個人事業主の事業譲渡・M&Aと廃業｜判断フローと手続・税務を比較

個人事業主の廃業を検討する前に、事業譲渡というM&Aの選択肢を知っていますか。本記事では、廃業届の提出手続から、事業譲渡を選んだ場合の税務・手取り・引継ぎまでを比較し、設備・許認可・伝統技術を持つ個人事業主が判断するためのフローを、税理士法人グループのM&A仲介会社の視点で解説します。

「うちの会社でも売却できるだろうか…」、「何から始めればいいんだろう…」。そのようなオーナー経営者の不安に、中小企業向けM&A仲介会社みつきコンサルティングは、20年間・500件以上の支援実績に基づき、お応えします。本格検討前の情報収集として、まずはお話をお聞かせください。

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個人事業主の廃業と事業譲渡の全体像

廃業届の書き方を調べていらっしゃる方は、おそらく事業をたたむ方向で動き始めているはずです。ただ、その前に確認していただきたい選択肢があります。設備・許認可・取引先・従業員といった事業の中身に値段が付く可能性、つまり事業譲渡（個人事業主のM&A）です。本章では、廃業と事業譲渡の違いを大づかみに整理します。

なお、第三者承継としての事業譲渡は、廃業と並んで国が後押しする出口戦略の一つです。全体像は事業承継とは｜３つの承継先・対象・方法や成功事例・進め方も解説と廃業とM&A売却の比較｜利点と欠点・税金面・後継者難倒産が増加で詳述しています。

廃業と事業譲渡の決定的な違い

廃業は事業を「終わらせる」行為であり、事業譲渡は事業を「引き継がせる」行為です。手取りキャッシュ、税負担、従業員の処遇、屋号や取引先の存続、いずれも結果が大きく変わります。下表で輪郭を押さえます。

比較項目	廃業	事業譲渡
事業の継続	完全に停止する	譲受側で継続する
得られる対価	残余資産の処分益のみ	営業権（のれん）込みの譲渡対価
税務上の所得区分	事業所得・譲渡所得が混在	資産種類ごとに区分（事業所得・譲渡所得・消費税課税）
従業員	原則解雇、退職金支給	譲受側との個別合意で引継ぎ
許認可	失効	業種により再取得または特例で承継可
取引先・屋号	消滅	条件次第で引継ぎ
借入金	個人債務として残る	譲渡対価で返済原資を確保しやすい

差は対価だけではありません。借入金の処理、許認可の扱い、従業員への責任の果たし方まで、廃業と事業譲渡では着地点がまるで違うのです。

判断フローの概略

支援現場でまず確認するのは、事業に「値段が付く要素」があるかどうかです。具体的には、（1）譲渡可能な許認可、（2）設備・店舗・賃借権、（3）顧客リスト・取引契約、（4）職人技や独自レシピなどの無形資産、（5）従業員の存在、の5点。一つでも該当すれば、廃業届を出す前に事業譲渡の可能性を検討すべきです。

廃業届の提出と手続

事業譲渡を選ばない場合、または事業譲渡を選んでも譲渡側として廃業届の提出が必要な場合があります。ここでは廃業届の基本を整理します。

廃業届とは何か

廃業届の正式名称は「個人事業の開業・廃業等届出書」です。事業を畳んだ事実を税務署と都道府県に伝える書類で、これを出さない限り税務署側では事業継続中として扱われます。所得税の確定申告通知、個人事業税の納付書、消費税の課税事業者管理など、不要な行政手続が継続する原因になります。

提出根拠は所得税法第229条です。提出様式は国税庁「個人事業の開業届出・廃業届出等手続」でダウンロードできます。

提出期限と提出先

廃業の日から1か月以内に、納税地を管轄する税務署へ提出します。これに加えて、都道府県税事務所（個人事業税の所管）にも事業廃止届の提出が必要です。提出様式・期限が自治体ごとに異なるため、各都道府県の主税局サイトで確認してください。

同時提出が望ましい書類

廃業届だけ出して終わり、では取りこぼしが出ます。事業の状況に応じて、下表中の書類を同時提出します。

書類名	提出が必要な人	提出期限
所得税の青色申告の取りやめ届出書	青色申告承認を受けていた人	取りやめる年の翌年3月15日まで
事業廃止届出書（消費税）	消費税の課税事業者だった人	速やかに
給与支払事務所等の廃止届出書	従業員を雇用していた人	廃止後1か月以内
所得税及び復興特別所得税の予定納税額の減額申請書	予定納税の負担を軽減したい人	第1期：7月15日、第2期：11月15日

青色申告の取りやめ届出を忘れると、廃業年の青色申告特別控除（最大65万円）が使えない事例が出ます。現場では、廃業届と一括で出すよう案内しています。

記入時に迷いがちな項目

書類自体は複雑ではありませんが、二点ほど誤記が多い箇所があります。

廃業の事由欄

廃業理由を簡潔に記入します。事業譲渡で承継した場合は、譲受人の氏名・住所も記載します。法人成りの場合は、新設法人の名称・本店所在地・法人番号を記入します。空欄で出す方が多いのですが、後述の譲渡所得計算や、税務署からの問い合わせ対応で根拠資料になります。

開業・廃業等日欄

ここに書く「廃業日」が、その後の税務処理の起点になります。廃業日以降に発生した経費は、原則として必要経費に算入できません。設備の撤去費、原状回復費、最終仕入の在庫処分、退職金の支払いなど、清算に伴う支出を見越して、清算作業が一段落した日を廃業日に設定するのが実務上の定石です。

個人事業主の事業譲渡という選択肢

廃業届の話を一旦置いて、本記事の本題である事業譲渡に話を移します。

個人事業主のM&Aは事業譲渡が基本

法人のM&Aでは株式譲渡が主流ですが、個人事業主には株式という概念がありません。したがって、個人事業主のM&Aは事業譲渡スキーム、つまり事業用資産・負債・契約関係を個別に譲渡する形を取ります。詳細な仕組みは事業譲渡とは｜デメリット・M&Aでの活用法・会社法の手続と流れと個人事業のM&Aでの売却は可能？相場・税金・事業譲渡の流れを解説で整理しています。

譲渡対価が付きやすい個人事業の特徴

「個人でやっている小さな店に値段なんて付くのか」という質問は本当に多くいただきます。結論から申し上げますと、事業の中身次第で十分に値段が付きます。下表は、現場で買い手の引き合いが付きやすい個人事業の類型です。

事業の類型	具体例	譲渡対価が付く理由
設備・施設保有型	飲食店、整骨院、製造業、介護施設、日本語学校	譲受側が初期投資・物件取得を回避できる
技術・ブランド型	和菓子店、伝統工芸、職人型サービス	修練と歴史で築いた技能・屋号が金銭で再現困難
許認可型	建設業、運送業、旅館業、火薬類製造販売業	許認可取得に時間とコストがかかり、特例で承継可能な業種がある
顧客基盤型	士業事務所、教室、サブスク型サービス	継続契約・リピート顧客が安定収益として評価される
立地・賃借権型	路面店、人気エリアの飲食店	同条件の賃借権の再取得が困難

逆に、属人性が極端に高く設備・許認可・顧客基盤のいずれも残らない事業（経営者個人のスキルだけで成立している事業）は、譲渡対価が付きにくい傾向にあります。

事業譲渡で承継できる許認可

個人事業主の事業譲渡では、原則として許認可は承継されません。譲受人が自身の名義で取得し直すのが基本です。ただし、以下の業種は所定の手続を踏むことで譲渡側の地位・許認可を引き継げる制度があります。

• 建設業（建設業法における事業譲渡認可制度）
• 旅館業（旅館業法の地位承継）
• 一般旅客自動車運送事業
• 一般貨物自動車運送事業
• 火薬類製造業・火薬類販売業
• 一般ガス導管事業

業種ごとに承継要件・申請時期が異なるため、専門家の確認が必須です。手順の詳細は事業譲渡で許認可・資格は承継できる？引き継ぎ手順・注意点を解説を参照ください。

廃業と事業譲渡の税務比較

判断の核は税務です。同じ事業をたたむ行為でも、廃業と事業譲渡では譲渡オーナーの手取りに大きな差が出ます。

事業譲渡側で発生する税金

事業譲渡の対価は、資産の種類ごとに所得区分が分かれます。これは個人事業主のM&Aで最もつまずきやすい論点です。

譲渡対象資産	所得区分	課税方式
棚卸資産（在庫）	事業所得	総合課税（累進税率）
営業権（のれん）	譲渡所得（総合課税）	総合課税、50万円特別控除、長期譲渡は1/2課税
機械・備品・車両など減価償却資産	譲渡所得（総合課税）	総合課税、50万円特別控除（長期譲渡は1/2課税）
土地・建物	譲渡所得（分離課税）	分離課税（短期・長期で税率が異なる）
売掛金	事業所得	総合課税

特に重要なのは、営業権（のれん代）が譲渡所得として総合課税の対象になる点です。総合課税は他の所得と合算されて累進税率（最高55%、住民税込み）で課税されますが、譲渡所得には50万円の特別控除があり、保有期間5年超なら課税対象額が1/2になります。詳細は国税庁「譲渡所得」を参照してください。

消費税の取扱い

個人事業主が課税事業者である場合、事業譲渡の対価には原則として消費税が課されます。土地は非課税、棚卸資産・建物・営業権は課税という具合に、対象資産ごとに区分が必要です。法人の株式譲渡が非課税であるのとは対照的で、ここを見落とすと譲渡側の手取りが想定より小さくなります。詳しくは株式譲渡の消費税は非課税｜事業譲渡は課税・個人事業者はかかる？で論点を整理しています。

廃業時の税金

廃業の場合、当年の事業所得に通常通り課税されます。加えて、廃業に伴って発生する固有の処理が二つあります。

廃業特例の必要経費算入

廃業日以降に発生した経費は原則として必要経費になりません。ただし、所得税法第63条の「事業を廃止した場合の必要経費の特例」があり、廃業後に支払った事業関連費用（売上債権の貸倒れ、店舗の原状回復、機械の撤去費など）は廃業した年または前年の事業所得から控除できます。実務では、この特例の存在を知らずに廃業後の支出を自費負担してしまうケースを見かけます。

在庫の家事消費・廃棄

棚卸資産を売却せずに自家消費・廃棄した場合、自家消費分はみなし譲渡として収入計上、廃棄分は廃業に伴う損失として処理します。譲渡できる在庫が残っているなら、廃業前に売り切るか、事業譲渡に組み込む方が経済合理性は高いと言えます。

手取りシミュレーションの考え方

仮例として、設備・在庫・営業権を合計1,500万円で事業譲渡するケースと、同じ事業を廃業して残余資産処分のみで完結するケースを比べます。仮例の数字ですので個別事案では税理士の試算を要しますが、構造的には次のような差が生まれます。

事業譲渡の場合：営業権部分（仮に800万円）には50万円特別控除と長期譲渡の1/2課税が効き、税負担は譲渡額に対して数%〜十数%程度に抑えられる可能性があります。一方、

廃業の場合：在庫の投げ売り・設備の処分価額は通常、簿価を下回り、得られる現金が小さくなります。営業権はそもそも認識されません。

ここで強調したいのは、税率の話よりも「営業権の現金化機会を逃すか否か」です。廃業届を出した瞬間に、営業権の市場価値はゼロになります。事業譲渡の税務全般は事業譲渡の税金｜売り手と買い手の税務リスク・M&Aでの節税対策と営業権譲渡とは｜事業譲渡と違う？利点と欠点・価格相場・流れ・税務で詳述しています。

法人成り後の売却という第三の選択肢

事業譲渡か廃業かの二択に見えますが、もう一つ選択肢があります。法人成り（法人化）したうえで株式譲渡する方法です。

法人成り後の株式譲渡のメリット

法人成りすると、事業主体が個人から法人に変わります。事業承継・売却の局面では、これにより以下の違いが生まれます。

論点	個人事業主のまま事業譲渡	法人成り後に株式譲渡
譲渡対象	事業用資産を個別譲渡	会社の株式を一括譲渡
課税	資産種類ごとに事業所得・譲渡所得・消費税	株式譲渡所得20.315%（分離課税）
消費税	課税事業者なら課税	株式譲渡は非課税
許認可	原則再取得	会社の許認可がそのまま継続
従業員	個別合意で承継	雇用契約が会社単位で継続
準備期間	不要	法人成りから売却まで最低1〜2年

株式譲渡の20.315%（所得税15%、復興特別所得税0.315%、住民税5%）は、譲渡規模が大きいほど事業譲渡の総合課税と比べて手取りが厚くなる傾向にあります。

法人成り後売却が向くケース

ただし、法人成りすれば自動的に得をするわけではありません。検討すべき条件は、（1）譲渡規模が概ね数千万円以上見込まれる、（2）売却まで1〜2年の準備期間が取れる、（3）法人運営コスト（法人住民税均等割など）を負担できる、（4）許認可の承継メリットが大きい業種、の4点です。これらに該当する場合、税理士・M&A仲介会社と一緒に法人成りの効果試算をされることをおすすめします。

法人成りの注意点

法人成り直後の売却は、税務署から「節税目的の名義変更」と見られるリスクがあります。実体のある法人運営（事業の実態、独立した会計、社会保険加入、取締役会等のガバナンス）が一定期間継続している必要があります。また、個人事業の資産を法人に引き継ぐ際の譲渡所得課税、消費税、登録免許税といったコストも発生するため、総合的な試算が不可欠です。

廃業前に検討すべき判断フロー

ここまでの内容を、廃業届を出す直前の判断フローとして整理します。

ステップ1 譲渡可能性の自己診断

以下のチェックリストで一つでも該当があれば、廃業届を出す前に事業譲渡の可能性を専門家に相談する価値があります。

• 譲渡が可能な許認可を保有している
• 店舗・工房・賃借権など物理的な拠点がある
• 3年以上継続している取引先・顧客リストがある
• 独自の技術、レシピ、製法、デザインがある
• 引き続き働く意思のある従業員がいる
• 直近3年のいずれかで黒字を計上している
• 商標・ドメイン・SNSアカウントなど無形資産がある

ステップ2 価値試算と相談

該当があった場合、M&A仲介会社や事業引継ぎ支援センターなど、第三者承継の専門機関に概算を相談します。中小企業庁「事業承継・引継ぎ支援」に各都道府県の事業承継・引継ぎ支援センターの一覧があります。

ステップ3 廃業 vs 事業譲渡 vs 法人成り後売却の比較

下表のように、3つの選択肢を手取り・手間・期間で比較します。

比較軸	廃業	事業譲渡	法人成り後株式譲渡
想定手取り	残余資産の処分益のみ	営業権込みの譲渡対価	株式譲渡所得20.315%課税
準備期間	1〜3か月	6か月〜1年	1〜2年以上
事業の継続	×	○（譲受側で）	○（会社ごと）
従業員の引継	×	△（個別合意）	○
許認可の引継	×	△（業種限定）	○
専門家コスト	低	中	高

ステップ4 結論を出してから廃業届を出す

ここでようやく廃業届の話に戻ります。事業譲渡を選んだ場合でも、譲渡側として廃業届の提出は必要です。譲渡契約完了日以降の日付で、廃業の事由欄に「事業譲渡（譲受人：氏名・住所）」と記載します。

個人事業主が廃業する場合の事後論点

事業譲渡という選択肢を検討した上で、廃業を選ぶ場合の論点を整理します。

廃業後の確定申告

廃業した年の1月1日から廃業日までの所得について、翌年3月15日までに確定申告を行います。20万円以下なら申告不要というルールはありますが、青色申告承認を受けていた場合は、青色申告特別控除を適用するために確定申告が必要です。

残った借入金

個人事業の借入金は、廃業によって消滅しません。事業主個人の債務として返済が継続します。返済原資が不足する場合、債務整理（任意整理・特定調停・個人再生・自己破産）の検討が必要になることもあります。借入金の整理を含めて廃業を考える場合、M&Aによる債務承継の可能性も視野に入れた相談をおすすめします。詳細は自己破産とM&A売却を比較｜法的整理前の事業譲渡で会社を守る方法を参照ください。

事業主が亡くなった場合

事業主の死亡による廃業では、相続人が「個人事業者の死亡届出書」を税務署に提出します。準確定申告は、相続開始を知った日の翌日から4か月以内です。相続人が事業を承継するなら、相続人の名義で開業届を出すか、事業譲渡の手続を取ります。

休業という選択肢

事業再開の可能性が残る場合、廃業ではなく休業という選択もあります。詳細は会社の休業（休眠）とは？廃業との違い・メリットとデメリットを参照ください。ただし、個人事業主の場合、休業の届出様式が法人ほど整備されておらず、青色申告は2期連続未申告で承認取消となります。事業実態がないまま休業状態を続けるのは、事業譲渡の機会も逸する結果になりがちなため、現場では早めの判断をおすすめしています。

個人事業主の事業譲渡と廃業に関するFAQ

支援現場でよくいただく質問を整理します。

個人事業主の廃業のまとめ

個人事業主の廃業手続そのものは、廃業届を1か月以内に税務署と都道府県へ提出するだけのシンプルな手続です。しかし、その前に検討すべきは、設備・許認可・顧客基盤・技術・従業員といった事業の中身に値段が付く可能性、つまり事業譲渡という選択肢です。廃業届を出した瞬間に営業権の価値はゼロになります。長年築いた事業の出口で取り残しを出すのは惜しいことです。

みつきコンサルティングは、税理士法人グループのM&A仲介会社として、中小企業・個人事業主のM&Aを20年・500件以上支援してきた実績があります。事業譲渡・廃業・法人成り後売却の三択を、税務試算込みでお示しします。廃業届を出す前のセカンドオピニオンとして、まずは無料相談にお声がけください。

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