事業譲渡で会社に入る譲渡代金の処理｜オーナー個人が得る方法とは？

事業譲渡の譲渡代金は会社に入金されますが、その後の会計処理や税務申告は複雑です。簿価と時価の差額で決まる譲渡損益や、消費税、のれんの償却ルールを誤ると、想定外の税負担が生じかねません。本記事では、売り手・買い手双方の会計実務から、会社に入った資金をオーナー個人へ還元する方法まで、分かりやすく解説します。

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事業譲渡の譲渡代金の処理の概要

事業譲渡において、「売却代金がどのように処理されるか」は、オーナー社長にとって最大の関心事ではないでしょうか。 株式譲渡とは異なり、事業譲渡では会社そのものが売買の主体となります。 そのため、お金の流れや会計処理が直感とは異なる場合があり、事前の理解が欠かせません。

まずは、譲渡代金の処理に関する全体像と、売り手・買い手それぞれの基本的なルールを見ていきます。

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売り手の処理｜対価と簿価の差額が「事業譲渡損益」になる

売り手企業における会計処理の肝は、「簿価と時価の差額」を認識することです。 事業譲渡では、譲渡する資産や負債を帳簿から消し込み、受け取った対価（時価）との差額を計算します。 この差額がプラスであれば「事業譲渡益」、マイナスであれば「事業譲渡損」として、損益計算書の特別損益の部に計上されます。

現場でよくある誤解は、「売却代金すべてが利益になる」というものです。 実際には、譲渡した資産の帳簿価額（簿価）を差し引いた残りが利益となります。 この利益に対して法人税等が課税されるため、最終的な手取り額を予測するには、正確な簿価の把握が不可欠です。

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買い手の処理｜資産・負債を時価で計上し「のれん」が発生する

買い手企業は、譲り受けた資産と負債を「時価」で自社の帳簿に計上します。 このとき、支払った譲渡代金が、引き継いだ資産・負債の時価純資産額（時価資産 － 時価負債）を上回るケースが大半です。 この超過額は、ブランド力や技術力、顧客基盤などの目に見えない価値とみなされ、「のれん」として無形固定資産に計上されます。

逆に、何らかのリスクがあり、時価純資産額よりも安く買収できた場合は「負ののれん」が発生します。 負ののれんは、発生した事業年度の特別利益として一括計上されますが、実務では稀なケースといえるでしょう。 買い手にとっても、取得した資産をいくらで評価するかは、その後の減価償却費や収益性に直結する重要な問題です。

▷関連：のれんとは？事業譲渡での評価や算定方法・会計処理と仕訳・税務

譲渡代金の行方｜お金は「オーナー」ではなく「会社」に入る

最も重要な点は、事業譲渡の対価を受け取るのは「オーナー個人」ではなく「譲渡企業」（法人）であるということです。 株式譲渡であれば、株主であるオーナー個人の口座に直接入金されますが、事業譲渡はあくまで会社間の取引だからです。

したがって、オーナーが個人的にリタイア資金を得たい場合は、会社に入ったお金を何らかの方法で個人に移す必要があります。 これには役員退職金や配当などの手続が必要となり、それぞれに税金がかかります。 「会社にはお金が入ったが、社長の手元には届いていない」という事態を避けるためにも、出口戦略をセットで考える必要があります。詳しくは後述します。

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事業譲渡の仕訳と消費税｜売り手・買い手別

事業譲渡の会計処理では、消費税やのれんの扱いが複雑になりがちです。 仕訳を間違えると、税務調査での指摘や、想定外の納税負担につながる恐れがあります。 ここでは、実務で頻出する具体的な仕訳パターンとポイントを整理します。

売り手企業の仕訳例｜仮受消費税の計上を忘れない

売り手側の仕訳では、譲渡対価の中に含まれる消費税を「仮受消費税」として処理します。 例えば、資産の簿価合計が1億円、譲渡対価（時価）が1.5億円（うち消費税対象資産への課税分が1,000万円）だったとします。

この場合の仕訳イメージは以下の通りです （分かりやすく単純化しています）。

借方	金額	貸方	金額
現金預金	1億6,000万円	諸資産（簿価）	1億円
		仮受消費税	1,000万円
		事業譲渡益	5,000万円

このように、受け取った現金の総額から、資産の簿価と預かった消費税を引いた残りが「事業譲渡益」となります。 この消費税分は後で納税する必要があるため、使い込んでしまわないよう資金管理には十分注意してください。

買い手企業の仕訳例｜のれんは無形固定資産として5年償却

買い手側では、支払った対価と取得した純資産の差額を「のれん」として計上します。 日本のルールでは、M&Aで発生したのれんは、会計基準上は20年以内（5~10年間が多い）、税務上は（資産調整勘定として）5年間で償却するのが原則です。 税務では毎年の損金（経費）として計上できるため、買い手にとっては大きな節税メリットとなります。

下表は、買い手側の仕訳イメージです。

借方	金額	貸方	金額
諸資産（時価）	1億円	現金預金	1億6,000万円
のれん（税務上は資産調整勘定）	5,000万円
仮払消費税	1,000万円

買い手は「仮払消費税」を計上することで、自社の消費税申告時に仕入税額控除を受けることができます。 ただし、課税売上割合などの条件によっては全額控除できない場合もあるため、税理士による確認が必須です。

消費税の課税・非課税の区分けと納税のタイミング

事業譲渡では、譲渡対象となる資産ごとに「消費税がかかるもの」と「かからないもの」を厳密に区分しなければなりません。 ざっくり言えば、「土地」や「有価証券」、「債権」は非課税ですが、「建物」「設備」「在庫」「のれん」は課税対象です,。

実務でよく揉めるのが、この「のれん代」にかかる消費税です。 のれんの金額が大きくなれば、それに比例して消費税額も数千万円単位で跳ね上がります。 売り手は受け取った消費税を次の決算で納税しなければなりませんが、買い手にとっては一時的なキャッシュアウト負担となります。 譲渡代金の交渉時には、この消費税分を内税とするか外税とするか、明確に取り決めておくことがトラブル回避の鉄則です。

▷関連：事業譲渡の税金｜売り手と買い手の税務リスク・M&Aでの節税対策

簿価と時価のズレが損益に直結する！実務上の注意点

事業譲渡は、会社全体を株価で取引する株式譲渡とは異なり、「個別の資産売買」の集合体です。 そのため、帳簿上の数字（簿価）と実際の取引価格（時価）のズレが、税務上の損益にダイレクトに影響します。 ここでは、実務で特に注意すべきリスクについて深掘りします。

帳簿価格と時価の乖離が「想定外の税金」を生むリスク

長年経営している中小企業では、土地や建物が購入時（簿価）よりも大幅に値上がりしているケースがあります。 あるいは、既に減価償却を終えて簿価が1円になっている機械設備に、高い時価がつくことも珍しくありません。 こうした資産を譲渡すると、差額がすべて「利益」となり、多額の法人税が発生します。

「売却代金が入ってくるから大丈夫」と安易に考えていると、翌年の納税時期に資金ショートを起こす危険性があります。 支援現場では、事前にシミュレーションを行い、売却代金から税金を差し引いた「手残りキャッシュ」を正確に把握することをお勧めしています。 また、過去の繰越欠損金がある場合は、譲渡益と相殺して税金を圧縮できる可能性があり、また含み損を抱える資産がある場合には合法的な損出しができるかもしれず、税務専門家と連携して対策を講じましょう。

負ののれんが発生する場合の特殊な処理とインパクト

稀なケースですが、買収価格が純資産の時価よりも安くなり、「負ののれん」が発生することもあります。 これは、対象事業に将来的なリスク（訴訟リスクや環境汚染など）がある場合や、早急な売り抜けが必要な場合に見られます。

負ののれんが発生すると、買い手側では「特別利益」として一括計上されます。 利益が出ることは一見良いことに思えますが、突発的な利益によって法人税負担が急増する可能性があります。 買い手としては、安く買えたと喜ぶだけでなく、その後の税負担や引き継ぐリスクの解消コストまで見越した資金計画が必要です。

デューデリジェンスでの資産評価が最終代金を左右する

事業譲渡の代金（時価）は、買い手による買収監査（デューデリジェンス）の結果をもとに最終決定されます。 この際、在庫の中に「不良在庫」が含まれていないか、機械設備は正常に稼働するかなどが厳しくチェックされます。 もし劣化や陳腐化が見つかれば、時価評価が下げられ、予定していた譲渡代金が減額されることもあります。

売り手としては、日頃から資産の管理を徹底し、実態とかけ離れた帳簿になっていないか確認しておくことが重要です。 「思ったより高く売れなかった」という失敗を防ぐには、交渉のテーブルに着く前に、自社の資産価値を客観的に見つめ直す準備が求められます。

会社に入った譲渡代金をオーナー個人が受け取る方法

先述の通り、事業譲渡の対価は会社に入ります。 オーナー経営者がリタイア後の生活資金や次の挑戦資金として使うためには、会社から個人へ資金を移動させなければなりません。 税務コストを抑えつつ、個人資産を最大化するための代表的な3つの方法をご紹介します。

方法1：役員退職金として受け取る（節税効果大）

最も一般的かつ税制メリットが大きいのが、「役員退職金」として受け取る方法です。 退職金は、給与や配当に比べて税負担が非常に軽く設定されています。 「退職所得控除」という非課税枠が使えるほか、控除後の金額をさらに2分の1にして課税されるという優遇措置があります（勤続年数等の条件あり）。

事業譲渡後にオーナーが引退する場合、会社に入った譲渡益を原資として退職金を支給すれば、会社の利益（譲渡益）を圧縮して法人税を減らしつつ、個人には低い税率でお金を移転できます。 まさに一石二鳥のスキームですが、不相当に高額な退職金は税務否認のリスクがあるため、適正額の算出には税務専門家の判断が必要です。

方法2：配当金として受け取る（総合課税に注意）

オーナーが引退せず、会社も存続させる場合は、役員報酬や「配当金」として受け取る選択肢があります。 しかし、配当金は「総合課税」の対象となり、他の所得（役員報酬など）と合算して税額が計算されます。 所得が高いオーナーの場合、最高税率（住民税込で最大約55%）が適用される可能性があり、手取りが大きく目減りしてしまいます。

ただし、会社が赤字で繰越欠損金がある場合など、法人税がかからない状況であれば、配当によって少しずつ資金を個人に移すことも検討余地があります。 いずれにせよ、一度に多額の配当を出すのは税務上不利になるケースが多いため、慎重なシミュレーションが必要です。

方法3：会社清算をして残余財産として受け取る

事業の「全部譲渡」を行い、会社に事業が何も残らない場合は、会社を解散・清算して残ったお金（残余財産）を株主に分配する方法があります。 この場合、分配されるお金は「みなし配当」として扱われ、やはり総合課税の対象となります。

税負担は配当と同様に重くなりますが、会社をきれいに畳むことができるため、後継者がおらず廃業を考えていたオーナーには適しています。 最近では、M&A後にあえて会社を「資産管理会社」として存続させ、個人への分配を行わずに運用益で維持するケースも増えています。 どの方法がベストかは、オーナーのライフプランによって異なります。

▷関連：事業売却の相場は？金額の決まり方・価格計算方法・交渉ポイント

事業譲渡と株式譲渡の代金処理・税金の違い

ここまで事業譲渡の処理を見てきましたが、比較検討される「株式譲渡」との違いを整理しておきましょう。 どちらを選ぶかで、手元に残るお金（手取り）は大きく変わります。

手取り額が変わる？税率と課税主体の比較表

株式譲渡と事業譲渡の最大の違いは、「誰に」「どのくらいの税率で」税金がかかるかです。 下表に主な違いをまとめました。

項目	株式譲渡	事業譲渡
売却主体	株主（オーナー個人）	譲渡企業（法人）
代金の受取人	オーナー個人	会社（法人）
課税される税金	所得税・住民税等	法人税等 ＋ 消費税
税率の目安	約20%（分離課税）	約30〜34%（実効税率）
個人の手取りへの影響	税引後がそのまま手取り	会社から個人へ移す際にさらに課税（配当課税など）

株式譲渡の場合、税率は一律約20%で済み、手続もシンプルです,。 一方、事業譲渡は法人税（約30%〜）がかかった上で、さらに個人へ移す際に所得税などがかかるため、トータルの税負担は重くなりがちです。 それでも、「不採算事業だけ切り離したい」「簿外債務のリスクを遮断したい」といった戦略的理由から、あえて事業譲渡を選ぶケースは少なくありません。

▷関連：株式譲渡と事業譲渡の違い・選び方は？M&A手法として比較！

事業譲渡の譲渡代金の処理に関するFAQ

事業譲渡の代金処理について、現場でオーナー社長からよくいただく質問をまとめました。

まとめ｜事業譲渡の譲渡代金の処理

事業譲渡は、会社にお金が入る仕組みであり、オーナー個人の手取りを最大化するには工夫が必要です。 最後に、本記事の要点をまとめます。

事業譲渡の代金処理は、対価（時価）と簿価の差額を「事業譲渡損益」として計上し、課税資産には消費税が発生します。買い手側では差額を「のれん」として5年等で償却します。代金は会社に入るため、オーナー個人が受け取るには役員退職金などの活用が有効です。複雑な税務リスクを回避し、大切な資産を守り抜く準備が必要です。

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