事業譲渡で許認可・資格は承継できる？引き継ぎ手順・注意点を解説

事業譲渡では原則として許認可が引き継げないことをご存知ですか。準備不足は事業停止を招き、M&A破談の原因にもなります。本記事では、再取得が必要な理由から、例外的に承継が可能となる特例制度、現場で実践するスケジュールの組み方まで解説します。

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事業譲渡における許認可承継の「落とし穴」

多くの経営者様が「会社を譲るのだから、許可も当然ついてくる」と考えがちですが、ここに大きな落とし穴があります。M&Aの現場で最も注意すべきは、契約が成立しても、許認可の不備で翌日から営業できないリスクがあることです。まずは大原則を理解しましょう。

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なぜ事業譲渡では許認可が引き継げないのか

結論から申し上げますと、事業譲渡において許認可・資格は原則として承継されず、譲受企業（買い手）が新たに取得し直す必要があります。

理由は、事業譲渡が「特定の事業資産や契約の売買」に過ぎず、許認可・資格の主体である「法人格」そのものは移動しないためです。許認可・資格の多くは、その会社や個人の信用、設備、人的要件に対して与えられる「一身専属性」という性質を持っています。そのため、事業の持ち主が変われば、行政庁は「新しい持ち主が要件を満たしているか」をゼロから審査し直さなければなりません。

一方で、株式譲渡の場合は株主が変わるだけで会社（法人格）は存続するため、原則として許認可・資格はそのまま維持されます。この違いを混同していると、スケジュールの致命的な遅れを招きます。

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スキーム別・許認可承継の可否比較表

M&Aの手法によって、許認可・資格の取扱いは劇的に変わります。 事業譲渡は他のスキームに比べ、手続の負担が重くなる傾向にあります。以下の表で整理しましたので、全体像を把握してください。

項目	事業譲渡	株式譲渡	合併	会社分割
許認可の承継	原則不可です。	原則可です。	根拠法によります。	根拠法によります。
手続きの概要	譲渡側で廃業届（廃業する場合）、譲受側で新規取得が必要です。	法人格が変わらないため、届出のみで済む場合が多いです。	吸収合併は承継できるケースが多いです。	吸収分割は承継できるケースが多いですが、一部業種は新規取得が必要になり。
注意点	空白期間が生じないよう、綿密なスケジュール調整が必須です。	役員変更や代表者変更に伴う変更届が必要な場合があります。	業法（建設業法など）によりルールが異なるため個別確認が必要です。	事業と許認可の紐づきを行政が審査します。

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例外的に承継が可能になる「2つの特例制度」

事業譲渡では「原則として再取得」とお伝えしましたが、近年は円滑な事業承継を支援するため、法改正による特例措置が設けられています。これにより、特定の条件下では事業譲渡であっても許認可を引き継げる道が開かれました。当社でも、この特例を活用してスムーズな承継を実現するケースがあります。

中小企業等経営強化法による特例（建設・運送・旅館など）

中小企業同士のM&Aであれば、「中小企業等経営強化法」に基づく特例を活用できる可能性があります。 具体的には、所管の行政庁へ事前に「事業譲渡等についての認定」（経営力向上計画の認定など）を受けることで、許認可の地位をそのまま承継できる制度です。これにより、新規取得の手間やコスト、審査待ちのリスクを大幅に削減できます。

対象となる主な許認可は以下の通りです。

• 建設業許可
• 宅地建物取引業免許
• 旅行業登録
• 一般貨物自動車運送事業許可
• 一般旅客自動車運送事業許可（バス・タクシー等）
• 旅館業営業許可
• 火薬類製造・販売業許可

ただし、この特例を使うには「事前の認定」が絶対条件です。事業譲渡契約を結んでからでは間に合いません。また、譲渡側・譲受側の双方が中小企業であることなど、要件も細かく規定されています。

食品衛生法の改正による地位承継（飲食店など）

飲食店や食品製造業に関わる皆様には朗報があります。 2023年（令和5年）12月の食品衛生法改正により、事業譲渡における「地位の承継」が可能になりました。以前は、譲渡側が廃業届を出し、譲受側が新規許可を取る必要がありましたが、現在は「地位承継届」を提出するだけで営業許可を引き継げます。

手続の流れとしては、譲渡前に保健所へ相談し、衛生管理の状態などを確認した上で、譲渡後に遅滞なく届出を行います。事業譲渡契約書などの「事業を譲り渡したことを証する書類」の添付が必要ですので、契約書作成段階から保健所の要件を盛り込んでおくことが現場でのポイントです。

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承継失敗を防ぐための実務スケジュール

理屈は分かっても、実務でどう動くかが成否を分けます。許認可の再取得には行政庁の審査期間（標準処理期間）があり、長いものでは2〜3ヶ月かかることも珍しくありません。この期間を見誤ると、M&A実行日（クロージング）に「許可がないから営業できない」という最悪の事態、「空白期間」が発生します。

事前相談から許可取得までの標準フロー

安全に事業を引き継ぐためには、下表の手順で進めてください。特に最初の事前相談がすべてを決めると言っても過言ではありません。

手順	実施時期・内容
1 行政庁への事前相談	クロージング3ヶ月前から開始します。譲受企業が決まった段階で、管轄の役所（都道府県庁、保健所、運輸支局など）へ相談に行きます。「事業譲渡を行う予定だが、許認可をどう切り替えるべきか」「審査期間はどのくらいか」を具体的に確認します。
2 要件の確認と調整	許認可には「人」（資格者）と「場所」（設備）の要件があります。例えば、譲受企業側に有資格者がいない場合、譲渡企業の有資格者が転籍して要件を満たす必要があります。この調整を事前に行います。
3 申請書類の準備と提出	新規取得の場合は、膨大な書類が必要です。特に、譲受企業の定款や役員証明書などは手配に時間がかかります。
4 審査と現地調査	書類受理後、審査に入ります。業種によっては行政担当者が現地に来て設備を確認します。
5 許可証の交付と営業開始	晴れて許可が下りれば営業開始です。理想は、事業譲渡の効力発生日と同日に許可が下りることです。

「空白期間」を作らないための現場の工夫

実務上、最も頭を悩ませるのが、譲渡側の廃業と譲受側の新規許可のタイミングが合わないケースです。 行政庁によっては「同じ場所で二重に許可は出せない」として、譲渡側が廃業届を出した後でなければ、譲受側の申請を受け付けないことがあります。これでは数週間の営業停止が避けられません。

こうした事態を防ぐため、支援現場では以下のような対策を検討します。

• 事前協議による同時処理：担当官と交渉し、廃業届と新規申請を同日に処理してもらい、空白期間をゼロにする（あくまで役所の運用次第です）。
• クロージング日の調整：許可が下りる見込みが立つまで、最終的な事業の引渡し日（クロージング）を後ろ倒しにする条項を契約書に入れておく。
• 特例の活用検討：前述した承継特例が使える業種であれば、迷わず活用して審査期間のリスクを回避する。

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事業譲渡の許認可承継に関するFAQ

よくある質問とその回答をまとめました。実務的なニュアンスを含めてお答えします。

まとめ｜事業譲渡における許認可・資格の承継

事業譲渡において許認可は原則として承継されず、買い手による新規取得が必要です。ただし、建設業や運送業、飲食店などは法改正による特例で承継できる道があります。重要なのは、行政庁への事前相談と、審査期間を見越したスケジューリングです。安易な判断は違法営業や事業停止を招くため、十分にご注意ください。

当社は、みつき税理士法人グループのM&A仲介会社です。中小企業M&Aの実績経験が豊富で、許認可の承継リスクに詳しいM&Aアドバイザー、公認会計士、税理士が多数在籍しています。事業譲渡をご検討の際は、ぜひ一度ご相談ください。

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