事業再構築補助金とは｜事業承継M&A費用に使えるか？採択も解説

事業再構築補助金を利用したいけど、M&Aを行う際に利用できるのかわからない方も少なくないでしょう。事業再構築補助金は、事業の再構築のために活用できますが、M&Aにかかる全ての費用をカバーする補助金ではないことに注意が必要です。

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事業再構築補助金とは

事業再構築補助金とは、中小企業の事業再構築を支援し、日本経済の構造転換を促す補助金です。ポストコロナ・ウィズコロナ時代の経済社会の変化に対応するため、新市場進出（新分野展開、業態転換）、事業・業種転換、事業再編、国内回帰、またはこれらの取り組みを通じた規模の拡大等、思い切った事業再構築に意欲を有する中小企業等の挑戦を支援します。

補助対象者と上限額・補助率

事業再構築補助金の申請枠は、「成長分野進出枠」「コロナ回復加速化枠」「サプライチェーン強靱化枠」などに再編されています。 補助率は中小企業で1/2～2/3、補助上限額は枠組みにより最大5億円等の大型枠も存在します。一方で、要件の審査は厳格化されており、最新の公募要領で自社が該当する枠を確認する必要があります。

事業再構築要件とは

事業再構築補助金を利用するためには、中小企業庁が事業再構築指針で示す「事業再構築の定義」に該当する必要があります。主な定義は、以下の5つです。

1. 新市場進出：既存事業とは異なる市場への進出（新分野展開、業態転換）
2. 事業転換：主たる事業の変更（業種は変更なし）
3. 業種転換：主たる業種の変更
4. 事業再編：組織再編を行い、「新市場進出」「事業転換」「業種転換」のいずれかを行う
5. 国内回帰：海外製造から先進性を有する国内製造へと拠点を整備する

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M&Aにおける事業再構築補助金

事業再構築補助金はM&A（合併・買収）を契機とした再構築にも利用可能です。両者の関係について説明します。

M&Aとは

M&Aとは、「企業の合併・買収」を意味します。M&Aの主な手段は、「買収（株式取得、事業譲渡）」「合併」「分割」の3種類に分類されます。

M&Aを実施する目的

M&Aは、シナジー（相乗効果）による成長戦略として行われます。企業をゼロから立ち上げるよりも迅速に新規事業への参入やシェア拡大を実現可能です。また、後継者不足による事業承継問題を解消し、雇用を維持する目的でも活用されます。

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事業再構築補助金はM&Aで利用できる？

事業再構築補助金の「公募要領」には、M&Aに関する以下の記載があります。

「会社法上の組織再編行為（合併、会社分割、株式交換、株式移転、事業譲渡）等を補助事業の開始後に行い、新たな事業形態のもとに新市場進出（新分野展開、業態転換）、事業転換、業種転換、国内回帰のいずれかを行うこと。」

つまり、M&Aによって事業再構築指針に該当する事業を展開し、成長性が見込まれれば利用可能です。

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M&Aで事業再構築補助金が利用できる場合

結論から言うと、「事業再構築補助金」はM&Aの仲介手数料や株式購入費には使えません。ただし、「M&Aによって取得した事業を再構築するための設備投資」には使えます。

手続などM&Aに要する経費は対象外

株式の購入費や公租公課、M&A仲介手数料自体は補助対象外です。 また、補助対象経費は「交付決定後に契約・発注・支払を行ったもの」に限られます。

以前存在した「事前着手届出制度」は、原則廃止されました。 第10回公募以降、原則として「交付決定日以降」に契約・発注した経費のみが補助対象です。一部の特例（最低賃金類型等）を除き、M&A後の設備投資を交付決定前に行うと全額対象外となるため、スケジューリングには細心の注意が必要です。

事業再構築補助金はM&A成立後の経費に活用できる

本補助金は、M&A後の事業統合（PMI）プロセスにおける「設備投資」や「システム構築」等に活用するのが一般的です。 主に、建物費、機械装置・システム構築費、技術導入費、専門家経費、運搬費、クラウドサービス利用費、外注費、知的財産権等関与経費、広告宣伝・販売促進費、研修費などが補助対象です。

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M&Aを実施する事業計画が採択されるためのポイント

M&Aを実施する事業計画が採択されるためのポイントについて解説します。

事業計画作成は支援機関を利用する

採択率は以前40〜50%前後で推移していましたが、第11回・第12回公募では30%未満まで低下しており、審査の難易度が格段に上がっています。 M&Aで事業再構築補助金を利用するためには、単なる事業計画ではなく、審査項目を完全に網羅した高度な計画策定が不可欠です。「認定経営革新等支援機関」等と連携し、実現可能性の高い計画を練る必要があります。

成長分野への進出と付加価値向上をアピールする

近年の公募では「コロナ禍からの回復」以上に、「ポストコロナ社会における成長分野への進出」や「大幅な賃上げ」が重視されます。単なる現状維持や救済目的ではなく、市場の新規性・優位性、および付加価値額の年率平均3.0％〜5.0％以上（申請枠により異なる）の増加といった要件を満たす確実な収益計画が求められます。特にM&Aによるシナジーが、数値としてどう貢献するかを論理的に示す必要があります。

M&Aで「事業再構築」を行うことを明記する

M&Aのスケジュールや契約形態を明示し、M&Aによってどのように課題が解決され、どのようなシナジーが生まれるかを具体的に記載します。

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事業再構築補助金の申請手順

ここからは、事業再構築補助金を申請する際の手順について詳しく解説します。申請にはある程度の期間を要するため、早めの対応が事業再構築補助金を申請するためには、いくつかの手順と準備が必要です。以下の表は、申請までの流れと必要な準備をまとめたものです。

手順	手続項目	内容・詳細
1	GビズIDプライムアカウントの取得	事業再構築補助金の申請は、電子申請システムのみでの受付となっているため、GビズIDプライムアカウントの取得が必要です。GビズIDは、法人・個人事業主向け共通認証システムです。取得には、マイナンバーカードを用いたオンライン申請（最短即日）か、申請書と印鑑証明書を郵送する方法（1～2週間）があります。
2	事業計画の策定	事業計画書を作成します。様式は、A4サイズの計15ページ以内（補助金額1,500万円以下は計10ページ以内）で、以下の4項目について作成します。 – 補助事業の具体的な取り組み内容 – 将来の展望（事業化に向けて想定している市場および期待される効果） – 本事業で取得する主な資産 – 収益計画 また、認定経営革新等支援機関（補助金額3,000万円を超える場合は金融機関も含む）からの確認書も必要であるため、この段階での相談が推奨されています。
3	申請の提出	必要な書類を準備し、申請を行います。主な提出書類は以下の通りです。 – 事業計画書 – 認定経営革新等支援機関・金融機関による確認書 – 決算書（直近2年間の賃貸対照表・損益計算書・製造原価報告書・販売管理費明細・個別注記表） – ミラサポplus「電子申請サポート」の事業財務情報 – 労働保険概算・確定保険料申告書の控え – 収益事業を行っていることを説明する書類 事業類型ごとに追加の提出資料が必要なケースもあります。

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M&Aで事業再構築補助金以外に活用できる補助金

M&Aで活用できる補助金は、事業再構築補助金だけではありません。ここでは、M&Aの手続にかかる費用や委託費が対象となる補助金について解説します。

事業承継・M&A補助金（専門家活用事業）

事業承継・M&A補助金は、M&A仲介業者やFA（ファイナンシャル・アドバイザー）への委託費、デューデリジェンス費用等が補助対象です。

第13次公募の要件に基づく、事業承継・M&A補助金（専門家活用枠）の概要表です。

項目	内容
対象者	事業再編・事業統合に伴う経営資源の引継ぎを行う中小企業（売り手・買い手双方） ​
対象経費	「M&A支援機関登録制度」に登録された専門家への委託費、デューデリジェンス費用等​
補助率	1/2 ～ 2/3（中小企業の規模や類型による）​
補助上限額	買い手支援類型：最大800万円（賃上げ要件ありで1,000万円） 売り手支援類型：最大600万円​
最低補助額	100万円​

※「M&A支援機関登録制度」に未登録の業者への支払いは補助対象外となるためご注意ください。

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東京都事業承継支援助成金（M&Aの委託費が対象）

東京都事業承継支援助成金は、東京都独自の制度で、事業承継に係る経費の一部を助成します。最新の公募要件を確認する必要がありますが、M&A仲介業者等への委託費等が対象となる場合があります（上限額や条件は年度により変動あり）。他の自治体でも類似の制度が存在する可能性があるため、所在地の自治体情報を確認することを推奨します。

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事業再構築補助金と事業承継M&Aのまとめ

事業再構築補助金は、新分野展開や事業転換などの大胆な事業再構築を支援する制度です。M&Aの手続費用は対象外ですが、M&A成立後の設備投資や専門家費用などに活用できます。採択には、生産性とシナジー効果をしっかりカバーした事業計画書が求められます。

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