株式譲渡で損失が出た時の税務｜損益通算と繰越控除の手続を解説

株式譲渡で損失が出た場合、確定申告を行うことで税金の還付や将来の節税が可能です。「損益通算」や「繰越控除」の仕組みは複雑に見えますが、正しく理解すれば手元資金を守る手段となります。本記事では、損失時の税務処理と手続きの注意点を解説します。

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株式譲渡で損失が出た場合の基本ルールと節税効果

株式投資や譲渡によって損失（赤字）が出た場合、多くの経営者様は「利益が出ていないから申告は不要だ」と考えがちです。 しかし、税務上の手続を行うことで、すでに支払った税金を取り戻したり、将来の税負担を減らしたりできる可能性があります。 ここでは、損失が出た際に活用すべき2つの主要な制度について解説します。

損益通算｜配当金や利子との相殺で税金を取り戻す

損益通算とは、株式譲渡によって生じた「損失」と、他の株式取引や配当金などで得た「利益」を相殺し、課税対象額を減らす仕組みです。 通常、上場株式等の配当金や特定口座（源泉徴収あり）での利益からは、約20％の税金が自動的に天引きされています。 確定申告を行い、これらの黒字と今回の赤字をぶつけることで、払いすぎた税金の還付を受けることができます。

複数の証券会社を利用しているケースで特に有効です。 例えば、A証券で100万円の利益（税引済）、B証券で100万円の損失が出ている場合、何もしなければA証券の税金は取られたままです。 しかし、申告して合算すればプラスマイナスゼロとなり、A証券で徴収された税金が戻ってきます。

繰越控除｜相殺しきれない損失を翌年以降に持ち越す

損益通算を行っても、なお損失が残る場合、その損失額を翌年以降の3年間にわたって繰り越すことができます。これを「譲渡損失の繰越控除」と呼びます。 翌年以降に利益が出た際、繰り越しておいた損失と相殺することで、将来支払うべき税金を圧縮できるのです。

以下の表は、繰越控除を活用した場合のイメージです。

年	損益の状況	税務処理のイメージ	税負担
1年目	▲500万円（損失）	確定申告で損失を申告し、翌年へ繰り越し。	なし
2年目	＋400万円（利益）	前年の損失（▲500万円）と相殺。残りの損失（▲100万円）は翌年へ。	ゼロ
3年目	取引なし	損失（▲100万円）を維持するために確定申告を行う。	なし
4年目	＋300万円（利益）	前々年の残存損失（▲100万円）と相殺。残り200万円に対して課税。	軽減

このように、損失を「税金の前払い」（資産）のように活用できるのが最大のメリットです。 ただし、繰越期間中は取引がない年であっても、連続して確定申告を行い続ける必要がある点に注意してください。 申告を一度でも途切れさせると、繰越権は消滅します。

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口座区分による違いとNISAの特殊な扱い

株式の税務処理は、利用している口座の種類によって手続の要否が異なります。 また、近年利用者が増えているNISA（少額投資非課税制度）については、通常の口座とは全く異なるルールが適用されるため、混同しないよう整理が必要です。

特定口座と一般口座の申告義務

証券口座には主に3つの種類があり、損失が出た場合の対応が異なります。 下表にそれぞれの特徴と申告の必要性をまとめました。

口座の種類	利益が出た場合	損失が出た場合	備考
特定口座（源泉徴収あり）	申告不要（自動納税）	申告不要	損益通算・繰越控除を使う場合は申告が必要
特定口座（源泉徴収なし）	申告が必要	申告不要	損益通算・繰越控除を使う場合は申告が必要
一般口座	申告が必要	申告不要	自分で計算明細書を作成し、申告が必要

「源泉徴収あり」の特定口座内であれば、同一口座内の損益通算は証券会社が自動で行ってくれます。 しかし、「他社の口座と通算したい」場合や「損失を翌年に繰り越したい」場合は、ご自身で確定申告を行わなければなりません。 自動でやってくれると思い込み、還付のチャンスを逃しているケースが散見されます。

NISA口座の損失は「なかったこと」にされる

NISA口座（成長投資枠・つみたて投資枠など）で発生した損失については、税務上「ないもの」として扱われます。 したがって、以下の処理は一切認められません。

• 他の課税口座（特定口座・一般口座）の利益との損益通算
• 翌年以降への損失の繰越控除

NISAは「利益が出ても非課税」というメリットの裏返しとして、「損失が出ても救済なし」というルールになっています。 税務戦略を立てる際は、NISA口座の損失を含めて計算しないよう注意してください。

▷関連：株式譲渡の税金｜非上場株式の事業承継・M&Aでの計算方法と節税

確定申告を行う際のリスクと注意点

損失の申告はメリットばかりではありません。 申告を行うことで、税務署だけでなく市区町村にも所得情報が通知され、思わぬ負担増を招く「隠れリスク」が存在します。 特にリタイア後のオーナー経営者様や、配偶者の扶養に入っている方は警戒が必要です。

配偶者控除や扶養控除から外れる可能性

確定申告を行うと、株式の譲渡損益や配当所得が「合計所得金額」に含まれることになります。 通常、源泉徴収ありの特定口座で申告しなければ、これらの所得は計算に含まれません。 しかし、損益通算や繰越控除のためにあえて申告をすると、所得として表面化します。

その結果、配偶者控除（所得48万円以下など）や扶養控除の基準を超えてしまい、ご家族全体の税負担が増える可能性があります。 「数万円の還付を受けるために申告したら、夫の税金が十数万円増えてしまった」という事態は避けなければなりません。

国民健康保険料・介護保険料への跳ね返り

さらに深刻なのが、社会保険料への影響です。 国民健康保険料や後期高齢者医療保険料、介護保険料は、確定申告された「総所得金額等」を基に算定されます。 株式の利益や配当を申告することで所得額が上がれば、翌年の保険料が上限近くまで跳ね上がるケースがあります。

特に、以下のようなケースでは慎重なシミュレーションが必要です。

• 繰越控除を利用する場合：過去の損失と相殺して税金はゼロになっても、申告自体は行うため、自治体によっては保険料算定の所得に含まれる場合があります（住民税の申告不要制度を活用できるケースもありますが、制度は複雑です）。
• 損益通算のみを行う場合：黒字と赤字を相殺した結果、プラスが残る場合は、そのプラス分が保険料算定の基礎になります。

目先の還付金だけでなく、世帯全体での手取りがどうなるか、税理士等の専門家に相談することをお勧めします。

▷関連：株式譲渡の損益で確定申告が不要な場合｜非上場株の課税の注意点

株式譲渡損失の申告手続と必要書類

実際に確定申告を行う際の手順を解説します。 手続は年々簡素化されていますが、損失の繰越しはミスが許されないため、正確な書類準備が不可欠です。

申告に必要な書類と入手方法

申告には、株式取引の状況を証明する書類が必要です。 主要な書類は以下の通りです。

特定口座年間取引報告書

• 証券会社から1月頃に送付されます（電子交付の場合はWebからダウンロード）。
• 2019年以降、税務署への「添付」は不要になりましたが、申告書作成時の数字入力に必須です。

株式等に係る譲渡所得等の金額の計算明細書

• 国税庁HPからダウンロード、またはe-Tax作成コーナーで自動作成されます。

確定申告書（第一表・第二表・第三表）

• 分離課税用の「第三表」が必要です。

申告書付表（損益通算及び繰越控除用）

• 繰越控除を受けるための計算シートです。

複数の証券会社がある場合は、すべての年間取引報告書を手元に用意してから作業を始めてください。 片方だけ申告して、もう片方の損失を入れ忘れると、修正の手間がかかります。

申告期限とe-Taxの活用

確定申告の期限は、原則として翌年の2月16日から3月15日までです。 ただし、還付申告のみであれば1月から受け付けてもらえます。

また、現在はスマートフォンやパソコンを使った「e-Tax」（電子申告）が主流です。 マイナンバーカードと連携すれば、一部の証券会社のデータを自動で取り込める機能もあり、計算ミスを防げます。 税務署の窓口は大変混雑するため、ご自宅での作成を強くお勧めします。

▷関連：株式譲渡益が出たら確定申告が必要！申告書の書き方を平易に解説

株式譲渡損失の税務に関するFAQ

現場でよくいただく質問をまとめました。 ご自身の状況と照らし合わせてご確認ください。

まとめ｜株式譲渡の損失に係る税務

株式譲渡で損失が出た場合、確定申告を行うことで「損益通算」による税金還付や、翌年以降の「繰越控除」による将来の節税が可能です。ただし、NISA口座は対象外であるほか、申告により配偶者控除外れや国民健康保険料の増額といったリスクも生じます。目先の還付だけでなく、世帯全体の手取りを試算して判断しましょう。

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