇の中身まで落とします。

• 譲渡企業を退職する日と、譲受企業へ入社する日
• 転籍後の勤務地、業務内容、所属
• 基本給、諸手当、賞与の支給基準
• 勤続年数を通算するかどうか
• 未消化の年次有給休暇の引継日数
• 退職金を転籍時に受け取るか、将来にまとめるか

2026年5月から適用される事業譲渡等指針の改正

厚生労働省の事業譲渡又は合併を行うに当たって会社等が留意すべき事項に関する指針は2026年1月に改正され、同年5月25日から適用されています。企業価値担保権に関する事項が加わりました。

指針が求める説明の水準

指針が重く見ているのは、承諾の実質性です。譲受企業の概要、転籍後の業務内容や就業場所、労働条件を具体的に示したうえで、本人が考える時間を持てる形で承諾を得る。形式だけ整えた同意書は評価されません。

転籍後の労働条件はどう決まるか

譲受企業と結び直す新しい雇用契約が基準になります。とはいえ、下がる前提では誰も判を押しません。現場では「現状維持を原則とし、上げる部分だけ交渉する」形に落ち着くことが多いところ。

給与と役職の扱い

人材の流出を避けたい譲受企業ほど、給与は据え置きにします。ただし評価制度が変われば、2年目以降の伸び方は変わる。M&A後の従業員の待遇は、初年度だけを見て安心しない方が賢明です。

年次有給休暇の引継

法律上は、譲渡企業で発生していた有給休暇は転籍で消滅するのが原則です。現実には、残日数をそのまま引き継ぐ扱いで合意することがほとんど。引き継がない場合は、買取りか消化かを先に決めておきます。

勤続年数の通算

通算されるかどうかは、退職金と有給付与日数の両方に効きます。雇用契約の引継を設計するとき、当社はここを譲渡価額と同じ重さで扱います。

社会保険と企業年金の扱い

転籍では、社会保険の資格喪失と取得の手続が発生します。制度ごとに影響の出方が違うため、下表で整理しました。

制度	転籍時の扱い	実務上の注意点
厚生年金保険	資格喪失と資格取得を行う	加入期間は個人単位で積み上がるため、老齢年金額への影響は出にくい
健康保険	保険者が変わる場合がある	治療中の社員がいれば、傷病手当金の継続受給の可否を事前に確認
雇用保険	離職手続と再取得の手続	1年以内の再就職なら被保険者期間は通算される
企業年金	制度により移換の可否が分かれる	確定拠出年金は個人別管理資産を移せるか先に確認

事業譲渡に伴う退職金の清算方法

転籍する社員は、いったん譲渡企業を退職します。したがって退職金の論点が必ず立ち上がる。処理の型は2つで、選び方は資金繰りと税務の両面から決めます。

譲渡企業が精算して支払う方法

事業譲渡のタイミングで、譲渡企業がそれまでの分を全額支払います。転籍後は譲受企業の規程に沿って勤続0年から。区切りが明快で、社員にも説明しやすい形です。

譲受企業が退職給付債務を引き継ぐ方法

勤続年数を通算し、将来の退職時にまとめて支払います。この場合、譲渡企業は相当額を譲受企業へ払うか、譲渡価額から差し引くのが通例。両者の違いを下表にまとめました。

比較項目	譲渡時に精算する方法	譲受企業が引き継ぐ方法
支払う主体	譲渡企業が従業員へ直接支払う	将来、譲受企業が退職時に支払う
退職事由	会社都合として扱うのが一般的	転籍時点では退職金が発生しない
算定の基礎	会社都合の支給率	自己都合ベースを起点に合意した額
譲渡価額への影響	影響しない	引き継ぐ債務額を価額から控除
譲渡企業の資金繰り	クロージング前後にまとまった支出	即時の資金流出は生じない
従業員の勤続年数	いったん切れ、新しい会社で0年から	通算され、退職所得控除で有利

譲渡価額から控除する場合の金額イメージ

従業員20名を承継し、自己都合ベースの退職給付債務が2,800万円あるケースで並べてみます。表中の金額は説明用に丸めた数字です。

項目	譲渡時に精算	譲受企業が引継
事業譲渡の当初価額	1億2,000万円	1億2,000万円
退職給付債務による調整	調整なし	△2,800万円
譲渡企業が受け取る額	1億2,000万円	9,200万円
退職金の即時支払	2,800万円	なし
差引の手元資金	9,200万円	9,200万円

手元に残る金額は同じでも意味が違う

差引の手元資金は一致します。それでも、退職金原資を先に用意できるかという資金繰りの制約は残る。会社に入った譲渡代金の処理をどう設計するかとセットで判断します。

会社都合か自己都合か

事業譲渡に伴う転籍で支払う退職金は、会社都合として扱うのが原則です。社員が自ら希望して移る場合は自己都合。支給率が変わるため、規程の文言と実態を照らして決めます。

退職所得控除への影響

控除額は勤続年数で決まり、20年以下は1年あたり40万円、20年超の部分は1年あたり70万円が加算されます。国税庁タックスアンサーNo.1420のとおりで、通算の有無が手取りを左右します。

勤続5年以下の社員に生じる注意点

転籍後まもなく退職すると、短期退職手当等として2分の1課税が制限される場面が出てきます。若手が多い部門ほど効いてくる論点。退職金の税金の計算方法を押さえたうえで説明資料を作ります。

未払賃金の清算

未払残業代は、事業譲渡を機に表面化しやすい負債です。清算せずに進めると、あとから譲受企業と譲渡オーナーの間で責任の押し付け合いになります。債権債務の承継の整理と同じ時期に片づけます。

転籍を拒否した従業員への対応

断る権利は本人にあります。しかも事業を譲ったあとの会社には、その人に任せる仕事が残っていないことが多い。ここが事業譲渡の一番苦しい局面です。

事業譲渡だけを理由とする解雇は通らない

指針は、事業を譲ることのみを理由とする解雇に整理解雇の判例法理が及ぶとしています。客観的に合理的な理由を欠けば、労働契約法第16条により権利の濫用として無効になります。

配置転換や出向という選択肢

指針は、譲渡する事業以外の部門への配置転換など、雇用関係を維持する相応の措置を求めています。譲受企業への出向を挟み、雰囲気を見てもらってから判断させる方法も現場では使われます。

キーパーソンの離脱に備える契約条項

中核人材が動かなければ、譲受企業にとって買う意味が薄れます。そのため事業譲渡契約書に、指名した社員の転籍が成立しない場合の減額条項を置くことがあります。

事業を譲ったあとの会社に残る人

残留を選ぶ社員がいるなら、受け皿の設計が先です。事業譲渡後の会社に何を残すかを決めないまま話を進めると、行き場のない人だけが取り残されます。

労務トラブルを防ぐための実務

トラブルの芽は、譲渡を決めるずっと前から社内にあります。事業譲渡はそれを掘り起こす作業でもある。早めに手を入れておくほど、交渉での不利は小さくなります。

承継予定者の選定で避けるべき線引き

労働組合の組合員だけを外す、高齢者だけを残す。こうした選定は不当労働行為や差別として無効と判断されるリスクを負います。選定基準は業務との関連で説明できる形にしておきます。

労務面の買収監査で洗い出す論点

譲受企業は労務デューデリジェンスを行い、簿外の人件費リスクを測ります。ここで出た指摘が、そのまま価格交渉の材料になる。買収監査の全体像のなかでも指摘件数が多い領域です。

当社が譲渡側に先に確認する労務チェックリスト

買収監査を受ける前に、譲渡企業の側で潰しておきたい項目です。指摘されてから直すのと、直してから見せるのとでは、価格への跳ね返り方が違います。

• 直近3年の時間外労働時間と、36協定の届出状況
• 固定残業代の設計と、実際の残業時間との乖離
• 未消化の年次有給休暇の残日数と、その金額換算
• 退職金規程の有無と、自己都合・会社都合それぞれの支給率
• パート・アルバイトを含む社会保険の加入漏れ
• 労働組合または従業員代表との協議記録
• 過去の労使紛争、労働基準監督署からの是正勧告の履歴

統合後のフォローまで見据える

同意書を集めた時点が終わりではありません。新しい業務フローや社内ルールへの適応でつまずく人は必ず出ます。M&A後の経営統合の初動を、譲受企業と一緒に設計しておきます。

支援現場で見た事業譲渡と従業員の事例

当社が関わった案件から、社員の扱いが結論を動かした2件を匿名化して紹介します。数字は特定を避けるため丸めています。

退職金債務を引き継いで資金繰りを守った金属加工業

年商8億円、従業員45名。2事業のうち採算の弱い1部門（20名）を譲る案件でした。会社都合で一括精算すると3,400万円の支出になり、残る本業の運転資金が細る見通しでした。

譲受企業への引継に切り替えた判断

自己都合ベースの2,800万円を譲受企業が引き継ぎ、譲渡価額から控除する形に変更。勤続年数が通算されるため、社員側の退職所得控除も有利になり、説明会での反発がほとんど出ませんでした。

キーパーソンの転籍拒否が価格を動かした食品製造業

年商12億円、従業員60名。譲る部門18名のうち、製造責任者2名が「社長についていく」と転籍を渋りました。譲受企業の関心は、その2名の技術にありました。

減額条項と処遇提示で着地させた経緯

契約に、2名の転籍が成立しない場合の減額条項を入れたうえで、譲受企業から役職と手当を具体的に提示。譲渡オーナー自身が「この事業は君たちに続けてほしい」と伝え、最終的に2名とも同意しました。

この2件から言えること

社員の扱いは、価格の付属物ではなく価格そのものを動かします。事業売却の相場を検討する段階から、人の論点を数字に織り込んでおくべきです。

事業譲渡と従業員に関するFAQ

事業譲渡の相談で実際に受ける質問のうち、本文で触れきれなかったものを取り上げます。

事業譲渡における従業員対応の要点まとめ

事業譲渡では労働契約が自動で移らないため、転籍には本人の個別同意が要ります。退職金と有給休暇の清算方法を先に決め、労働条件を具体的に示して説明する。この順番を守れば、社内の動揺はかなり抑えられます。長年一緒に働いた人たちの行き先が気にかかるのは、経営者として当たり前のことです。

みつきコンサルティングは、税理士法人グループのM&A仲介会社として、中小企業の会社売却と事業承継を数多く支援してきました。社員にとっても手取りにとっても事業譲渡の税金まで含めてどちらの手法が有利かは、労務の実態を見ないと判断できません。従業員の処遇に迷いがあるうちに、一度ご相談ください。

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