会社売却の譲渡益の節税｜手取りを最大化する確定申告と退職金活用

会社売却で得る譲渡益には、株式譲渡なら一律20.315％の分離課税が適用されます。とはいえ取得費の把握や役員退職金の組み合わせ次第で、手取りは数千万円単位で変わります。本記事では、創業者が譲渡益の節税で手取りを最大化する考え方、確定申告が必要・不要となるケース、複数年度にわたる売却スキームの注意点を、M&A支援の現場目線で整理します。

「うちの会社でも売却できるだろうか…」、「何から始めればいいんだろう…」。そのようなオーナー経営者の不安に、中小企業向けM&A仲介会社みつきコンサルティングは、20年間・500件以上の支援実績に基づき、お応えします。本格検討前の情報収集として、まずはお話をお聞かせください。

＞ みつきコンサルティングに無料相談する｜税理士法人グループ

株式譲渡で生じる譲渡益と税金の全体像

「会社が売れた」達成感と安堵の裏で、思ったより手元に残らなかった。そんな声を支援現場でよく聞きます。会社売却の手取りは、いくらで売るかと同じくらい、どう売って、どう申告するかで決まります。まずは譲渡益と税金の関係をつかんでおきましょう。前提として、中小企業の株式譲渡の基本的な仕組みを押さえると、この先の節税の話が腹落ちしやすくなります。

譲渡益は売却価額から取得費と費用を引いて決まる

譲渡益は、株式の売却価額から取得費と譲渡費用を差し引いた残りです。取得費とは、その株式を手に入れるのにかかった金額を指します。仲介手数料などの譲渡費用も控除できます。つまり、売却価額が同じでも取得費が大きければ譲渡益は縮み、税金も軽くなる。節税の出発点はここにあります。

株式譲渡なら一律20.315％の申告分離課税

個人が株式を譲渡して得た譲渡益には、ほかの所得と切り離して税率がかかります。これが申告分離課税です。税率は合計20.315％で固定。売却額が1億円でも10億円でも、この譲渡益にかかる率は上がりません。給与や役員報酬の累進課税とは別建てになる点が、譲渡オーナーにとって大きな意味を持ちます。詳しくは国税庁の申告分離課税の解説（タックスアンサーNo.1463）でも確認できます。

20.315％の内訳

内訳は所得税15％、復興特別所得税0.315％、住民税5％です。復興特別所得税は西暦2037年までの時限的な上乗せ分。報道などで「約20％」とまとめられるのは、この合計を指しています。株式譲渡で生じる税金の計算手順もあわせて確認しておくと安心です。

ミニマムタックス（富裕層課税）に注意

税制改正により2027年（令和9年）1月から適用されるミニマムタックス（超富裕層向け課税）に注意が必要です。一般的な中小・中堅企業のオーナー経営者の場合、株式譲渡益がおよそ3.5億円を超えるような株式譲渡を行うと、税額が増える可能性が高いです。

事業譲渡を選ぶと手取りが目減りしやすい

同じ会社売却でも、株式譲渡ではなく事業譲渡を選ぶと税負担の構造がまるで変わります。事業譲渡では譲渡益が会社（法人）に残り、まず法人税等が課されます。その後、オーナー個人がお金を受け取る段階でさらに課税が生じる。結果として、譲渡オーナーの手元に届くまでに二段構えの税が乗りやすいのです。下表で違いを整理します。

比較項目	株式譲渡	事業譲渡
課税される人	株式を持つ譲渡オーナー個人	対象会社（法人）
税の種類	所得税・住民税・復興特別所得税	法人税等
税率の目安	合計20.315％の申告分離課税	実効税率おおむね30〜35％
ほかの所得との関係	合算しない（分離課税）	その期の法人利益と通算
オーナーへの資金移転	売却代金が直接個人へ	会社経由のため追加課税が生じやすい

中小企業のM&Aで株式譲渡が約9割を占めるのは、手取りの面でこの構造が効いているからです。事業の一部だけを切り出すなど目的が明確な場合は事業譲渡が適することもあります。事業譲渡にかかる税金の負担を比べたうえで決めるのが賢明です。

創業者の手取りを最大化する譲渡益の節税策

税率が固定なら、節税の余地はないのか。そんなことはありません。手取りを動かせるのは、譲渡所得そのものの圧縮と、対価の受け取り方の設計です。会社売却の全体的な流れと費用を見渡しつつ、効果の大きい順に打ち手を見ていきます。会社売却の手取り額の試算方法と合わせて読むと、自社のケースに当てはめやすいはずです。

取得費を正しく集めて譲渡所得を圧縮する

節税の王道は、取得費を漏れなく拾うことです。創業時の出資額、増資の払込額、過去に他の株主から買い取った代金。これらはすべて取得費になります。資料が散逸していると、本来引けるはずの金額を引けず、譲渡益が膨らんでしまう。株式の取得費と概算取得費の扱いを早い段階で確認しておきたいところです。

取得費が不明なら概算取得費という選択肢

創業から数十年が経ち、当時の資料が見当たらない。そういう相談は珍しくありません。取得費がどうしても分からない場合は、売却価額の5％を概算取得費として使えます。ただし実際の取得費が5％を上回るなら、資料を探して実額を使うほうが手取りは増えます。安易に概算へ流れない判断が、ここでは効きます。

譲渡経費も忘れずに

譲渡所得の計算では、株式を売るためにかかった経費を譲渡費用として差し引けます。M&Aの場合、仲介会社へ支払う手数料が代表例です。弁護士や税理士への報酬、契約書の印紙代なども対象になります。領収書を保管して漏れなく計上し、課税所得を圧縮しましょう。

役員退職金を組み合わせて課税を分散する

株式の対価をすべて譲渡益で受け取るのではなく、一部を役員退職金として支給する。これが手取り最大化の定番手法です。退職金は退職所得として優遇が手厚く、株式譲渡益とは別の税の枠で計算されます。譲渡対価と退職金へ配分し直すことで、全体の税負担を抑えられる場合がある。詳しい設計は役員退職金を使った節税スキームで具体例とともに解説しています。

退職所得控除と5年ルールの効き方

退職金には勤続年数に応じた退職所得控除があり、控除後の金額をさらに2分の1にして課税します。長く役員を務めたオーナーほど効果は大きい。一方で、勤続5年以下の役員には2分の1課税が使えないなどの制約もあります。退職所得控除と5年ルールの計算を踏まえ、支給額の上限を見極めることが欠かせません。

法人に繰越欠損金があれば譲渡益と相殺できる

過去に赤字を抱えた会社なら、税務上の繰越欠損金が残っていることがあります。事業譲渡や会社分割のように譲渡益が法人側で発生するスキームでは、この欠損金を当期の利益とぶつけて法人税を圧縮できる。ただし、M&Aを機に欠損金を引き継ぐには要件があります。繰越欠損金をM&Aで使う要件を確認したうえで活用を検討しましょう。

複数年度にまたがる売却スキームという発想

譲渡対価を一括ではなく、複数年に分けて受け取る。アーンアウトや段階的な株式譲渡では、こうした設計が現実的な選択肢になります。年をまたいで譲渡益を計上すれば、その年ごとに申告と納税が分かれます。手元資金の計画も立てやすい。ただし、契約上の引渡し時期と税務上の収入計上時期は必ずしも一致しないため、設計段階での確認が要ります。

支援現場で見る手取り改善の進め方

当社が関わった案件に、年商8億円ほどの製造業を営む60代オーナーの例があります。創業時の出資資料が見当たらず、当初は概算取得費での試算でした。資料を精査して増資の払込記録を復元し、さらに退職金との配分を見直した結果、当初試算より手取りが数千万円改善した計算になりました。こうした積み上げで結果が変わるのが実務です。

譲渡益の節税前に確認したいチェックリスト

本格検討に入る前に、以下を手元で点検しておくと話が早く進みます。

• 創業時の出資額・増資の払込額・株式の買取記録など、取得費を裏づける資料が揃っているか
• 役員退職金の規程があり、過大とならない支給額の目安を試算できているか
• 法人に繰越欠損金が残っているか、その残高と使用期限
• 譲渡対価を一括で受け取るのか、複数年に分けるのか
• 株式を親族にも持たせている場合、その保有比率と取得経緯

会社売却の株式譲渡益にかかる確定申告の基礎

節税の打ち手が固まったら、出口の確定申告です。ここを誤ると、せっかくの設計が台無しになりかねません。創業者にとって株式の売却益はまさにM&Aで得る創業者利益そのもの。正しい申告で、その利益を確実に手元に残しましょう。

非上場株式の譲渡は原則として確定申告が必要

会社売却で扱う自社株は、証券市場を通さない非上場株式です。この譲渡で得た所得は税務上の譲渡所得となり、原則として確定申告が必要になります。申告期間は、譲渡した年の翌年2月16日から3月15日まで。会社売却の規模であれば、まず申告が要ると考えておくのが無難です。確定申告の基本は国税庁の確定申告の手引き（タックスアンサーNo.2020）が参考になります。

確定申告が不要になるケース

もっとも、株式の譲渡なら何でも申告が要るわけではありません。一定の条件にあてはまれば不要になる場面もあります。とはいえ、会社売却の場面でこれらに該当することはほぼないという点が、押さえどころです。下表で整理します。

状況	確定申告	補足
非上場株式を売って譲渡益が出た	原則必要	会社売却の大半がこれに該当
特定口座（源泉徴収あり）の上場株式	不要	証券会社が源泉徴収するため
譲渡損が出た	任意	申告すれば繰越控除を使える場合あり
給与以外の所得が20万円以下	不要	大型のM&Aではまず該当しない

申告書の具体的な記載に不安があれば、確定申告書の具体的な記入手順を手元に置いて作業すると迷いません。

譲渡損が出た場合の扱い

会社売却で損が出る局面は限られますが、複数の株式取引がある場合は損益が混在します。上場株式の譲渡損なら、申告によって最長3年の繰越控除が使えます。ただし非上場株式の損失は繰り越せず、扱いが異なります。譲渡損の損益通算と繰越控除で線引きを確認しておきましょう。

申告分離課税だからほかの所得とは合算しない

株式の譲渡所得は申告分離課税です。給与所得や事業所得と合算せず、独立して税率を計算します。だからこそ、いくら大きな譲渡益が出ても累進で税率が跳ね上がることはありません。上場株式と非上場株式も別々の枠で申告するため、両者の損益を相殺できない点には留意が要ります。

申告と節税で失敗しないための実務上の注意点

制度を正しく理解していても、つまずくことはあります。現場で見る落とし穴を3つに絞って共有します。

親族間の譲渡は譲渡価額の設定に注意

後継者がいないオーナーでも、株式の一部を配偶者や子が持つケースは多いものです。第三者への売却なら合意した価額で問題ありません。ところが親族間で動かす場合、時価とかけ離れた価額だと、その差額が贈与とみなされて贈与税の対象になりかねない。意外と多い落とし穴です。同族会社内での株式譲渡の税金を確認し、価額の根拠を整えておきましょう。

取得費や対価の資料は早めに揃える

譲渡益の確定には、取得費の裏づけが欠かせません。創業から年数が経つほど、当時の資料は探し出すのに時間がかかります。譲受企業から受け取る支払調書や、譲渡費用の領収書も含め、申告に必要な書類は交渉と並行して集めておく。直前に慌てて探すと、本来引けた控除を取り逃がすことになります。

スキーム設計は事前シミュレーションが前提

株式譲渡か、事業譲渡か、退職金をいくら配分するか。これらの組み合わせ次第で、最終的な手取りは大きく振れます。教科書には書きにくい実務の判断軸は、契約上の建て付けと税務上の取扱いを必ずセットで点検することです。実行してから「こうすればよかった」では取り返せません。条件が固まる前に、税務に強い専門家へ試算を依頼するのが堅実な進め方です。

株式譲渡の節税に関するFAQ

相談の現場で繰り返し受ける質問を、実務目線でまとめます。個別の判断は契約条件や会社の状況によって変わる点はご了承ください。

会社売却の譲渡益を賢く残すために

会社売却の譲渡益は、株式譲渡なら一律20.315％の分離課税で、取得費の把握と役員退職金の配分、繰越欠損金の活用で手取りは大きく変わります。確定申告は原則必要で、スキームの設計段階から税務を見据えることが肝心です。長年育てた会社を手放す不安はもっともですが、準備次第で残せる金額は確実に増やせます。

みつきコンサルティングは税理士法人グループのM&A仲介会社として、中小企業の会社売却を数多く支援してきました。設立母体のみつき税理士法人と連携し、譲渡益の節税設計から確定申告までを一貫してサポートします。手取りの最大化を含め、本格検討の前段階からお気軽にご相談ください。

完全成功報酬のM&A仲介会社なら、みつきコンサルティングへ ＞

みつきコンサルティングは、中小企業の会社売却・事業承継に特化した譲渡企業様に完全成功報酬制のM&A仲介会社です。売り手と買い手企業の最適なマッチングを、経験豊富なM&Aコンサルタントが初期相談から成約まで一貫してフルサポートします。