退職金の税金の計算方法｜M&Aでの手取り額の試算と5年ルール

役員退職金にいくら税金がかかるのか、支給を決める前に数字で押さえている経営者は多くありません。退職所得控除、2分の1課税、住民税の順に計算手順を示し、勤続38年で3,000万円を受け取った場合の税額まで実際に追います。会社売却の対価を株式と退職金へ振り分けたときの手取り差、2026年から変わる重複調整についても解説します。

退職金にかかる税金の全体像

「退職金は税金が安い」と聞いてはいても、実際にいくら引かれるかまで把握している経営者は多くありません。会社を譲渡するときの役員退職金は金額が大きく、認識のズレがそのまま手取りのズレになります。まずは課税される税目から整理します。

課税されるのは所得税と住民税の2つ

退職金にかかるのは、所得税（復興特別所得税を含む）と住民税です。どちらも会社が支給時に天引きし、源泉徴収または特別徴収として納付します。受け取る側が自分で納付書を書く場面は、原則ありません。

退職所得は他の所得と分けて計算する

退職金は「退職所得」という独立した区分に入り、給与や不動産所得とは合算されません。国税庁のタックスアンサーNo.1420でも、退職所得は原則として分離して計算すると示されています。

分離課税だから株式の譲渡益と合算されない

ここが会社売却で効いてきます。株式の譲渡益も申告分離課税なので、退職金と譲渡益はそれぞれ別の土俵で税額が決まります。片方が増えても、もう片方の税率が押し上げられることはありません。

会社を譲渡する場面での退職金の位置づけは、M&Aの役員退職金の解説と、会社売却の全体像を押さえたうえで読むと理解が早くなります。

退職金の税金の計算方法を3ステップで確認する

計算の骨格はシンプルです。控除を引き、半分にし、税率を掛ける。この3段構えを押さえれば、あとは数字を当てはめるだけになります。

ステップ1 退職所得控除額を求める

非課税枠にあたるのが退職所得控除です。勤続年数が長いほど枠が広がる設計になっており、創業社長のように勤続30年を超える方は、この段階でかなりの金額が課税対象から外れます。

勤続年数は1年未満を切り上げる

勤続年数に端数があるときは、1年未満を切り上げます。37年5か月なら38年です。1か月でも超えていれば1年分、つまり70万円の控除が増える計算になります。役員就任日ではなく、その会社での勤続開始日から数える点にも注意してください。

20年を境に控除額の増え方が変わる

下表のとおり、勤続20年を超えた部分は1年あたり70万円へ増額されます。

勤続年数の区分	退職所得控除額の計算式	計算例
20年以下	40万円 × 勤続年数 （80万円未満のときは80万円）	勤続15年 → 600万円
20年超	800万円 ＋ 70万円 ×（勤続年数 － 20年）	勤続35年 → 1,850万円

ステップ2 課税退職所得金額を求める

退職金の額から控除額を引き、残りを半分にします。これが税率を掛ける対象、つまり課税退職所得金額です。1,000円未満の端数は切り捨てます。

課税退職所得金額 ＝（退職金の支給額 － 退職所得控除額）× 2分の1

ステップ3 所得税と住民税を計算する

ここまでくれば残りは機械的な作業。ただし所得税と住民税で使う表が違うため、混同しないようにしたいところです。

所得税は速算表で復興特別所得税まで一度に出す

課税退職所得金額をAとして、下表の算式に当てはめます。末尾の102.1％が復興特別所得税を含めた係数で、所得税額の2.1％分がここに織り込まれています。1円未満は切り捨てです。

課税退職所得金額（A）	所得税率	控除額	所得税・復興特別所得税の算式
1,950,000円以下	5％	―	（A×5％）×102.1％
1,950,000円超 3,300,000円以下	10％	97,500円	（A×10％－97,500円）×102.1％
3,300,000円超 6,950,000円以下	20％	427,500円	（A×20％－427,500円）×102.1％
6,950,000円超 9,000,000円以下	23％	636,000円	（A×23％－636,000円）×102.1％
9,000,000円超 18,000,000円以下	33％	1,536,000円	（A×33％－1,536,000円）×102.1％
18,000,000円超 40,000,000円以下	40％	2,796,000円	（A×40％－2,796,000円）×102.1％
40,000,000円超	45％	4,796,000円	（A×45％－4,796,000円）×102.1％

出典は国税庁の退職所得の源泉徴収税額の速算表です。控除額を97,000円などと誤記した表がWeb上に出回っているため、数字は一次情報で確認してください。

住民税は一律10％の現年分離課税

住民税は課税退職所得金額に10％（市町村民税6％、道府県民税4％）を掛けるだけ。累進はありません。退職金の住民税は翌年課税ではなく支給された年に課税される、いわゆる現年分離課税である点も押さえておきたいところです。

計算方法や早見表は、総務省の退職所得に対する住民税の資料で公開されています。

退職金の税金の計算シミュレーション

数式だけでは実感が湧きません。創業から一貫して経営してきたオーナーを想定し、実際の金額で追ってみます。

前提条件の置き方

勤続年数37年5か月、退職金の支給額3,000万円、居住地は東京都、役員としての在任期間は10年超とします。1年未満の端数を切り上げるため、勤続年数は38年として扱います。

退職所得控除額の算出

20年超の区分にあたるため、800万円に20年超過分を加算します。

800万円 ＋ 70万円 ×（38年 － 20年）＝ 2,060万円

課税退職所得金額の算出

支給額から控除額を引き、半分にします。3,000万円のうち、税率を掛ける対象はわずか470万円まで圧縮されました。

（3,000万円 － 2,060万円）× 2分の1 ＝ 470万円

税額と手取り額の算出

課税退職所得金額470万円を速算表に当てはめます。3,300,000円超6,950,000円以下の区分なので、税率20％・控除額427,500円を使います。

所得税と復興特別所得税

（4,700,000円 × 20％ － 427,500円）× 102.1％ ＝ 523,262円

住民税

4,700,000円 × 10％ ＝ 470,000円

手取り額と実効税率

合計の税額は993,262円。手取りは29,006,738円となり、3,000万円に対する実効税率は約3.3％にとどまります。給与や賞与で同額を受け取った場合と比べれば、差は歴然です。

会社売却で退職金を使うと手取りがどう変わるか

ここからが、譲渡を検討するオーナーにとっての本題です。譲渡対価をすべて株式の代金で受け取るのか、一部を役員退職金に振り替えるのか。この設計次第で、最終的に手元に残る金額は数千万円単位で動きます。

株式の譲渡益は一律20.315％で課税される

非上場株式を譲渡したときの譲渡益には、所得税15％・復興特別所得税0.315％・住民税5％の合計20.315％が課されます。金額がいくら大きくても税率は変わらない、申告分離課税の仕組みです。根拠は国税庁のタックスアンサーNo.1463にあります。

株式側の課税関係を細かく確認したい場合は、株式譲渡にかかる税金とM&Aの税金もあわせてご覧ください。

譲渡対価の一部を退職金に振り替えた場合の試算

退職所得の実効税率が20.315％を下回る帯域では、退職金へ振り替えたほうが手取りが増えます。具体的な数字で比べます。

前提条件

退職金支給前の株式価値3億円、取得費（資本金）1,000万円、勤続年数35年、法人税の実効税率34％。役員退職金5,000万円を支給するケースと、支給しないケースを並べます。

手取り額の比較

退職金は法人の損金になるため、支給額5,000万円に対して約1,700万円の法人税が軽減されます。この分だけ株価の下落幅は圧縮されます。下表が結果です。

比較項目	全額を株式の譲渡対価で受け取る	5,000万円を役員退職金にする
株式の譲渡価額	3億円	2億6,700万円
役員退職金	―	5,000万円
オーナーの受取総額	3億円	3億1,700万円
譲渡益への課税	58,913,500円	52,209,550円
退職金への課税	―	5,313,391円
税額の合計	58,913,500円	57,522,941円
最終的な手取り額	241,086,500円	259,477,059円

差額は約1,839万円。内訳を分解すると、法人税の軽減効果が約1,700万円、退職所得と譲渡益の税率差が約139万円です。効果の大半は税率差ではなく損金算入から生まれている、という点は意外に知られていません。

株価の引き下げ幅をめぐる交渉が実務の分かれ目

支援現場で最も揉めるのがここ。譲受企業から「退職金5,000万円を出すなら株価も5,000万円下げる」と提示されることが珍しくありません。しかし法人税の軽減効果を無視した引き下げは、譲渡オーナーが一方的に損をする配分です。

年商12億円の金属加工業の案件では、当初この論点が整理されないまま基本合意の直前まで進み、税効果分の取り扱いを条件に加えて再交渉した結果、譲渡オーナーの手取りが1,500万円ほど改善しました。株価の算定根拠は、企業価値評価の考え方から確認しておきたいところです。

譲受企業側で損金にならないと前提が崩れる

役員退職金が不相当に高額と判断されれば、その部分は損金になりません。実務では功績倍率法（最終報酬月額×在任年数×功績倍率）による水準感が目安とされ、倍率を大きく外した設計は否認リスクを抱えます。

最終報酬月額を直前に引き上げるといった小細工は、まず通りません。むしろ役員報酬を数年かけて適正化しておくほうが、結果として設計の幅が広がります。相場観については会社売却の相場もご参照ください。

2分の1課税が使えない5年ルールの落とし穴

退職金の優遇は、誰にでも同じように適用されるわけではありません。在任期間が短い場合、計算の要である2分の1が使えなくなります。

特定役員退職手当等に該当する場合

役員としての勤続年数が5年以下の人が受け取る退職金は「特定役員退職手当等」となり、控除後の金額をそのまま退職所得とします。半分にする処理は適用されません。詳細は国税庁のタックスアンサーNo.2737にあります。

短期退職手当等に該当する場合

役員以外として勤務した年数が5年以下の場合は「短期退職手当等」に区分されます。控除後の金額のうち300万円までは2分の1課税が使えますが、300万円を超える部分には適用されません。取り扱いはタックスアンサーNo.2740に整理されています。

会社売却の現場で起きやすい取り違え

やってしまいがちなのが、配偶者や子を譲渡の数年前に取締役へ就任させ、退職金を分散して支給するケース。役員在任が5年以下だと特定役員退職手当等に該当し、想定より税額が跳ね上がります。

使用人期間が長い人が役員に上がった場合は、使用人期間と役員期間を分けて計算する余地もあります。判断が割れる領域なので、支給決議の前に税理士へ当ててから進めるほうが安全です。M&A後の役職についてはM&A後の役員の待遇で整理しています。

退職金を年金形式で受け取る場合の税金

一時金ではなく年金形式を選ぶと、税金の計算は根本から変わります。中小企業のオーナーが選ぶ場面は多くないものの、確定給付企業年金などがある会社では検討対象になります。

公的年金等の雑所得として総合課税になる

年金形式で受け取る退職金は退職所得ではなく雑所得です。退職所得控除は使えず、代わりに公的年金等控除が適用されます。しかも他の所得と合算する総合課税なので、不動産収入などがある方は税率が上がりやすくなります。

一時金と年金形式のどちらが有利か

下表のとおり、両者は課税の枠組みが異なります。

比較項目	一時金として受け取る	年金形式で受け取る
所得区分	退職所得	公的年金等の雑所得
課税方式	分離課税	総合課税
使える控除	退職所得控除	公的年金等控除
2分の1課税	原則あり	なし
社会保険料への影響	影響しない	国民健康保険料等に反映

会社を譲渡して勇退するオーナーの場合、一時金のほうが有利になるケースが大半。ただし退職金以外の所得が年1,000万円を超える水準の方は、年金形式との比較を一度は試算しておく価値があります。

2026年から変わる退職所得控除の重複調整

見落とされやすい改正が、2026年1月から動き始めています。会社の退職金だけを見ていると足をすくわれる論点です。

DC一時金を先に受け取ると調整期間が9年に延びる

iDeCoや企業型確定拠出年金の老齢一時金を受け取ったあとに退職金を受け取る場合、これまでは前年以前4年内が重複調整の対象でした。令和7年度税制改正でこれが前年以前9年内へ拡大されています。

つまり60歳でiDeCoを一時金で受け取り、65歳で役員退職金を受け取る並びだと、退職所得控除が圧縮されます。改正内容は財務省の令和7年度税制改正の大綱で公表されています。

小規模企業共済との受け取り順序

小規模企業共済の共済金を一括で受け取る場合も退職所得として扱われるため、役員退職金との重複が問題になります。同じ年に受け取れば合算、近接した年に受け取れば控除の重複排除。どちらも控除枠を目減りさせる方向に働きます。

譲渡のクロージング時期が年末年始をまたぐ案件では、支給日を数か月ずらすだけで税額が変わることも。引退資金の設計とセットで組み立てるのが現実的です。

退職金の税金が還付されるケース

退職金は原則として確定申告が不要ですが、申告することで納めすぎた税金が戻る場合があります。心当たりがあれば確認してみてください。

「退職所得の受給に関する申告書」を出していない場合

この申告書を会社へ提出しないと、退職所得控除がまったく考慮されず、支給額の20.42％が一律で源泉徴収されます。3,000万円なら612万6,000円。本来993,262円で済んだはずの税額との差は500万円超です。

提出さえしていれば会社側が正しく計算するので、申告は不要になります。用紙は支給前に会社から渡されるはずですが、オーナー自身が支給側でもある会社では、そもそも用意されていないことも。手続漏れの典型例です。

退職した年の他の所得が少ない場合

年の途中で退職して再就職しなかった年は、年末調整が行われません。所得控除が使い切れていない状態なので、退職所得を含めて確定申告すると還付になる場合があります。退職から5年以内であれば手続は可能です。

退職金の税金計算で確認したい7項目

支給決議の前に、当社が実務で必ず当てている確認事項を挙げます。ひとつでも空欄が残るなら、金額を固める前に専門家へ相談したほうが無難です。

• 勤続年数の起算日は入社日か、役員就任日か
• 役員としての在任期間は5年を超えているか
• 功績倍率法で見たときに水準が説明できるか
• 退職金支給後の株価をどう再計算するか、譲受企業と合意できているか
• 法人税の軽減効果を株価に反映する取り決めがあるか
• 小規模企業共済やiDeCoの受け取り時期が近接していないか
• 「退職所得の受給に関する申告書」の様式を準備しているか

4番目と5番目は税務の論点ではなく交渉の論点。だからこそ税理士だけに任せると抜け落ちます。手取り全体の考え方は会社売却の手取り額と譲渡益の節税で補足しています。

退職金の税金に関するFAQ

相談の場でよく挙がる質問を、実務での答え方でまとめます。

退職金の税金の計算方法と会社売却のまとめ

退職金の税額は、退職所得控除を引き、2分の1にし、速算表を当てはめる3ステップで求まります。勤続38年で3,000万円なら税額は約99万円。会社売却では、譲渡対価をどう配分するかで手取りが数千万円動くこともあり、支給を決める前の試算が結果を左右します。数字の見通しが立たないまま条件交渉に入るのは、やはり不安が残るはずです。

みつきコンサルティングは、みつき税理士法人グループのM&A仲介会社として、中小企業のM&Aで豊富な実績経験を積み重ねてきました。退職金を織り込んだ譲渡スキームの設計から、譲受企業との株価交渉まで一貫してお手伝いします。手取り額の試算をご希望でしたら、お気軽にご相談ください。

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