デューデリジェンス費用の相場｜内訳・負担者と売り手の注意点

デューデリジェンスの費用は誰がいくら払うのか。中小企業のM&Aでは200万〜500万円が一つの目安ですが、会社規模と調査範囲で大きく動きます。相場と内訳、譲受企業と譲渡オーナーの負担区分、会計・税務上の扱い、費用を抑える実務までを整理しました。売却を検討する経営者が押さえるべき勘所がわかります。

デューデリジェンス費用の全体像

会社の譲渡を決めた経営者から、意外とよく出る質問があります。「あの調査費用は、うちが払うんですか」。結論から言えば、原則は譲受企業の負担です。ただ、金額の大きさと使い道を知らないまま進むと、交渉の終盤で足をすくわれることも。

デューデリジェンスとは何を確認する手続か

デューデリジェンスは、譲受企業が対象会社の実態とリスクを自ら確かめる調査です。決算書の数字が実態を映しているか、簿外の債務はないか、契約や許認可に穴はないか。デューデリジェンスの全体像と調査項目と提出資料を先に押さえると、費用の内訳も理解しやすくなります。

費用を負担するのは原則として譲受企業

調査を発注し、専門家に報酬を払うのは譲受企業です。自社の意思決定のために自社で調べる、という整理。譲渡オーナー側が会計士や弁護士の報酬を直接支払う場面は、通常ありません。

譲渡オーナーが費用の話を知っておくべき理由

払わないのに、なぜ知る必要があるのか。理由は3つに整理できます。

• 調査費用を投じた譲受企業は、その分だけ発見事項を価格や契約条件に反映させようとする
• 資料の出し方が悪いと調査が長引き、費用が膨らみ、譲受企業の熱量が落ちる
• 譲渡オーナー側にも、資料整備やセルサイド調査など間接的な負担が生じることがある

費用は譲受企業の財布から出ますが、その使われ方は譲渡価格に跳ね返ります。他人事にはできません。

デューデリジェンス費用の相場

金額は、案件の規模と調査範囲でまるで違ってきます。ここでは中小企業のM&Aを前提に、支援現場で見聞きする水準をならして示します。

企業規模別の費用目安

対象会社の売上規模が大きくなるほど、確認すべき取引量と契約書の数が増えます。下表は年商規模と調査の組み合わせごとの目安をまとめたものです。

譲渡企業の年商規模	財務DDのみ	財務DD＋法務DD	主要5分野を通したフルDD
3億円未満	100万〜200万円	200万〜400万円	400万〜700万円
3億〜10億円	150万〜300万円	300万〜600万円	600万〜1,000万円
10億〜50億円	300万〜500万円	500万〜1,000万円	1,000万〜2,000万円
50億円超	500万円〜	1,000万円〜	2,000万円〜

年商5億〜30億円の会社であれば、財務DDと法務DDを組み合わせて300万〜600万円あたりに着地する案件が多い印象です。子会社が複数あったり、海外拠点を持っていたりすると、この幅を軽く超えます。

デューデリジェンスの種類別に見た費用

何を調べるかで単価も工数も変わります。中小企業のM&Aで実際に走ることが多い分野から見ていきます。

財務デューデリジェンス

相場は100万〜300万円。決算書の信頼性、簿外債務や偶発債務の有無、そして正常収益力の把握が中心になります。譲渡価格の土台を作る調査であり、財務デューデリジェンスの目的と手順を理解しておくと、質問の意図も読めるようになります。

法務デューデリジェンス

相場は100万〜300万円。重要契約のチェンジ・オブ・コントロール条項、訴訟や紛争の有無、未払残業代、許認可の承継可否などを弁護士が精査します。法務DDで問われる論点は、中小企業ほど労務と契約書の整備状況に集中します。

税務デューデリジェンス

相場は50万〜150万円程度。過去の申告内容の妥当性、役員給与や交際費の処理、繰越欠損金の引継可否などを確認します。財務DDに含めて実施することも多く、税務DDの実務範囲を切り分けておくと見積もりの比較がしやすくなります。

事業デューデリジェンスとその他の専門調査

事業DDは100万円から数千万円まで幅があります。IT、人事労務、環境、知財なども、業種によっては外せません。工場を持つ会社なら土壌汚染やアスベスト、ソフトウェア開発会社ならライセンス管理といった具合。事業DDの調査項目と専門分野ごとの調査の違いを並べて見ると、自社に必要な範囲が見えてきます。

専門家の時間単価とチーム構成

デューデリジェンス費用は、突き詰めれば時間単価と稼働時間の掛け算です。下表は担当者別のタイムチャージの目安になります。

担当する専門家	主な担当分野	1時間あたりの単価目安	総額の目安
公認会計士	財務DD	2万〜5万円	100万〜300万円
弁護士	法務DD	2万〜5万円	50万〜300万円
税理士	税務DD	2万〜5万円	50万〜150万円
コンサルタント等	事業DD・IT DD	案件により変動	100万円〜数千万円

大手ファームはパートナーからスタッフまで階層でチームを組むため、同じ調査範囲でも総額が上がりやすい。誰が実際に手を動かすのかは、見積書の段階で確認しておきたいところです。依頼先の選び方と役割分担が費用対効果を大きく左右します。

費用を押し上げる4つの要因

同じ規模の会社でも、見積額が倍近く違うことがあります。差を生むのは次の要素です。

費用を動かす要因	費用が上がるケース
調査対象期間	直近1期だけでなく、3期以上を遡って分析する場合
対象となる会社数	子会社・関連会社・持分法適用会社まで範囲に含める場合
調査項目の網羅性	リスクの高い領域に絞らず、全分野を等しく調べる場合
分析の深度と報告形式	書面確認にとどめず、経営陣や現場へのインタビュー、詳細な提言レポートまで求める場合

広く深く調べれば安心度は増しますが、費用と期間は確実に膨らみます。調査範囲の絞り込み方は、譲受企業にとっての予算管理そのものです。

デューデリジェンス費用の内訳

請求書の中身を分解すると、大半は人の時間に対する対価です。残りが資料関連と実費、という構成になります。

費用項目	具体的な中身	負担の実態
専門家の人件費	役職別の時間単価×稼働時間。パートナー、マネージャー、スタッフの階層ごとに単価が設定される	総額の8割前後を占めることが多い
資料準備・データルーム費用	資料の収集と電子化、バーチャルデータルームの利用料、必要に応じた物理的な資料室の設営費	資料の電子化や整理は譲渡企業側の持ち出しになる場合がある
交通費・現地調査費などの実費	遠隔地への移動費、宿泊費、印刷・通信費	調査場所と回数で変動する

資料共有の基盤として使われるのがバーチャルデータルームです。VDRの利用料と使い方は利用期間と容量で決まるため、調査が長引くほど積み上がります。

譲渡オーナー側に生じる実質的な負担

譲渡オーナーが専門家報酬を払うことは基本的にありません。ただし、無料で済むわけでもない。過去の契約書を探し出し、給与台帳を整え、経理担当者が質疑応答に張り付く。この時間は、そのまま本業から差し引かれます。

あらかじめ売り手側が整えておく資料を把握しておけば、この負担はかなり圧縮できます。

費用負担の取り決めと会計・税務上の扱い

誰が払うかは慣行で決まっている部分が大きい一方、税務上の扱いは今も動いている論点です。順に整理します。

基本合意書で確認しておく事項

調査の実施時期、独占交渉期間、費用の負担者。この3点は基本合意書の段階で文書化しておくのが実務です。基本合意書とDD条項の関係を確認せずに調査に入ると、途中で追加調査が発生したときの費用負担でもめます。

会計処理は発生した期の費用

企業結合に関する会計基準では、譲受に伴うアドバイザリー報酬や調査費用は取得関連費用として、発生した事業年度の費用に計上します。株式の取得原価には含めません。会計上はシンプルです。

税務処理は取得価額算入が原則

ややこしいのは税務。法人税法施行令では、有価証券の取得価額に「購入のために要した費用」を加算すると定められており、デューデリジェンス費用がこれに当たるかが長年の争点でした。

従来の実務上の整理

過去の国税不服審判所の裁決では、対象会社が特定された後に行われた調査の費用は、株式の取得価額に算入するという判断が重ねられてきました。逆に、複数の候補からどこを選ぶかを決めるための調査費用は、取得価額に含めなくてよいという整理です。

2026年の東京地裁判決で示された判断枠組み

2026年2月18日、東京地方裁判所がこの論点について初めての司法判断を示しました。判決は、株式購入の蓋然性が相当程度高まり、不確実性が解消していた時点以降の費用かどうかで区分するという枠組みを採り、国の課税処分を一部取り消しています。

取締役会決議の有無だけで機械的に線を引くのではなく、交渉の経緯や実質的な意思決定の時期を見る。そういう判断です。一審の判断である点には留意が必要で、実際の申告処理は顧問税理士との確認が欠かせません。

合併・事業譲渡の場合は一時の損金

株式を取得しないスキームでは扱いが変わります。合併に伴うデューデリジェンス費用について、国税庁の質疑応答事例は、移転を受ける減価償却資産や棚卸資産の取得価額には含まれないという整理を示しています（国税庁「合併に伴うデューディリジェンス費用の取扱い」）。事業譲渡も同様に、支出した期の損金として処理するのが一般的です。

同じ調査でも、株式譲渡か合併かで税負担のタイミングが変わる。支援現場では、この差が譲受企業の提示価格に静かに影響していると感じる場面があります。専門用語の整理にはDD関連の用語解説も役立ちます。

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デューデリジェンス費用を抑えて成果を高める方法

安ければよいわけではありません。狙うべきは、同じ予算でリスク検出の精度を上げること。中小企業庁の中小M&Aガイドラインでも、案件の特徴に応じて過剰にならない適切な調査とすべき旨が示されています。

優先順位をつけてスコープを限定する

全分野を等しく調べれば費用は跳ね上がります。製造業なら環境と設備、IT企業ならライセンスと開発体制、労働集約型なら未払残業代。業種の急所に厚く張り、それ以外は薄く済ませる設計が現実的です。

プレDDとセルサイドDDを使い分ける

本格調査の前に数十万円規模の簡易調査を挟むのが初期段階の簡易調査です。ここで致命的な問題が出れば、数百万円の本調査に進む前に撤退できます。

譲渡オーナー側から先手を打つ選択肢もあります。売り手側で先行実施する調査を入れておくと、問題点を自社の言葉で説明でき、譲受企業側の調査工数も減ります。費用は自己負担になりますが、価格の下振れを防ぐ保険としては悪くない投資です。

ワンストップで依頼して調整コストを削る

財務、税務、事業を別々の事務所に発注すると、資料の重複請求や論点の取りこぼしが起きやすくなります。会計と税務を一体で見られる体制に寄せたほうが、総額も期間も抑えられる。当社が税理士法人グループとして財務・税務を通しで支援しているのは、この調整コストの削減効果が大きいためです。

補助金で負担を軽くする

事業承継・M&A補助金の専門家活用枠では、デューデリジェンス費用を含む専門家費用が補助対象になります。買い手支援類型では補助率3分の2、DD費用を計上する場合の補助上限は800万円という設計です（事業承継・M&A補助金の公式情報）。

公募回ごとに要件と締切が変わるため、M&A補助金の申請要件は最新の公募要領で確認してください。登録されたM&A支援機関に支払った費用のみが対象という点も見落としがちな条件です。

譲渡オーナー側で費用を膨らませないための確認項目

調査が長引く原因の多くは、資料の不備と回答の遅れです。支援現場で繰り返し詰まるポイントを挙げます。

• 直近3期分の決算書と勘定科目内訳明細書、税務申告書一式が揃っているか
• 主要取引先との基本契約書に、支配権の異動を理由とする解除条項が入っていないか
• 役員や親族への貸付金・借入金、社宅や車両など個人資産との混在が整理されているか
• タイムカードと給与台帳が突合でき、未払残業代の概算を自社で説明できるか
• 不動産の登記簿と実際の使用状況にずれがないか、賃貸借契約書が現存するか
• 許認可の有効期限と、承継に届出や再取得が必要かどうかを確認済みか

この6項目に事前に答えを用意できている会社は、調査期間が目に見えて短くなります。質問への回答が遅れるほど専門家の稼働時間は延び、費用は積み上がる。そういう構造です。

発見事項が価格に跳ね返る前に手を打つ

調査費用を抑える話と表裏一体なのが、発見事項への備えです。簿外債務や係争が出てくれば、価格の引き下げか表明保証条項での手当てが議論になります。問題が発覚したときの交渉と調査結果と企業価値評価の関係を先に知っておくと、慌てずに済みます。

デューデリジェンスの費用に関するFAQ

費用まわりで実際に寄せられることの多い質問をまとめました。

デューデリジェンス費用のまとめ

デューデリジェンス費用は中小企業のM&Aで200万〜500万円が一つの目安となり、会社規模と調査範囲で上下します。負担するのは譲受企業ですが、税務上の扱いや発見事項は譲渡価格に反映されるため、譲渡オーナーにとっても無縁の話ではありません。何をどこまで調べられるのか、不安に感じるのは当然のことです。

みつきコンサルティングは、税理士法人グループのM&A仲介会社として、中小企業の会社売却を数多く支援してきました。財務・税務の調査対応を通しで見られる体制のため、資料準備の段階から譲渡オーナーの負担を軽くできます。費用や進め方に迷われたら、早い段階でご相談ください。

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